以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。

裕始至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止咨焉；穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之斟酌时宜，随方矫正；裕以身范物，先以威禁；内外百官皆肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改。

初，诸葛长民至豫州，失期，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴以为太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。

初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代英雄。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。

萧方等曰：夫蛟龙潜伏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩报怨，何其狭哉！

尚书左仆射王愉及子荆州刺史绥谋袭裕，事泄，族诛，绥弟子慧龙为僧彬所匿，得免。

魏以中土萧条，诏县户不满百者罢之。

丁卯，刘裕迁镇东府。

桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，以致奔败。专覃思著述，不暇与群下议时事。《起居注》既成，宣示远近。

丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。

刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，谋杀南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠信之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公衰老，有安齐之志，不可告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。

南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。

夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，内外毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。

庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败之后，恐威令不行，乃更增峻刑罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚；而群小纷纷，妄兴异议！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令所在贺迁新都。

初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。

桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。

玄使武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭帅数千人就何澹之等共守湓口。何无忌、刘道规至桑落洲，庚戌，澹之等引舟师逆战。澹之常所乘舫羽仪旗帜甚盛，无忌曰：“贼帅必不居此，欲诈我耳，宜亟攻之。”众曰：“澹之不在其中，得之无益。”无忌曰：“今众寡不敌，战无全胜，澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻之，必得之；得之，则彼势沮而我气倍，因而薄之，破贼必矣。”道规曰：“善！”遂往攻而得之，因传呼曰：“已得何澹之矣”澹之军中惊扰。无忌之众亦以为然，乘胜进攻澹之等，大破之。无忌等克湓口，进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏还京师。。加刘裕都督江州诸军事。

桑落之战，胡籓所乘舰为官军所烧，籓全铠入水，潜行三十许步，乃得登岸。时江陵路已绝，乃还豫章。刘裕素闻籓为人忠直，引参领军军事。

桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，玄复帅诸军挟帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又使散骑常侍徐放先行，说刘裕等曰：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”