加戴渊骠骑将军。诏曰：“导以大义灭亲，可以吾为安东时节假之。”以周为尚书左仆射，王邃为右仆射。帝遣王往谕止敦；敦不从而留之，更为敦用。征虏将军周札，素矜险好利，帝以为右将军、都督石头诸军事。敦将至，帝使刘隗军金城，札守石头，帝亲被甲徇师于郊外。以甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆·梁二州诸军事，陶侃领江州刺史；使各帅所统以蹑敦后。

三月，任命王导为前锋大都督，授予戴渊骠骑将军。元帝下诏说：“王导为大义灭亲，可以把我任安东将军时的符节交给他。”又任命周为尚书左仆射，王邃为尚书右仆射。元帝派王去告诉王敦，让他停止叛乱。王敦拒不从命，扣留了王，王又为王敦效力。征虏将军周札，素来为人阴险，贪图私利。元帝任他为右将军、都督石头地区军务。王敦军队日益临近，元帝让刘隗驻军金城，令周札驻守石头，自己亲自披上甲衣，巡视郊外的军队。又任命甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆州、梁州军务，任命陶侃兼领江州刺史职，让他们各自率领所部跟随在王敦军队之后。

敦至石头，欲攻刘隗。杜弘言于敦曰：“刘隗死士众多，未易可克；不如攻石头，周札少恩，兵不为用，攻之必败，札败则隗自走矣。”敦从之，以弘为前锋，攻石头，札果开门纳弘。敦据石头，叹曰：“吾不复得为盛德事矣！”谢鲲曰：“何为其然也！但使自今以往，日忘日去耳。”

王敦到达石头，想攻击刘隗。杜弘向王敦建议说：“刘隗手下不怕死的士兵众多，不容易战胜，不如进攻石头。周札对人缺少恩泽，士兵都不愿为他效力，一旦遭攻击必然败走，周札兵败则刘隗自己就会逃走。”王敦采纳了杜弘的意见，任命他为前锋，进攻石头。周札果然打开城门让杜弘入城。王敦占据石头后，感叹地说：“我既为叛臣，再也不会做功德盛大的事情了。”谢鲲说：“为什么这样呢！只要从今以后，这些事一天天淡忘，也就会一天天从心中消失了。”

帝命刁协、刘隗、戴渊帅众攻石头，王导、周、郭逸、虞潭等三道出战，协等兵皆大败。太子绍闻之，欲自帅将士决战；升车将出，中庶子温峤执谏曰：“殿下国之储副，奈何以身轻天下！”抽剑斩鞅，乃止。

元帝令刁协、刘隗、戴渊率领兵众进攻石头，王导和周、郭逸、虞潭等分三路出击，刁协等人的军队都大败。太子司马绍听说以后，打算自己率领将士与敌人决战，坐上军车正要出发，中庶子温峤抓住马勒头劝谏说：“殿下是国家君位的继承人，怎么能逞一己之快，轻弃天下而不顾！”抽出剑斩断马的鞅带，司马绍这才罢休。

敦拥兵不朝，放士卒劫掠，宫省奔散，惟安东将军刘超按兵直卫，及侍中二人侍帝侧。帝脱戎衣，著朝服，顾而言曰：“欲得我处，当早言！何至害民如此！”又遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安；如其不然，朕当归琅邪以避贤路。”

王敦聚集军队，不朝见元帝，放纵士卒劫掠财物，皇宫、朝廷里的人奔逃离散，只有安东将军刘超屯兵不动，当值护卫，以及侍中二人在元帝身边侍奉。元帝脱下军衣，穿上朝服，环顾四周说：“王敦想得到我这个地方，应当早说！何至于如此残害百姓！”又派遣使者告诉王敦说：“你如果还没有将朝廷置于脑后，那么就此罢兵，天下还可以安然相处。如果不是这样，那么朕将回到琅邪，为贤人让路。”

刁协、刘隗既败，俱入宫，见帝于太极东除。帝执协、隗手，流涕呜咽，劝令避祸。协曰：“臣当守死，不敢有贰。”帝曰：“今事逼矣，安可不行！”乃令给协、隗人马，使自为计。协老，不堪骑乘，素无恩纪，募从者，皆委之，行至江乘，为人所杀，送首于敦。隗奔后赵，官至太子太傅而卒。

刁协、刘隗战败以后，都进入宫中，在太极殿东侧阶与元帝相见。元帝拉着刁协、刘隗的手，流泪哭泣，呜咽有声，劝说并命令二人出逃以避灾祸。刁协说：“我将守卫到死，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫了，怎么能不走呢！”于是下令为刁协、刘隗准备随行的人马，让他们自谋生路。刁协年老，难耐骑乘之苦，平素又缺少恩惠，招募随从人员时，大家都推委不去。刁协出行至江乘，被人所杀，把首级送给王敦。刘隗投奔后赵，在任太子太傅时死去。

帝令公卿百官诣石头见敦，敦谓戴渊曰：“前日之战，有余力乎？”渊曰：“岂敢有余，但力不足耳！”敦曰：“吾今此举，天下以为何如？”渊曰：“见形者谓之逆，体诚者谓之忠。”敦笑曰：“卿可谓能言。”又谓周曰：“伯仁，卿负我！”曰：“公戎车犯顺，下官亲帅六军，不能其事，使王旅奔败，以此负公！”

元帝命令百官公卿到石头拜见王敦。王敦对戴渊说：“前日的交战，还有剩余的力量吗？”戴渊说：“岂敢留有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我现在这样的举动，天下人会怎么看？”戴渊说：“只看到表象的人说是叛逆，体会诚心的人说是忠贞。”王敦笑着说：“您可以称得上会说话了。”王敦又对周说：“周伯仁，您辜负了我！”周说：“您依仗武力违背顺上的道德，我亲自统率六军，不能胜任，致使君王的军队战败奔逃，这就是我辜负您的地方。”

辛未，大赦；以敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，并让不受。

辛未（十八日），元帝实行大赦，任命王敦为丞相、都督中外各军、录尚书事、江州牧，赐封武昌郡公，王敦都推辞不受。

初，西都覆没，四方皆劝进于帝。敦欲专国政，忌帝年长难制，欲更议所立，王导不从。及敦克建康，谓导曰：“不用吾言，几至覆族。”