在自己的幕府。任用羊曼以及陈国人谢鲲为长史。羊曼是羊祜兄长的孙子。羊曼、谢鲲终日饮酒酣醉，所以王敦并不委派他们从事具体事务。王敦准备作乱，对谢鲲说：“刘隗奸佞邪恶，将会危害国家，我打算除去君王身边的这个恶人，怎么样？”谢鲲说：“刘隗的确是祸乱之源，但他是藏于城中之狐、匿于社木之鼠，有皇帝的庇护。”王敦发怒说：“你是庸碌之才，哪里懂得事关大局的道理！”便派谢鲲出任豫章太守，后又羁留谢鲲，不让他到任。

戊辰，敦举兵于武昌，上疏罪状刘隗，称：“隗佞邪谗贼，威福自由，妄兴事役，劳扰士民，赋役烦重，怨声盈路。臣备位宰辅，不可坐视成败，辄进军致讨，隗首朝悬，诸军夕退。昔太甲颠覆厥度，幸纳伊尹之忠，殷道复昌。愿陛下深垂三思，则四海安，社稷永固矣。”沈充亦起兵于吴兴以应敦，敦以充为大都督、督护东吴诸军事。敦至芜湖，又上表罪状刁协。帝大怒，乙亥，诏曰：“王敦凭恃宠灵，敢肆狂逆，方朕太甲，欲见幽囚。是可忍也，孰不可忍！今亲帅六军以诛大逆，有杀敦者，封五千户侯。”敦兄光禄勋含乘轻舟逃归于敦。

戊辰（十四日），王敦在武昌举兵，给元帝上疏罗列刘隗的罪状，内称：“刘隗奸佞邪恶，谗言惑众，残害忠良，作威作福。随意发起事端，动用百姓服劳役，士民疲惫扰苦，赋税和劳役负担繁重，怨声载道。我担任宰辅的职位，不能对此无动于衷，于是进军声讨。倘若刘隗早上授首，众军傍晚即退。往昔商朝天子太甲败坏国家制度，幸好接纳了伊尹忠诚无私的处置，才使商朝国运重新昌盛。我希望陛下再三深思，那么将会四海安宁，国家长存。”沈充也在吴兴起兵与王敦相呼应，王敦任沈充为大都督、督护东吴地区军事事务。王敦到达芜湖，又上表罗列刁协的罪状。元帝勃然大怒，乙亥（二十一日），下诏说：“王敦凭仗国家对他的恩宠，竞敢肆行狂妄、叛逆之事，把朕比作太甲，想把我幽禁起来。是可忍，孰不可忍！我现在亲自统帅六军前去诛戮这个大叛贼，有谁能杀掉王敦，封为五千户侯。”王敦的兄长、光禄勋王含乘坐轻便小舟逃回到王敦身边。

太子中庶子温峤谓仆射周曰：“大将军此举似有所在，当无滥邪？”曰：“不然，人主自非尧、舜，何能无失，人臣安可举兵以胁之！举动如此，岂得云非乱乎！处仲狼抗无上，其意宁有限邪！”

太子中庶子温峤对仆射周说：“大将军王敦这么做似乎有一定原因，应当不算过分吧？”周说：“不对。人主本来就不是尧、舜那样的圣人，怎么能没有过失呢？作为人臣，怎么可以举兵来胁迫君王！如此举动，哪能说不是叛乱呢！王敦傲慢暴戾，目无主上，他的欲望难道会有止境吗！”

敦初起兵，遣使告梁州刺史甘卓，约与之俱下，卓许之。及敦升舟，而卓不赴，使参军孙双诣武昌谏止敦。敦惊曰：“甘侯前与吾语云何，而更有异，正当虑吾危朝廷耳！吾今但除奸凶，若事济，当以甘侯作公。”双还报，卓意狐疑。或说卓：“且伪许敦，待敦至都而讨之。”卓曰：“昔陈敏之乱，吾先从而后图之，论者谓吾惧逼而思变，心常愧之；今若复尔，何以自明！”

王敦开始起兵时，派使者告诉梁州刺史甘卓，与他相约共同顺长江向下游进发，甘卓同意了。等到王敦登船，甘卓却不来，派参军孙双到武昌劝阻王敦。王敦惊诧地说：“甘卓过去是和我怎么说的，怎么又改变主意了？他是顾忌我危害朝廷吧！我现在只想除去奸凶，如果事成，我将让甘卓当公爵。”孙双回去报知甘卓，甘卓心里犹豫不决。有人劝甘卓说：“暂且佯装答应王敦，等王敦到了京都再征讨他。”甘卓说：“往昔陈敏作乱，我先是随从，后来图谋反击，论说此事的人都说我是害怕逼迫，因而改变立场，我心中常感愧赧。这回如果再这样做，怎样才能自我表白呢！”

卓使人以敦旨告顺阳太守魏该，该曰：“我所以起兵拒胡贼者，正欲忠于王室耳。今王公举兵向天子，非吾所宜与也。”遂绝之。

甘卓派人把王敦的意图告诉顺阳太守魏该，魏该说：“我之所以起兵抗击胡人寇贼，正因想效忠王室而已。现在王敦发兵针对天子，不是我所应当参与的。”于是加以拒绝。

敦遣参军桓罴谯王，请为军司。叹曰：“吾其死矣！地荒民寡，势孤援绝，将何以济！然得死忠义，夫复何求！”檄长沙虞悝为长史，会悝遭母丧，往吊之，曰：“吾欲讨王敦，而兵少粮乏；且新到，恩信未洽。卿兄弟，湘中之豪俊，王室方危，金革之事，古人所不辞，将何以教之？”悝曰：“大王不以悝兄弟猥劣，亲屈临之，敢不致死！然鄙州荒弊，难以进讨；宜且收众固守，传檄四方，敦势必分，分而图之，庶几可捷也。”乃囚桓罴，以悝为长史，以其弟望为司马，督护诸军，与零陵太守尹奉、建昌太守长沙王循、衡阳太守淮陵刘翼、舂陵令长沙易雄，同举兵讨敦。雄移檄远近，列敦罪恶，于是一州之内皆应。惟湘东太守邓澹不从，使虞望讨斩之，以徇四境。澹，敦姊夫也。