到长安，谒见皇太后之后，被立为皇太子，仍经常私下派人购买鸡、猪肉食用。在孝昭皇帝灵柩之前接受皇帝的印玺，回到住处，打开印玺后就不再封存。派侍从官更手持皇帝符节前去召引昌邑国的侍从官、车马官、官奴仆等二百余人，与他们一起居住在宫禁之内，肆意游戏娱乐。曾经写信说：‘皇帝问候侍中君卿，特派中御府令高昌携带黄金千斤，赐君卿娶十个妻子。’孝昭皇帝的灵柩还停在前殿，竟搬来乐府乐器，让昌邑国善于歌舞的艺人入宫击鼓，歌唱欢弹，演戏取乐；又调来泰一祭坛和宗庙的歌舞艺人，遍奏各种乐曲。驾着天子车驾，在北宫、桂宫等处往来奔驰，并玩猪、斗虎。擅自调用皇太后乘坐的小马车，命官奴仆骑乘，在后宫中游戏。与孝昭皇帝的叫蒙的宫女等yín乱，还下诏给掖庭令：‘有敢泄漏此事者腰斩！’…”太后说：“停下！作臣子的，竟会如此悖逆荒乱吗！”刘贺离开席位，伏地请罪。尚书令继续读道：“…取朝廷赐予诸侯王、列侯、二千石官员的绶带及黑色、黄色绶带，赏给昌邑国郎官，及被免除奴仆身分的人佩带。将皇家仓库中的金钱、刀剑、玉器、彩色丝织品等赏给与其一起游戏的人。与侍从官、奴仆彻夜狂饮，酒醉沉迷。在温室殿设下隆重的九宾大礼，于夜晚单独接见其姐夫昌邑关内侯。尚未举行祭祀宗庙的大礼，就颁发正式诏书，派使者携带皇帝符节，以三牛、三羊、三猪的祭祀大礼前往祭祀其父昌邑哀王的陵庙，还自称‘嗣子皇帝’。即位以来二十七天，向四面八方派出使者，持皇帝符节，用诏令向各官署征求调发，共一千一百二十七次。荒淫昏乱，失去了帝王的礼义，败坏了大汉的制度。杨敞等多次规劝，但并无改正，反而日益加甚，恐怕这样下去将危害国家，使天下不安。我们与博士官商议，一致认为：‘当今陛下继承孝昭皇帝的帝位，行为淫邪不轨。《孝经》上说：“五刑之罪当中，以不孝之罪最大。”昔日周襄王不孝顺母亲，所以《春秋》上说他：“天王出居郑国，”因其不孝，所以出居郑国，被迫抛弃天下。宗庙要比君王重要得多，陛下既然不能承受天命，侍奉宗庙，爱民如子，就应当废黜！’因此，臣请求太后命有关部门用一牛、一羊、一猪的祭祀大礼，祭告于高祖皇帝的祭庙。”皇太后下诏说：“可以。”于是霍光命刘贺站起来，拜受皇太后诏书。刘贺说道：“我听说：‘天子只要有七位耿直敢言的大臣在身边，既使无道，也不会失去天下。’”霍光说：“皇太后已经下诏将你废黜，岂能自称天子！”随即抓住刘贺的手，将他身上佩戴的玉玺绶带解下，献给皇太后，然后扶着刘贺下殿，从金马门走出皇宫，群臣跟随后崐相送。刘贺出宫后，面向西方叩拜道：“我太愚蠢，不能担当汉家大事！”然后起身，登上御驾的副车，由大将军霍光送到长安昌邑王官邸。霍光道歉说：“大王的行为是自绝于上天，我宁愿对不起大王，不敢对不起社稷！希望大王自爱，我不能再常侍奉于大王的左右了。”说完洒泪而去。

文武群臣上奏太后说：“古时候，被废黜之人，要放逐到远方去，使其不能再参与政事。请将昌邑王刘贺迁徙到汉中房陵县。”太后下诏，命刘贺回昌邑居住，赐给他二千户人家作为汤沐邑，他当昌邑王时的家财也全部发还给他，其姐妹四人，各赐一千户人家作为汤沐邑；撤销昌邑国，改为山阳郡。

原昌邑国群臣都被指控在封国时不能举奏刘贺的罪过，使朝廷不了解真实情况，又不能加以辅佐、引导，使刘贺陷于罪恶，一律逮捕下狱，诛杀二百余人；只有中尉王吉、郎中令龚遂因忠正耿直，多次规劝刘贺，被免除死罪，剃去头发，罚以“城旦”之刑，白天守城，夜晚作苦工。刘贺的老师王式也被逮捕下狱，罪应处死，审案官员责问王式道：“你作为昌邑王的老师，为什么没有上述规劝？”王式回答说：“我每天早晚都为昌邑王讲授《诗经》三百零五篇，遇到涉及忠臣、孝子的内容，未曾不为其反复诵读、讲解；遇到关于无道之君使国家危亡的篇章，也未曾不流泪为他详细陈说。我是用《诗经》三百零五篇来规劝昌邑王，所以没有专门上书规劝。”审案官员将王式这番话奏闻朝廷，所以王式也被免除死罪。

霍光因为国家大事都由群臣上奏于东宫，由太后省察决定，认为太后应通晓儒家经书，于是禀明太后，命夏侯胜为太后讲授《尚书》，并调夏侯胜担任长信少府，赐其关内侯爵位。

当初，卫太子刘据纳姓史的鲁国女子为良娣，生了一个儿子名叫刘进，号称史皇孙。史皇孙娶涿郡女子王夫人，生一子名叫刘病已，号称皇曾孙。皇曾孙生下几个月，就赶上巫蛊之祸，卫太子刘据及其三子一女连同他的诸妻妾全部被害，只剩下皇曾孙一人，也因连坐被关入大鸿胪所属的郡邸狱。原廷尉监鲁国人丙吉受汉武帝诏命，负责审理巫蛊案。丙吉知道说刘据并无犯罪事实，对皇曾孙无辜受到连累深为哀怜，便选择谨慎忠厚的女囚犯渭城人胡组、淮阳人郭征卿，命她们住在宽敞干爽的地方哺养皇曾孙刘病已。丙吉每日前往探视两次。

巫蛊案连年不能结束。汉武帝患病，往来于长杨、五柞两宫。观望云气的方士说，长安监狱中有一股天子之气，于是汉武帝下诏命使臣分别通知京中各官府，凡各监狱在押的犯人，无论罪行轻重，一律处死。内谒者令郭穰于夜晚来到郡邸狱传达汉武帝诏令，丙吉关闭大门，不让郭穰进去，说道：“皇曾孙在此。其他人尚且不应无辜被杀，何况是皇上的亲曾孙呢！”双方僵持到天崐明，郭穰未能进去。郭穰返回，将此事奏明汉武帝，并弹劾丙吉。汉武帝也已醒悟，说道：“是上天让丙吉这样做的。”于是下诏大赦天下。在长安的监狱中，唯独郡邸狱的囚犯，靠丙吉得以保住了性命。