始皇帝巡视北部边境，从上郡返回都城。卢生受派遣入海寻仙后归来，随即抄录《录图书》上的谶语，上写：“使秦朝灭亡的是‘胡’。”奏报给始皇。始皇便派将军蒙恬率三十万大军，向北征伐匈奴。

三十三年（丁亥，公元前214年）

秦朝廷征召那些曾经逃亡的人、因贫穷而入赘女家的男子、商贩等入伍当兵，攻掠夺取南越的陆梁地，设置了桂林、南海、象郡等郡；并将受贬谪的人五十万流放到五岭守边，与南越的本地人杂居一处。

秦将蒙恬率军驱逐斥退匈奴人，收复了黄河以南地区，设置四十四个县。接着就修筑长城，凭借地形而建，用以控制险关要塞，起自临洮，直至辽东，绵延一万多里。蒙恬于是又领兵渡过黄河，占据阳山，向北曲折前进。军队在野外扎营风餐露宿十余年，蒙恬则常驻上郡指挥军队，威震匈奴。

三十四年（戊子，公元前213年）

秦朝廷将徇私枉法、知人有罪却释放出狱、无罪却下狱的司法官吏处罚流放去修筑长城，或到南越地区守边。

丞相李斯上书说：“过去诸侯国纷争，以高官厚禄招徕游说之士。现在天下已定，法令统一出自朝廷，百姓理家就要致力于耕田做工，读书人就要学习法令规章。但今日的儒生却不学习现代事务，只知一味地效法古代，并借此非议现实，蛊惑、扰乱民众，相互非难指责现行制度，并以此教导百姓；闻听命令颁下，就纷纷根据自己的学说、主张妄加评议，入朝时口是心非，出朝后便街谈巷议，夸饰君主以提高自己的声望，标新立异以显示自己的高明，煽动、引导一些人攻击诽谤国家法令。这种情况如不禁止，就势必造成君主的权势下降，臣下结党纳派活动蔓延民间。唯有禁止这些才有利于国家！因此我建议史官将除秦国史记之外的所有史书全部烧毁；除博士官按职责收藏书外，天下凡有私藏《诗》、《书》、诸子百家著作的人，一律按期将所藏交到郡守、郡尉处，一并焚毁；有敢于相对私语谈论《诗》、《书》的处死；借古非今的诛杀九族；官吏发现这种事情而不举报的与以上人同罪；此令颁布三十天后仍不将私藏书籍烧毁的，判处黥刑，并罚处修筑长城劳役的城旦刑。不予焚烧的，是医药、占卜、种植的书。如果想要学习法令，应以官吏为师。”始皇下制令说：“可以。”

故魏国人陈馀对孔子的八世孙孔鲋说：“秦朝廷将要毁灭掉前代君王的书籍，而你正是书籍的拥有人，这实在是太危险了！”孔鲋说：“我所治的是一些看来无用的学问，真正了解我的只有朋友。秦朝廷并不是我的朋友，我会遇到什么危险呀！我将把书籍收藏好，等待着有人征求，一旦来征求，我也就不会有什么灾难了。”

三十五年（己丑，公元前212年）

始皇帝派蒙恬负责开通大道，从九原直到云阳，挖掘大山，填塞峡谷，长达一千八百里，几年没有完工。

始皇认为都城咸阳的人口过多，而先代君王营造的宫廷又嫌小，便命人在渭南上林苑中建筑宫殿，先修前殿阿房宫，长宽东西五百步，南北五十丈，上面可坐一万人，下面则能竖立五丈高的旗帜，周围是车马驰行的天桥，从前殿下直达南山，在南山的顶峰建牌楼作为标志。又筑造天桥，从阿房渡过渭水，与咸阳城相接，由此象征天上的北极星、阁道星横越银河抵达营室宿。征发遭受宫刑和判处其他徒刑的囚犯七十万人，分别修筑阿房宫或建造骊山始皇帝陵墓。并凿掘用作套棺的北山的石料，采伐蜀、荆两地的木材，都先后运到。在关中兴建宫殿计有三百座，关外营造宫殿四百多座。于是在东海郡的朐县界内刻立巨石，作为秦王朝东部的大门。又将三万家迁移到骊邑，五万家迁移至云阳，均免除十年的赋税徭役。

卢生劝说始皇帝道：“有一种方法，这就是皇帝不时地暗中秘密出行，借此躲避恶鬼。而避开了恶鬼，神仙真人便会来到。故此希望您所居住的宫室不要让别人知道，然后不死之药大概才可以得到！”始皇说：“我敬慕真人！”于是就自称“真人”，不再称“朕”并下令咸阳城周围二百里内的二百七十处宫殿楼台，都用天桥、甬道相连接，帷帐、钟鼓及美女充斥其间，各自按布署登记，不作迁移。始皇巡行到某处居住下来，有敢于透露出他的驻地的，即获罪处死。始皇帝曾前往梁山宫，从山上望见丞相李斯的随行车马非常多，很不赞许。宦官近臣中有人将这事告诉了李斯，李斯随即减少了他的车马。始皇愤怒地说：“这一定是宫中人泄露了我的话！”于是审问随从人员，但是没有人承认。始皇就下令捉拿当时在场的人，全部杀掉。从此以后，再也没有人知道始皇到了什么地方。群臣中凡有事情要奏报并接受皇帝裁决的，便全都到咸阳宫等候。

侯生、卢生相互讥讽、评议始皇帝的暴戾，并因此逃亡而去。始皇闻讯勃然大怒，说：“卢生等人，我尊敬他们，并重重地赏赐他们，现在竟然敢诽谤我！这些人在咸阳的，我曾派人去查访过，其中有的人竟妖言惑众！”于是令御史逮捕并审问所有的儒生。儒生们彼此告发，始皇帝就亲自判处违法犯禁的人四百六十余名，把他们全部在咸阳活埋了。还向全国宣扬，让大家都知道这件事，以惩戒后世。同时谪罚更多的人流放到边地戍守。始皇的长子扶苏为此规劝道：“那些儒生们全诵读并效法孔子的言论。而今您全部用重法惩处他们，我担心天下会因此不安定。”始皇大为恼火，派扶苏赴上郡去监督蒙恬的军队。

三十六年（庚寅，公元前211年）

有陨石坠落在东郡。有人于石上刻字说：“始皇帝死而土地分。”始皇于是派御史逐个查问当地的人，但是没人承认此事是自己干的。始皇便下令将居住在陨石附近的人全部捉拿处死，并焚化了那块石头。