》和其他解《易》之说的异同，就让五鹿充宗与其他《易》家辩论。五鹿充宗凭藉地位显贵，加上口才很好，众儒生中没有人能和他抗衡，都说有病，不敢和他辩论。有人推荐朱云，元帝召他入宫与五鹿充宗辩论，朱云提起长衣下摆，登阶上堂，抬头相询，声音洪亮震动左右。辩论诘难开始以后，朱云接连讥刺五鹿充宗，所以众儒生评论他们这场辩论说：　“五鹿充宗头上长角，朱云折断他的角。”朱云因此成为博士。

后来，朱云迁升杜陵县县令，因故意放走亡命徒而获罪，碰上皇帝大赦，被荐举为方正，做了槐里县县令。当时中书令石显专权，与五鹿充宗结成同党，朝中百官都害怕他们。衹有御史中丞陈咸年轻而坚持高尚的志节，不依附石显等人，而与朱云相交。朱云多次上疏，说丞相韦玄成安身保位，不能有所进退，而陈咸多次抨击石显。过了很久，有关官员拷问朱云，怀疑他暗中唆使差吏杀人。群臣朝见时，元帝向丞相韦玄成询问朱云治理政务的成绩。韦玄成说朱云暴虐没有善政。当时陈咸在旁边，听见了韦玄成说的话，把它告诉了朱云。未云上书为自己辩护，陈咸替他起草奏章草稿，请求皇帝批准将此事交给御史中丞处理。结果，皇帝把这件事交给了丞相办理，丞相韦玄成布置属吏拷问朱云，将朱云定为杀人罪。朱云逃入长安，又找陈咸商议对策。丞相韦玄成全部查清了这些事，奏告皇上说：“陈咸身为宿卫皇宫、执掌法令的大臣，有幸得以进见皇上，却泄露所听到的话，私自告诉朱云，还替朱云起草奏章草稿，想使皇上让他处理朱云的案件，后来明知朱云是亡命的罪人，却和他相勾结，因此官吏抓不到朱云。”皇上于是下令把陈咸、朱云关进监狱，判了减死为城旦的刑罚。陈咸、朱云就被废黜禁锢，一直到元帝去世。

到成帝时，丞相前安昌侯张禹因为是皇帝的老师，赐位特进，很尊宠。朱云上书求见，皇上召见他时，公卿大臣都在旁边。朱云说：“如今朝廷大臣上不能匡扶君主，下不能给百姓带来利益，都是些空占职位、白领俸禄而不理事的人，就是孔子所说的‘目光短浅的人不可以辅佐国君’，‘他们怕失去宠幸幸禄，就没有什么事做不出来’。臣希望皇上赐给我尚方斩马剑，斩断一名佞臣的头来劝戒其他人。”皇上问：“是谁啊？”朱云回答说：“安昌侯张禹。”成帝大为恼火，说：“小臣居下谤上，在朝廷上侮辱我的老师，罪死不赦！”御史拖朱云下殿，朱云死死攀住殿前栏杆不走，结果把栏杆都拉断了。朱云喊道：“我能到地下和关龙逄、比干交游，已经心满意足了！祇是不知道国家前途会怎么样？”御史终于拉着朱云走了。这时候左将军辛庆忌摘下帽子，解下印绶，在殿下叩头说：“这位臣子向来以狂放正直而闻名于世。假使他的话说得对，就不能杀他；假如他的话不对，本来也要宽容他。我愿意冒死进言。”辛庆忌叩头叩得鲜血直流。成帝怒气逐渐消解，终于免了朱云的死罪。等到后来要修理栏杆时，成帝说：“不要调换！照原样补好它，用来表彰刚烈正直的臣子。”

朱云从此以后不再做官，经常住在邹县乡下，有时乘坐牛车出来走走，后面跟着很多学生，所过之处人们都很尊敬他。薛宣做丞相时，朱云去看望他，薛宣以宾主之礼相待，留他在府中歇宿，顺便对朱云说：　“在乡下没什么事，暂且留居在我的东阁，可以看看四方奇士。”朱云说：“小生想让我为吏吗？”薛宣不敢再说。

朱云传授学业，挑选学生，选众人中好的然后收为弟子。九江郡人严望及严望哥哥的儿子严元，字仲，能传承朱云所学，都成为博士。严望官至泰山郡太守。

朱云七十多岁时，在家中去世。病时不请医生不吃药。留下遣言说，以身上穿的衣服入殓，用仅能容下身的小棺材，墓穴能放下棺椁就可以，结果坟祇有一丈五尺长，安葬在平陵束郭外。