黑山、黄龙、白波、左校、郭大贤、于氐根、青牛角、张白骑、刘石、左髭丈八、平汉、大计、司隶、掾哉、雷公、浮云、飞燕、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、畦固、苦哂之徒，并起山谷间，不可胜数。其中声音大的叫雷公，骑白马的叫张白骑，轻快的叫飞燕，胡须多的号于氐根，大眼睛叫大目，这类称号，各有各的原因。大的二三万人，小的六七千人。

贼帅常山人张燕，轻便勇敢还善走，所以军中叫他为飞燕。很得兵卒的爱戴，与中山、常山、赵郡、上党、河内各山谷间寇贼互相来往，人数达到百万，名叫黑山贼。河北各郡县都受他们的害，朝廷不能讨伐。张燕派使者至京师，上奏乞降，朝廷授张燕为平难中郎将，使他管理河北山谷间的事，每年可以举孝廉、计吏。张燕后来慢慢侵犯河内，逼近京师，于是任命朱俊为河内太守，率领家兵把他击退了。以后各贼多被袁绍平定，事载《袁绍传》，再任朱俊为光禄大夫，调屯骑，不久，授城门校尉、河南尹。这时董卓专权，以为朱俊是老将，表面上装着很信任他，内心却很嫉忌他。关东兵强盛起来，董卓害怕，多次召集公卿会议，迁都长安，朱俊常制止他。董卓虽然恶朱俊反对自己，然而想利用他的名望，于是表请升太仆，作为自己的副手。朝廷使者授官，朱俊辞不肯受。说：“国家首都西迁，一定会辜负天下人的希望，而成山东的祸患，我看不出来这样做是对的。”使者问“：召君受拜，您拒绝，没有问你迁都的事，你却说迁都的事，这是什么缘故呢？”朱俊说：“作副相国，不是我所胜任的；迁都的事，不是当务之急。辞去不胜任的，说那些不是当今的急事，这在我是合适的。”使者说：“迁都的事，没有听说，国家没有公布，你哪里知道的？”朱俊道：“相国董卓全给我说了，我所以知道啊！”使人不能屈服他，由是没有任他为副相国。董卓后来入关，留朱俊守洛阳，朱俊与山东诸将通谋为内应。后来害怕被董卓偷袭，于是弃官跑到荆州去了。

董卓任弘农杨懿为河南尹，守洛阳。朱俊听说了，又进兵洛阳，杨懿跑了。朱俊认为河南残破没有什么可以倚靠的，于是东去驻军中牟，通告州郡，请出师讨伐董卓。徐州刺史陶谦出精兵三千，其余各州郡都给了一些，陶谦上书举朱俊行车骑将军。董卓知道了，派他的将李莈、郭汜等几万人驻河南抵拒朱俊。朱俊迎击，被李莈、郭汜打败。朱俊自己知道不能敌，留在关下不敢再前进。董卓被诛以后，李莈、郭汜作乱，这时朱俊还在中牟。陶谦认为朱俊是名臣，又累有战功，可任以大事，于是与众豪杰共同推朱俊为太师，通告牧伯，同讨李莈等，奉迎天子。因奏记朱俊说：“徐州刺史陶谦、前扬州刺史周乾、琅笽相阴德、东海相刘馗、彭城相汲廉、北海相孔融、沛相袁忠、太山太守应劭、汝南太守徐趚、前九江太守服虔、博士郑玄等，敢言之行车骑将军河南尹幕府“：国家遭董卓之祸以后，又加上李莈、郭汜之乱，幼主被劫持，忠良遭到残杀，长安隔绝，不知吉凶如何。所以作官治人，有识的士大夫，没有不忧惧的。认为如果不是明哲有雄才大略的人，哪里能够制止祸乱！自从起兵以来，现在已经三年了。州郡互相观望，没有出击的功劳，只互相挟私争斗，互不信任。谦等共同商讨，要消除困难，都说：‘将军君侯，有文有武，应时代而出，所有正直的人，没有不抬头瞻望的。’所以彼此鼓励，挑选精悍的部队，能够深入敌军，直指咸阳。物资粮食不少，足足可以支持半年。

同心同德，托于元帅。”值李莈用太尉周忠、尚书贾诩的计策，征召朱俊入朝。军队官吏都怕入关，想响应陶谦等人。朱俊说“：用天子的命令召臣子，应当不等车子就要去，何况是天子的诏命呢？且李莈、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，无别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必作。我乘他们的不备，突然行动，大事可为。”于是辞陶谦而赴李莈的征召。再为太仆，陶谦等人就没有干了。

初平四年(193)，朱俊代周忠为太尉，兼尚书事。第二年秋天，因日食免官，再行骠骑将军事，持天子节镇守关东。没有出发，值李莈杀樊稠，郭汜又自生疑惑，与李莈打起来，长安中乱，所以朱俊不去镇守关东，留在朝廷任大司农。献帝诏令朱俊与太尉杨彪等十余人劝郭汜，使他与李莈和解。郭汜不肯，因把朱俊等人作为人质扣留起来。朱俊性情素来刚烈，当天发病去世。朱俊的儿子朱皓，也有才略德行，官至豫章太守。