不再计，摧强敌比折枯还容易，消化坚冰比融雪还快，旬月之间，神兵像电一样除寇乱，封尸刻石，向朝廷汇报，威德震本朝，声名扬海外，虽汤武的行事，也不比将军高呢。现在您建立了不朽的功绩，又有高人的品德，而奉事昏庸的人主，怎么求得安全呢？”皇甫嵩说：“朝夕努力工作，心不忘忠于皇上，为什么不安？”阎忠说“：不然。从前韩信不忍汉王一餐之遇，丢掉了三分天下、鼎足而立的大业，利剑已扼了他喉，才发后悔之叹，这是失了时机，谋划又错误的原因啊。现在皇帝的形势，比刘邦、项羽弱，您的权柄比韩信重，指挥足以起风云，叱咤可以兴雷电。赫然发怒，利用危困之势，奋然而起，摧枯拉朽。表示推恩，奖励先来归附的，用兵对付后服的。

征召冀州之士，发动七州之众，布告先颁，大军随至。过漳水，渡孟津，诛杀宦官，消灭群凶，就是小孩子也可使之致力，妇女也可褰裳用命，何况鞭策熊罴之卒，乘疾风之势呢！功业已成，天下已顺，然后请呼上帝，表示天命，统一四海，南面称制，移神器于将兴，推亡汉于已坠，这实在是神机的关键，起事的良时啊。那些已经朽了的木头是不能雕刻的，衰亡的时世是不易辅佐的。如果想辅不能辅佐的朝廷，雕刻朽败的木头，如同上坡走泥丸，迎风行船，难道是容易的吗？况且现在宦官群居，同恶相求，皇上的命令不得施行，权力在宦官手中，昏庸之主，不可与久居，功劳太大，小人忌嫉，如不趁早图谋，后悔来不及了。”皇甫嵩害怕起来，说“：非常之谋，不于有常的形势下施行，创图大功，不是平庸的人所能做到的。黄巾小丑，敌非秦、项，新结合起来，容易离散，无济于功业。并且人未忘主，天不保佑叛逆。如果徒然想成达不到的功业，加速祸害的到来，不如尽忠本朝，恪守臣节。

虽说谗言多，不过遭到流放废弃，还有好的名声，死也不朽。反常的言论，我不敢听从。”闫忠知道计谋不能被采用，逃跑了。正值边章、韩遂在陇右作乱，第二年春，诏令皇甫嵩回镇长安，保卫园陵。边章等就再侵犯三辅，派皇甫嵩讨伐他们。起先，皇甫嵩征讨张角，途经邺，看见中常侍赵忠的房子建筑超过了制度，于是上奏没收了他的房子。又中常侍张让私人向他要钱五千万，皇甫嵩不给。赵、张二人由此恨了皇甫嵩，上奏皇甫嵩连战没有功劳、费钱多。这年秋天，被召回，收了他左车骑将军印绶，削户六千，改封都乡侯，二千户。

五年(188)，凉州贼王国包围陈仓，再任皇甫嵩为左将军，督前将军董卓，各率二万人抵御。董卓想很快去陈仓，皇甫嵩不听。董卓说：“聪明人不失时机，勇敢的人不迟疑。快救，城就可以保全；不救，城就会破灭。保全或破灭的形势就在这时，皇甫嵩说：“不是这样。百战百胜，不如不战而屈服人之兵。所以先要作不可胜的样子，用以等待敌人之可以战胜。不可胜在我，可以胜在敌。敌人防不胜防，而我进攻则非常主动，想打哪里就打哪里。有余的，好像动于九天之上，不足的，好像陷入九地之下。现在陈仓虽然小，守城的工事坚固完备，不是九地之坑陷，王国虽然强，进攻我之所不救，不是九天之上的形势。没有九天之上的形势，进攻的就要受害。陷入九地之下，防守的就不会被攻破。王国现在已经陷入受害之地，陈仓可保不被攻破。我可以兴兵动众，收到全胜的功，为什么要救呢！”终不听董卓的。王国包围陈仓，自冬到春，八十余天，城坚守固，终究没有攻下。贼部队疲敝不堪，结果只得自己解围而去。皇甫嵩指挥部队进击。董卓说：“不可，兵法说，被打败了的敌人，不要追赶，撤回去的部队，不要逼迫。现在，我们追击王国，是逼迫撤回的部队，是追打被打败的敌人，被围困的野兽，还要挣扎，蜂虿有毒，况这么多人呢！”皇甫嵩说“：不是这样。以前我不进击，是躲避他的锐气，现在进击，是等到敌衰弱的时候了。我们进击的是疲敝的敌人，不是撤回去的部队。王国的部队，准备逃走，没有斗志。用堂堂之阵，进击溃乱之师，这不是叫做追穷寇。”就独自率兵进击，使董卓殿后，几仗下来，打得王国大败，斩首万余人。王国逃走而死。董卓又惭愧又嫉恨。因此忌恨皇甫嵩。第二年，董卓被任为并州牧，诏令要他把部队交给皇甫嵩，董卓不听从朝廷的命令。

皇甫嵩的侄儿皇甫郦这时在军中，劝皇甫嵩说：“本朝动乱，政治腐败，人民疾苦万分，能够挽回危局，使不倾覆的，只有大人与董卓两人而已。现在两人已经结了怨恨，势不能两立。董卓奉诏交兵给您，上书不交，这是违反皇帝的命令。他又因京师紊乱，迟迟不行，这是怀奸。他凶暴，无亲信的人，将士不附。大人今为元帅，依靠国威讨伐他，对上显露了您的忠义，为下除凶害，这是桓文的事业啊！”皇甫嵩说“：董卓不听命虽然有罪，但我专诛也是有责的。不如正大光明地上奏朝廷，使朝廷处理。”于是上书朝廷。灵帝责让董卓的不是。董卓更加怨恨皇甫嵩。