见他？如今您作为一州之首，到那儿一定危险。”荀彧说：“郭贡与张邈等人平常并没有情谊，如今来得这么快，一定还没有商定，在他犹豫不决的时候，应及时劝说他，即使不为我们所用，也可以中立。如果先对他怀疑，他将会恼怒而与他们合谋，不如去一下。”郭贡见荀彧没有惧怕的意思，知道城不可攻，就领兵离去。荀彧就派程昱去游说范县、东阿，让他们加强城防，终于保全了三城以等待曹操归来。

兴平二年【195年，献帝在位】，陶谦死，曹操想马上攻取徐州，回兵后平定吕布。荀彧劝谏说：“以前高祖占据关中，光武帝占据河内，都是先巩固根本，以控制天下。进可攻，退可守，所以虽然有失败之时，而终能完成大业。将军本以兖州为根本，所以能平定山东，这实在是天下的要地，将军的函谷关和黄河啊。如果不先安定它，要把根本放在哪里呢？应立即分兵讨伐陈宫，使敌寇不能西顾，乘机收割成熟的麦子，节食蓄粮，以助军事行动，则吕布不难击败。如今丢下这里而向东去，不见得有什么好处。多留兵则前方力量不能战胜敌人，少留兵则后方不能巩固。吕布乘虚入侵，震动人心，纵然有几座城池得以保全，其余的已不再为自己所有，那么将军还能回到哪里去呢？况且以前讨伐徐州，逞威施罚，那里的子弟记得父兄被杀的耻辱，必定人人坚守，即使能够攻克，也不能守住。他们如果恐惧而联合起来，互相支持，坚壁清野，来等着对付将军，将军进攻打不下来，抢掠又没收获，不出十天，十万大军还未交战就陷入被动了。虽然本来就有弃彼取此的事例，但要取决于衡量当时的形势，希望将军考虑。”曹操于是大力抢收成熟的麦子，又和吕布交战。吕布败走，趁机分别平定各县，兖州于是被平定。

建安元年【196年，献帝在位】，献帝从河东回到洛阳，曹操打算迎接车驾，迁都到许昌。众人大多认为山东还未安定，韩暹、杨奉自恃有功，傲横妄为，不可仓猝行事。荀彧于是鼓动曹操说：“从前晋文公接纳周襄王，而诸侯像影子一般跟随着晋；汉高祖为义帝戴孝，而天下人心归附。自从天子遭难，将军首举义兵，只是因为山东纷扰混乱，没有顾得上接驾，虽然在外平定祸乱，但心里却无时不在挂念着王室。如今皇帝回还，洛阳荒芜，义士有保护正统的心愿，万民怀着感念旧时的哀思。如真能在此时奉迎主上以顺应万民心愿，这是大顺；执最大的公来使天下服从，这是大略；扶持大义来网罗英才，这是大德。【奉主上以从人望，大顺也；秉至公以服天下，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。】即使有人抗命，又能有何作为呢？韩暹、杨奉哪里值得顾虑呢！如果不及时决定，让别的豪杰生出此心，以后即使再想这样，可就来不及了。”曹操听从了他的意见。

等到皇帝迁都许昌，任命荀彧为侍中，代理尚书令。曹操经常在外面征战，军国大事，都和荀彧商议。荀彧又向曹操推荐他的长于计谋的侄子荀攸，以及钟繇【yóu】、郭嘉、陈群、杜袭、司马懿、戏志才等，都不辜负他的推荐。只有严象任扬州刺史，韦康任凉州刺史，后来一并败死。

袁绍兼并了河朔之地后，有了骄气。而曹操被张绣打败，袁绍给曹操的信件语气很傲慢。曹操大怒，想先攻打袁绍，而怕力量敌不过，就此和荀彧商量。荀彧估计袁绍虽强，早晚要被曹操制服，于是劝曹操先消灭吕布，然后再对付袁绍。曹操听从了他的建议。建安三年【198年，献帝在位】，终于擒获吕布，平定徐州。

建安五年【200年，献帝在位】，袁绍率大军攻许昌，曹操和他相持。袁绍的军队很多，论及此事的人都心怀惶恐。少府孔融对荀彧说：“袁绍地广兵强，田丰、许攸这些智谋之士为他策划，审配、逢纪尽忠之臣任其要职，颜良、文丑勇冠三军。统率其军队。恐怕难以战胜吧？”荀彧说：“袁绍兵虽多而军法不严，田丰刚直而犯上，许攸贪心而不正派，审配专横而无谋，逢纪果敢而自以为是，颜良文丑匹夫之勇，一战就可以把他们擒获。”后来事情都如同荀彧所预计的那样，此事在《袁绍传》中。

曹操守官渡，与袁绍接连交战，虽然得胜但军粮就要吃完，写信与荀彧商议，想回兵许昌以等待袁绍的军队。荀彧回信说：“如今粮食虽少，还不像楚汉在荥阳、成皋之间相持那时候。当时刘邦项羽都不肯先退兵，认为先退就会折了士气。您以对方十分之一的兵力，划地而守，扼守咽喉要道而使他不能前进，已经半年了。可以看出这种局面就要结束，马上一定会有转机，这是使用非常之计的时候，不可错失良机。”曹操听从他的意见，于是坚守壁垒和袁绍相持。终于用奇兵打败袁绍，袁绍败走。封荀彧为万岁亭侯，食邑一千户。