道是为了奢侈淫乐吗？安帝即位以来，遇上地震，皇上警惕灾异，自己刻苦，禁苑荒芜，乐器废弃，勤劳忧思，十有余年，超过礼制。加之，皇太后体现了唐尧亲九族，笃和睦之情；皇上实践了有虞淳厚的孝道，外戚诸家，有什么疾病，派人慰问，很少疏忽。时时宁息，又没有什么娱乐，这大概不是迎接太和，有助万福之道吧。我认为现在虽有蝗灾，今年五月以来，雨露及时，好兆头来了。进入冬节，农事间隙，应该去广成，观察川原，看宿麦，奖励收藏，从而讲武狩猎，使官吏百姓，再看到旌旗之美，听到钟鼓之音，欢嬉喜乐，鼓舞于田野之间，迎和气，召休庆。蝼蚁小人，不尽思念。职在校书，根据旧文，叙说田猎的事情。写了《广成颂》一篇作为讽刺。”《颂》送上，触犯了邓氏，呆在东观，十年不得升迁。因为兄长之子死了，自己请罪归家。太后听说了，大怒，说马融不尊重朝廷命令，想去州郡做官。于是下令禁止马融为官。

太后死，安帝亲政，召还郎署，回到讲部。出为河间王厩长史。这时皇帝东巡泰山，马融上《东巡颂》，帝赞赏他的文章，召拜郎中。北乡侯即位，融作书称病，离郎中，为郡功曹。

阳嘉二年(133)，朝廷推举敦朴之士。城门校尉岑起举马融，征召赴公车，经过考试，拜议郎，大将军梁商荐为从事中郎，升武都太守。这时西羌反叛，征西将军马贤与护羌校尉胡畴征讨，而拖延不进。马融知将败，上疏要求效命：“现在杂种各羌到处抄盗，应该趁他没有集中之前，赶快派兵深入，消灭他的党羽，而马贤等处处留滞。羌胡消息灵通，望尘听声，现在虽躲藏回避，一旦乘虚而来，一定要侵掠三辅，为民大害。我愿请马贤所不可用的关东兵五千，假借部队的番号令，尽力统率奋厉，扎根部队前列，身先士卒，三十天内，一定能击败羌胡。我年轻学习艺文，不懂军事，冒昧上言，不实之辞，应受罪责。从前毛遂是下贱之人，大家都嘲笑他。终于用一句话使楚与赵定合纵盟约。我恐怕马贤等专守一城，说打西，而羌在东出现，且其将士必然会发生像高克那样溃败逃叛的事情。”朝廷不能用。又上疏说：“‘参’、‘毕’变色，‘参’西方之宿“毕”为边兵，至于分野‘，参’在申，为晋分，并州之地。西戎北狄，可能来侵扰了，应该做好准备。”不久，陇西羌反，乌桓侵掠上郡，都如马融所说的。经三次迁官，桓帝时为南郡太守。先是，马融有事触犯了大将军梁冀的意旨，梁冀暗示官吏告马融在郡贪污，免官，剃掉头发，迁徙朔方。自杀不死，得免罪还。再拜议郎，又在东观著述。因病去官。马融才高，学问渊博，是当世的通家。教授辅导学生，常以千计。

涿郡卢植，北海郑玄，都是他的学生。会鼓琴，好吹笛。放达任性，不为儒者的小节所拘。房屋器用衣物，崇尚奢侈，常坐高堂，挂红纱帐，前面教生，后有女乐。弟子按次传授，很少有进入室内的。曾经想注解《左氏春秋》，见了贾逵、郑众的注解，就说：“贾君精而不博，郑君博而不精。有精有博，我没有什么说的了。”只著《三传异同说》。注《孝经》、《论语》、《诗》、《易》、《三礼》、《尚书》、《列女传》、《老子》、《淮南子》、《离骚》，所著赋、颂、碑、诔、书、记、表、奏、七言、琴歌、对策、遗令，共二十一篇。起先，马融被邓氏惩办，不敢再触犯权势之家，为梁冀起草陷害李固的奏折，又作大将军《西第颂》。因此颇被一般正直之士耻笑。

年八十八，延熹九年(166)，死在家里。遗嘱薄葬。族孙马日石单，献帝时官至太傅。