如果李邑在国外任职，那就留他在你那里做从事。”班超却派遣李邑带领乌孙侍子回京师。徐干对班超说“：李邑以前毁谤你，企图使你平定西域的功业失败，现在何不遵循皇帝的旨意把他留下来，另派官吏护送侍子呢？”班超说：“你怎么这样没见识呢？正因为李邑毁谤我，所以我现在才派遣他回国。我处心无愧，还怕别人讲什么呢？因泄私愤而图快意把他留下来，不称是忠臣。”第二年，朝廷又派遣假司和恭等四人率领军队八百人到班超驻地，班超便发动疏勒、于蜫的军队攻击莎东。

莎东暗地派人到疏勒王忠那里用重利贿赂他。疏勒王忠便反叛班超，听从莎东的指使，西保乌即城。班超就另立疏勒的府丞成大为疏勒王，调动全部没有反叛的军队来攻击疏勒王忠。过了半年，康居派遣精兵援救疏勒王忠，班超攻打不下。这时候，月氏刚与康居通婚，互相亲善。班超便派遣使者多带锦帛送给月氏王，教化晓示康居王，康居王便罢兵，逮捕了疏勒王忠，把他送回疏勒。乌即城便向班超投降了。

其后三年，疏勒王忠游说康居王，向他借兵，回据损中，又暗地里与龟兹密谋，派遣使者向班超诈降。班超知道了他们的阴谋，表面上佯装接受投降。疏勒王忠大喜，随即率领轻骑兵到班超那里去诈降。班超暗地埋伏士兵，并设帐安排酒宴乐队，等待疏勒王忠的到来。疏勒王忠来了，饮酒间，班超令士兵捆了疏勒王忠，把他杀了。于是乘胜攻击他的军队，杀了七百多人，南道就这样打通了。第二年班超带领于蜫各国的军队二万五千人，再次进攻莎东，而龟兹王派遣左将军带领温宿、姑墨、尉头等国的军队合计五万人援救莎东。班超召集将校和于蜫王商议说：“现在兵少不能克敌，最好的计策是各自散去。于蜫从这里往东走，长史也从此西归。等听到夜里的鼓声便可出发。”暗地放松所抓获的俘虏的监禁。龟兹王听到这个消息非常欢喜，自己率领一万骑兵赴西边阻挡班超；温宿王率领八千骑兵往东边拦截于蜫王。班超知道两路敌军已经出发，暗地号令各部率领军队于鸡鸣时奔赴莎东军营。敌人大惊，慌忙逃窜。班超军队追击敌人，杀死敌军五千余人，缴获大批财物、马匹。莎东便投降了。龟兹等国亦各自败退走散。从此班超威振西域。

以前，月氏曾帮助汉朝进攻车师国，立下了功劳。这一年，向汉朝贡献珍珠宝贝、符拔、狮子，并要求汉朝以公主许婚。班超拒绝了月氏的要求，遣还他们的使者。从此月氏怨恨汉朝。

永元二年(90)，月氏派遣他的副王谢，率领七万人马攻击班超。班超兵马少，军士都很惊恐。班超晓喻军士说：“月氏兵虽然多，可是跋涉数千里，翻越葱岭来犯，交通运输极为不便，有什么可忧虑的呢？只应当收藏好粮食，坚守不出，敌人便会因饥饿而投降。不过几十天便会击败敌人的。”月氏副王谢率军攻击班超，不能取胜；又进行掠夺抢劫，也毫无所得。班超估计敌军粮尽，必定会向龟兹求救。于是派遣军队数百人于东路拦截。月氏副王谢果然派遣骑兵赍送金银珠玉去贿赂龟兹。班超的伏兵突出截击，杀光敌人，派人持月氏使者的脑袋给副王谢看。谢大吃一惊，立即派遣使者到班超这里来请罪，只要求让他能活着回去。班超便放了月氏副王谢，让他回去了。月氏从此受到极大震动，每年都向汉朝进贡。

永元三年(91)，龟兹、姑墨、温宿都投降了，朝廷任命班超为郡护，徐干为长史，立白霸为龟兹王，派遣司马姚光护送他。班超与姚光共同胁迫龟兹废除原国王尤利多而立白霸为王，并派遣姚光带着尤利多回到京城。班超驻扎在龟兹它乾城，徐干屯兵疏勒。西域只有焉耆、危须、尉犁以前杀过汉朝都护陈睦，怀有二心，不敢归诚，其余西域各国都平定了。

永元六年秋天(94)，班超调动龟兹、鄯善等八国军队合共七万人，和吏士贾客一千四百人讨伐焉耆。军队到达尉犁边界，就派人晓喻焉耆、尉犁、危须说：“都护这次到这里来，只想要安定、抚慰三国。如果想要改过从善，就应该派首领来迎接我们，那么你们王侯以下都会得到赏赐。抚慰完毕我们便会回军。现在赏赐你们国王彩色丝绸五百匹。”焉耆王广派遣他的左将北革健支献上牛酒来迎接班超。班超责备革健支说：“你虽然是匈奴侍子，可你掌握了国家大权，我都护亲自来到，你们国王不按时欢迎，都是你的罪过。”有人对班超说，可就便杀了他。班超说“：这不是你们能考虑到的。