逢迎大军，后来听说大军已退，高峻等复起了疑心。隗嚣扬言东方有变，于是西州的豪杰们再往附从隗嚣，隗嚣又引公孙述将领，令他们守城门。窦融孤弱，介于陇蜀之间，虽有陛下威灵，还须从速救援。国家当其前，窦融兵促其后，缓急交错使用，首尾互相照应。隗嚣势蹙迫，进退不得，就必定破他了。假如大军不早进，久生疑窦，那么外长寇仇志气，内示困厄虚弱，再使谗邪有机可乘，臣实在忧虑，请陛下哀怜。”帝深表赞美。

八年(32)夏，光武亲自西征隗嚣，窦融率五郡太守及羌虏、小月氏等，步骑数万，辎重五千余辆，与大军会师于高平第一城，窦融先派遣从事先问会见礼仪，这时军旅更迭兴起，诸将与三公错于道，有的背着使者喁喁私语。帝听说窦融先问礼仪，很高兴，就以此向百官宣示。于是大排酒宴举行盛大宴会，引见窦融等，待之以特殊礼节。拜其弟窦友为奉车都尉，从弟窦士为太中大夫。于是共同进军，隗嚣部众大溃败，所有城邑都归降了。帝以窦融高功，下诏以安丰、阳泉、蓼、安风四县封窦融为安丰侯，弟窦友为显亲侯。就依次封诸将帅“：武锋将军竺曾为助义侯，武威太守梁统为成义侯，张掖太守史苞为褒义侯，金城太守厍钧为辅义侯，酒泉太守辛肜为扶义侯。”封爵完毕，光武东归，派窦融等都西还镇抚原郡。窦融以兄弟并受爵位，久在西北镇抚一方，恐惧不能自安，几次上书请求派人替代。诏书回答说“：我与将军如左右手一样，你几次要求退位，为什么不晓人意呢？希望你勉励循教士民，不可擅自离开部队。”等到陇、蜀平定，诏窦融与五太守来京师奏事，官属宾客相随，车子千余辆，马牛羊遍野。窦融到，至洛阳城门，呈上凉州牧、张掖郡国都尉、安丰侯印绶，帝令使者退还侯的印绶。引见，就诸侯位，赏赐恩宠有加，倾动京师。数月，拜为冀州牧，十余日，又迁升为大司空。窦融自认为自己不是老臣，一旦入朝，位列功臣之上，每次召会进见，容貌和说话口气卑恭到了极点，帝因此更加亲近厚爱他。窦融小心翼翼，一直不能自安，几次辞让爵位，并求侍中金迁转达至诚。又上疏说“：窦融年五十三，有个儿子十五岁，性格顽劣驽钝，融朝夕教他学习经艺，不让他观看天文，见谶记，目的是使他恭敬严肃不惹是非，能循规蹈矩走正道，不愿他有才能，更何况是传给他以连城广士，让他享有诸侯王国的特殊待遇呢？”因而再次请在闲暇时接见他，帝不许。

后来朝事完了，窦融小心翼翼退到座后，帝知窦融又想辞让，就使左右传他出去。他日会见，迎窦融说：“前几天知公想辞职还乡，所以让你大暑天回家自便休息。今日相见，宜讨论他事，不得又讲辞职的事。”窦融因此不敢再陈请。

二十年(44)，大司徒戴涉因所荐举的人偷盗黄金下狱，帝以三公参与职事，不得已避嫌免去窦融大司空职。

第二年，加位特进。

二十三年(47)，代阴兴行卫尉事，仍加特进如故，又兼领将作大匠。弟窦友为城门校尉，兄弟并掌管禁兵。窦融再次请求辞职回乡，帝经常赏赐钱帛，掌管皇家饮食的太官时常送来珍奇食品。窦友死后，帝怜悯窦融年老气衰，派遣中常侍、中谒者到窦融卧室勉强劝进酒食。窦融长子窦穆，娶内黄公主，代窦友为城门校尉。窦穆子窦勋，娶东海恭王强女氵比阳公主，窦友子窦固，也娶光武女涅阳公主。显宗即位，以窦融从兄之子窦林为护羌校尉。窦氏一家有着一公、两侯、三公主、四二千石的特殊恩宠，都在同一个时期。自祖到孙，在京城官府邸第相望，奴婢上千，在众多亲戚功臣中没有人能与他相比。

永平二年(59)，窦融从兄之子窦林因犯罪被杀。帝于是几次下诏书切责窦融，以窦婴、田虫分祸败的历史事实相训戒。窦融惶恐请归乡里，诏令归府第养病。岁余，接受窦融呈上卫尉印绶，赐养牛，上樽酒。窦融在宿卫十多年，年老了，子孙放纵胡为，多有不法。窦穆等与一些轻薄儿相交往，属托郡县干扰政事。因封在安丰，想让姻戚们都占据原来的六安国，就假托阴太后诏，令六安侯刘盱休妻，而以女儿嫁刘盱。五年，刘盱被弃妻家上书报告情况，帝大怒，就将窦穆等的官职尽行罢免，诸窦中为郎吏的都携带家属回乡下老家，只窦融一人留在京师。窦穆等西至函谷关，有诏又将他们全部追回。适逢窦融去世，