识别，贼众于是惊恐溃败。冯异追击，大破贼兵于崤底，男女八万人都向冯异投降。余众还有十多万，向东走到宜阳也投降了。光武玺书慰劳冯异说“：赤眉被攻破平定，士吏劳苦，开始时虽败走回奚谷阪，最后终成大功于黾池，可说是失之东隅，收之桑榆。正在论功行赏，以酬谢你的大功劳。”这时赤眉虽已投降，诸多盗寇还很盛；延岑占据兰田，王歆占据下圭阝，芳丹占据新丰，蒋震占据霸陵，张邯占据长安，公孙守占据长陵，杨周占据谷口，吕鲔占据陈仓，角闳占据。。，骆延占据。。稨，任良占据。。，汝章占据槐里，各自称将军，拥兵多的有万余人，少的也有数千人，互相攻击。

冯异边战边走，屯兵于上林苑中。延岑既破赤眉，自称武安王，设置州牧郡守，想占据汉中，引张邯、任良共同攻打冯异。冯异将他击破，斩首千余级，诸营保守附于延岑的都来向冯异归降。延岑走攻析县，冯异派遣复汉将军邓晔、辅汉将军于匡邀击延岑，大破岑，其将苏臣等八千余人向汉军投降。延岑就从武关逃到南阳。这时百姓饥饿，人吃人，一斤黄金只能换到五升豆子。道路断绝隔离，运输不到，军士都以果实为粮。下诏拜封南阳赵匡为右扶风，率领军队援助冯异，并且送去绢和谷子，军中都称呼万岁。冯异兵士粮食逐渐增多，就对不听从命令的豪杰们渐渐加以诛灭打击，而对那些降附后有功劳的人加以表彰赏赐，凡是大帅都遣往京师，凡是部众都散归本业，威德盛行于关中。只有吕鲔、张邯、蒋震派遣使者投降了蜀，其余全部平定。

第二年，公孙述派遣将领程焉，率领数万人从吕鲔出驻陈仓。冯异与赵匡迎击，大破程焉，程焉退走汉川。冯异追战于箕谷，再破程焉，回军攻击又破吕鲔，营保投降的很多。后来蜀又多次派遣将领乘间而出，冯异常给予摧垮挫败。招来百姓，申理冤屈，前后只三年工夫，来上林归附的人很多。冯异自己以久率兵在外，心不自安，上书说思慕朝廷，愿意相亲于宫室，帝不许。后来有人上奏章说冯异在关中独断专行，杀了长安县令，威望权力很重，百姓心中归服，称他为“咸阳王。”帝派人把奏章给冯异观看。冯异惶恐害怕，上书谢罪说“：臣本来是个儒生，在战乱中获得受命的机会，充备于行伍之间，过分地蒙受恩私，被拜为大将，封爵为通侯，受任专委西方，以期建立微功，都是从国家利益着想，不计一己之私。我俯伏自思：以诏命征讨，常获得如意结果；有时以私心来决断，未尝不有所悔。皇上独见的明智，久而更加远大，就知道‘性与天道，是不可得而闻的了。’当兵革开始兴起，扰攘混乱的时候，豪杰群起竞逐，迷惑的人很多，我在遭遇之中，得以托身在你的麾下，在以前那样危险混乱的形势下，我尚且不敢有过失差错，何况现在天下平定，上尊下卑，而我在受爵恩宠的情况下，还能做出高深莫测的事情吗？我是诚心希望谨慎勤勉，以做到始终如一。看了圣上转示给我的奏章，战战兢兢恐怖害怕。我想明主知我的愚性，所以才敢于自陈心迹。”光武以诏书回答说“：将军之于国家，义为君臣，恩如父子。有什么嫌疑，而感到害怕呢？”

建武六年(30)春天，冯异到京朝帝。帝引见，对公卿们说：“他是我起兵时的主簿。为我披荆斩棘，平定关中。”朝罢，使中黄门赐以珍宝、衣服、钱帛。诏书说“：仓卒困箏时无蒌亭送我的豆粥，滹沱河送我的麦饭，深情厚意很久没有报答。”冯异叩头谢道“：我听说管仲曾对齐桓公说过：‘愿君王不要忘了射钅句的事，我也不要忘了槛车的事。’齐国赖此而强。我今也愿皇上莫忘了河北的灾难，我也不会忘了你赦我于巾车的恩德。”后来几次赐宴引见，商议讨伐公孙述问题，留了十多天，就令冯异的妻室儿女跟随冯异回到西边去。夏天，派遣诸将前往陇，被隗嚣打败，光武就诏命冯异进军。。邑。还没有到，隗嚣乘胜派他的将领王元、行巡率领二万多人下陇，因而分遣行巡攻取。。邑。冯异即刻驱兵，准备抢先占据。。邑。诸将都说“：隗嚣兵盛而且是乘胜而来，不可与他相争。应在便利的地方把军队停下，慢慢思考方略。”冯异说：“隗嚣兵临境，习惯于争夺小利，就想乘势深入。如夺取了。。邑，就会使三辅动摇，是我的忧虑。

兵法说‘攻者不足，守者有余’。现在先占据城邑，以逸待劳，并不是与他相争哩。”就暗中进城关闭城门，偃旗息鼓，行巡不知道，奔往。。邑。冯异乘其不意，骤然击鼓建旗杀出，行巡军惊慌错乱奔走，冯异追击数十里，大破行巡。祭遵也在。。攻破王元。于是北地诸豪长耿定等，都叛隗嚣而降汉。冯异上书说明情况，不敢自矜其功。诸将有的想分享其功。光武感到忧虑。就颁下玺书说“：诏令大司马，虎牙、建威、汉忠、捕虏、武威将军：虏兵率众下陇，三辅惊恐。。。邑危亡，在于旦夕。北地各营保，都按兵观望。现在偏城得以保全，虏兵遭到挫折，使耿定之流，复念君臣之义。将军征西功如丘山，还自以为不足矜持。与过去的孟之反殿后拒齐兵而不自言其功，又有什么区别呢？现派遣太中太夫赏赐征西吏士死伤者以医药、棺殓，大司马以下亲自吊死问伤，以表谦让。”于是使冯异进军义渠县，并兼北地太守事宜。青山胡率万余人投降冯异。冯异又攻击卢芳将贾览、匈奴。。革建日逐王，都攻破了。上郡、安定都投降，冯异又兼安定太守事宜。