增加郎官、谒者、从官俸禄各一等。十五日，封宗族子刘终为淄川王。

秋八月，光武帝亲自统兵讨伐五校，二十六日，帝到内黄，在戏阳大败五校军，使之投降。派游击将军邓隆援救朱浮，与彭宠战于潞城，邓隆军队吃了大败仗。盖延攻克睢阳，刘永逃奔谯城。破虏将军邓奉占据氵育阳反叛。

九月初二，光武帝从内黄回洛阳。骠骑大将军景丹去世。延岑在杜陵大败赤眉军。关中饥荒，发生了人吃人的现象。

冬十一月，任廷尉岑彭为征南大将军，率八将军在堵乡讨伐邓奉。铜马、青犊、尤来残部在上郡共立孙登为天子。孙登将领乐玄杀孙登，率领部众五万余人投降。派偏将军冯异代理邓禹讨伐赤眉。派太中大夫伏隆拿着符节安抚青、徐二州，招降了张步。十二月三十日，诏令说：“想到宗室列侯被王莽所废，先人神灵无所归宿，我非常哀怜他们，一并恢复他们的封国。若列侯本人已去世，由列侯子孙所属的郡县记录列侯子孙的现名上交尚书，封爵授官。”这年，盖延等在沛西大败刘永。以前，王莽末年，国家旱灾蝗灾，五斗粟要卖一斤黄金，到现在野生的谷子不播而长，麻、豆长得尤其茂盛，野蚕结茧，散布在山岗上，人们便去收取其利。

三年(27)春正月初六，任偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹及冯异与赤眉军在回溪交战，邓禹、冯异大败。征虏将军祭遵打败蛮中寇贼，杀张满。二十三日，立亡父南顿君上四庙。二十四日，大赦天下。

闰月初一，大司徒邓禹免职。冯异与赤眉军在崤底交战，将赤眉军打得大败，残部南逃宜阳，光武亲自领兵征伐。己亥，光武帝到宜阳。甲辰，帝亲统六军，大摆兵阵，大司马吴汉的精锐排列在前面，中军排列第二，骁骑、武卫分列左右。赤眉军望而生畏，派人求降。丙午，赤眉君臣反绑双手，奉献高祖刘邦传下的玺绶投降，诏令城门校尉办理受降事宜。戊申，光武从宜阳回洛阳。己酉，诏令说：“群盗横冲直闯，残害人民，刘盆子窃取皇帝尊号，惑乱天下。我领兵奋起讨伐，顷刻土崩瓦解，十多万部众束手降附，先帝玺绶归还王府。这都是靠祖宗的威灵，将士的力量，我怎能够格享此殊荣呢！应选择吉日祷告高庙，赏给天下应当继承父后的长子爵位，每人一级。”二月初一，祭祠高庙，光武接受传国玺。刘永妄封董宪为海西王，张步为齐王。张步杀光禄大夫伏隆反叛。光武帝到怀县，派吴汉率二将军在轵西进攻青犊，大败青犊军，使之降服。

三月十六日，任大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠占领蓟城，并自立为燕王。光武亲自统兵征讨邓奉，到达堵阳。

夏四月，在小长安大败邓奉，并杀了他。冯异与延岑战于上林，把延岑打败。吴汉率领七将军与刘永将苏茂战于广乐，大败苏茂。虎牙大将军盖延在睢阳包围了刘永。

五月二十四日，光武帝回洛阳。三十日，晦，日蚀。

六月初七，大赦天下。耿。。与延岑在穰县交战，大败延岑。

秋七月，征南大将军岑彭率领三将军讨伐秦丰，战于黎丘，大败秦丰，活捉了他的将领蔡宏。二十六日，光武帝诏令说：“俸禄不满六百石的县令，下至县长，侯国之相有罪，都先请示再处治。男子八十以上，十岁以下，及妇女因亲属犯罪连坐的，只要不是犯有‘不道’罪，诏书点名逮捕的，都不得扣押。应当对证的马上对证，女子判刑，可让她出钱雇人伐木抵罪，放回家。”盖延攻克睢阳，捉了刘永，但苏茂、周建又立刘永子刘纡为梁王。

冬十月十九日，光武帝到舂陵。告祀园寝宗庙，在旧宅设置酒宴，款待众多故旧与父老乡亲。

十一月已末，自舂陵回洛阳。涿郡太守张丰反叛。这年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣呈上奏书。建义大将军朱。。率领祭遵与延岑战于东阳，杀延岑将张成。

四年(28)春正月初二，大赦天下。二月初一，光武帝到怀县。二十一日，从怀县回洛阳。派右将军邓禹率领二将军与延岑战于武当，打败了延岑。

夏四月初七，光武帝到达邺城。十九日，行进到临平。派大司马吴汉在箕山攻击五校贼，贼大败。五月，光武帝行进到元氏，初二，又行进到卢奴。派征虏将军祭遵率领四将军在涿郡讨伐张丰，杀掉了张丰。

六月初二，光武帝返回洛阳。

七月十四日，光武帝至谯县。派捕虏将军马武、偏将军王霸在垂惠围攻刘纡。董宪将领贲休率兰陵城兵马投降光武，董宪围攻贲休。虎牙大将军盖延率领平狄将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵为董宪所攻陷。

秋八月初十，光武帝到寿春。太中大夫徐恽擅自杀临淮太守刘度，徐恽因此犯法被诛。派扬武将军马成率领三将军讨伐李宪。

九月，在舒县包围了李宪。