了罪，而司马芝则以有识见被人称道。司马芝升任为大理正。有人偷盗了官府的白丝绢放在厕所上面，吏役怀疑是一名女工干的，把她逮捕关了起来。司马芝说：“惩罚犯罪的缺失，在于苛酷暴虐。现在先得到赃物后问讯口供，如果犯人经不住拷打，有可能导致诬骗服罪，这种服罪是不可以断罪结案的。况且简明而易于服从，是德行高尚的人的教化原则。不放过有罪的人，是庸常之世的治理方法，现在宽恕了被怀疑的人，以便发扬简而易从的原则，不也是可以的吗？”太祖听从了他的建议。司马芝又历任甘陵郡、沛国、阳平郡的太守，在所任职的地方都有政绩。黄初中期，入京任河南尹，抑制豪强，扶助弱小，对私下请托不予实行。适逢宫中内官想要托司马芝办事，不敢开口，于是托司马芝的妻子的伯父董昭说情，董昭也畏惧司马芝，不给通话。司马芝为此教训下属众人说：“君主能设立政教，不能做到让属吏必定不去违犯。属吏能违犯政教，也不能做到不让主君知道。设立政教而有人违犯，是主君过于软弱；违犯政教而让人知道，是属吏的祸害。

在上主君软弱，在下有属吏祸害，这就是政事所以不能治理的原因。难道各自不应该努力吗？”自此属下吏役没有不自我勉励的了。司马芝属下的循行曾经怀疑门干偷盗头簪，门干的口供与事实不符，官曹将他拘捕下狱。司马芝说：“大凡事物有的互相类似而难于分别，如果不是离娄那样的人，很少有不迷惑的。就这件事的实际情况而言，循行怎么忍心为了重惜一支簪子，而轻易地伤害他的同类人呢？还是压下这事别再过问了。”明帝即位后，赐爵位给司马芝，为关内侯。不久，特进曹洪的乳母当与临汾公主侍者因为共同侍奉无涧山神被拘捕入狱。卞太后派遣黄门到司马芝府中传达旨令，司马芝不予向上通报，自行命令洛阳狱吏察考完毕，上疏说：“各种应判死罪的情况，都应事先上表审报。先前曾制定文书禁绝淫犯以端正风俗，现在当等人触犯了有关妖邪罪行的刑法，供辞刚刚确定，黄门吴达到臣下这里，传达太皇太后命令。臣下不敢通报，恐怕会有人救护他们，急速报给圣上知晓，如不得已，也只好对他们施予庇护。此事没有早些结案，是臣下的罪过，因此冒犯常规制度，命令县吏察考完毕，擅自执行刑罚杀戮，请求诛杀惩罚。”明帝手书答复说：“看了奏表，明了了你的心意，想奉到诏书，倚仗权势行事，是正确的。这是您奉接诏书的本意，哪里用得着道歉。以后黄门再去你处，千万不要为他通报。”司马芝任大理正官十一年，几次处理法律条文所不便治罪的案子。他在公卿之间，秉持正直原则行事。适逢诸王来京朝见，与京都人交往串通，司马芝获罪被免职。司马芝后来任大司农，在这以前，各个典农各自带领吏民，从事商业以谋生计，获取利益。司马芝上奏说：“君王治理天下，尊崇本业，抑制末业，以农业为急务，视谷物最为重要。现今吴、蜀两个虏国尚未剿灭，军旅没有止息，国家的首要之务，只在于粮谷布帛。

从黄初年间(220～226)以来，听任各个典农谋生计，各自为部下算计，实在不是国家大局所应该容许的。臣下认为不应该仍然让商业杂乱，应专门以农业为急务，为国家考虑，这样比较有利。”明帝听从了这个意见。平常官员每当有上司召见问话时，常常先见上官的掾史，让他帮助推断上官意旨，教给怎样答复满足上官的情形，然后一切答问都像掾史测度的那样去做。司马芝性情诚信正直，不矜持，高志节。与宾客谈论时，凡有不满意的地方，就当面批评那人的短处，背后却不说不满的话。司马芝死在官任上，家里没有多余的钱财。从魏朝到现在，作河南尹的人没有人能比得上司马芝。司马芝死后，他的儿子司马岐继承了他的侯爵位，从河南丞转为廷尉正，升任陈留相。梁郡关在狱中的囚犯，大多互相牵连几年不能结案。诏书命令将这些官司迁移到司马岐下属的县里，县里申请预先制造监牢器具。司马岐说：“现在囚犯有几十人，既然他们狡诈，供词难于相答，并且已经被痛楚弄得疲倦了，其中实情显而易见，怎么能仍然长久关在监狱中呢？”等到囚犯到了，责问他们，都没人敢于隐瞒欺诈，一个早上就判决结案，司马岐于是被提拔为廷尉。这时大将军曹爽专权，尚书何晏、邓飏等人做他的辅佐。南阳人圭泰曾因言论违反了他们的意旨，被廷尉审查拘捕。邓飏审讯，将要判圭泰重刑。司马岐几次对邓飏说：“中枢机要大臣是王室的辅佐，你们本来已经不能辅助教化，成全道德，与古人比美，却竟然为泄私忿，冤枉无辜。使百姓忧惧的，不是你们这种作法又是什么呢？”邓飏于是羞惭恼怒，退让了。司马岐终究恐怕时间久了会获罪，托病离开了官位。在家里住了不到一年就死了，年仅三十五岁。他的儿子司马肇继承了侯位。