武将军刘裕率领沛国的刘毅、东海的何无忌等兴起义兵。二十八日，将桓玄所委任的徐州刺史桓修杀死在京口，青州刺史桓弘杀死在广陵。二十九日，义兵渡过长江。三月初一，刘裕在江乘将桓玄的将领吴甫之斩首，在罗落把皇甫敷斩首。初二，桓玄的徒众溃散逃命。初三，刘裕设置留守京师的百官和机构。初五，桓玄的司徒王谧推举刘裕当镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、幽、并八州诸军事、假节。刘裕任王谧领扬州刺史、录尚书事。初四，刘裕诛杀尚书左仆射王愉，以及王愉的儿子荆州刺史王绥、司州刺史温详。十四，桓玄逼安帝西上。二十九日，安帝下密诏，因被桓玄幽禁威逼，朝政空旷，令武陵王司马遵依照旧典，继承帝制总领百官行事，加封为侍中，其余官职如故。并且大赦谋反叛逆之人，只有与桓玄同一祖宗的家族不宽宥。四月初二，大将军、武陵王司马遵称帝制，总理万机。初三，安帝到江陵。二十三日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规与桓玄的将领庾稚、何淡之在湓口交战，大破敌军。桓玄又逼迫安帝东下。五月十七日，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲作战，又大破桓玄的军队。二十三日，安帝又到江陵。二十五日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之保护安帝在南郡居住。二十六日，督护冯迁在貊盘洲把桓玄斩首。车马返回到江陵。二十八日，下诏说：“奸凶篡夺帝位叛逆，自古有之。我不能防微杜渐，以致流离失所，仰仗镇军将军刘裕的英雄谋略奋发，忠心义胆绝世，冠军将军刘毅等诚心一向显著，齐心协力。仁义之声显扬，士人百姓报效国家，社稷得以平安，天下得以同庆。现大赦天下，所有被威势逼迫屈从逆贼之命的人，一律不问罪。”二十二日，供奉祖宗牌位进入太庙。闰五月初三，桓玄的故将扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守氵寻阳，安帝又在贼营中蒙受风尘。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，将他斩首。七月二十三日，永安皇后何氏死。八月十九日，把穆帝章皇后合葬在永平陵。九月，以前的给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，遭到诛杀。十月，卢循侵犯广州，刺史吴隐之被卢循打败，捉住了始兴相阮腆之才退去。慕容德死，他哥哥的儿子慕容超继承伪位。

义熙元年(405)正月，安帝在江陵。南阳太守鲁宗之兴起义兵，攻破襄阳。初七，刘毅驻扎在马头。桓振拥戴安帝屯兵于江津。初九，鲁宗之在柞溪打败桓振的将领温楷，进兵驻扎在纪南，被桓振打败。振武将军刘道规进攻桓谦，将他赶跑。天子复位，安帝与琅王牙王乘坐刘道规的船。十六日，诏书说：“朕因少德，早继宏业。不能使远近和睦，遏止奸宄。叛逆之臣桓玄乘机作乱，竟欺骗上天和人民，篡夺帝位。我自身流离失所，沦落蛮荒之地，宣武皇帝的基业，顷刻间坠毁。仰仗镇军将军刘裕忠武英明果断，诚心古来第一。运筹谋划机宜，忠贞贤臣齐心协力；擦干眼泪当众盟誓，义士为诚心感动。所以刀枪一挥，巨贼奔窜，三军振作威风，元凶献出首级。其余孽桓振猖狂，接着在荆郢逞凶。幸赖上天赐福社稷，义兵举旗，再传捷报，贼寇崩溃，我才能复位。此实赖宗庙之灵验，众将勤王之功勋。哪能我一人独享此福。。呢？我想与万民从此重新开始，大赦天下，改年号，只有桓玄桓振一族以及他们的同党不在宽宥之列。赐百官爵位每人二级，鳏寡孤独每人五斛谷，大设酒宴五日。”二月初五，留守京师的官员备好车马法驾仪仗，到江陵迎接安帝。弘农太守戴宁之，建威主簿徐惠子等人谋反，遭诛杀。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，率蜀郡叛乱。三月，桓振又袭击江陵，荆州刺史司马休之逃到襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振并将他斩首。安帝从江陵回京。十四日，百官到宫廷请罪。下诏说：“这不是众卿的过失，大家回去尽心职事。”十七日，为章皇后哀丧三天，在西堂哭丧吊唁。刘裕与何无忌等上奏章请求让位，不允许。十九日，以琅王牙王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加封镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。二十三日，下诏说：“近来国难之后，人民财物凋零残破，平常所供奉的东西，还没有改变旧制，这难道符合视人如伤，夏禹商汤归过于己的训诫吗？可酌情减省。”四月，刘裕回到京口镇守。十七日，天子在东堂为他饯行。五月初三，禁止制作绢面的扇子和扌雩蒲的博戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被诛杀。桓玄的故将桓亮、苻宏、刁预侵犯湘州，守将把他们打败。八月十五日，封临川王的儿子司马修之为会稽王。十一月，乞伏干归讨伐仇池，仇池公杨盛把他打得大败。这一年，凉武昭王玄盛派使奉表称臣。

义熙二年正月，益州刺史司马荣期在白帝城进攻谯纵的将领谯子明，大败敌军。五月，封高密王的儿子法莲为高阳王。七月，梁州刺史杨孜敬有罪，被诛杀。十月，论定匡复社稷的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余封赏各有等差。十一月初三，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗寇杀死零陵太守阮野。

义熙三年二月初九，车骑将军刘裕前来朝拜。诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。闰二月十九日，大赦天下，解除禁酒令。五月，发大水。六月，姚兴的将领赫连勃勃在朔方僭位称天王，国号为夏。七月初一，有日蚀。汝南王司马遵之有罪，被诛杀。八月，派冠军将军刘敬宣持节监督征讨蜀地诸军事。十一月，赫连勃勃大败秃发亻辱檀，秃发亻辱檀逃到南山。这一年，高云、冯跋杀死慕容熙。高云僭位为皇帝。