通达，但是没有救世的远大谋略，所以谢安称他为惠帝之流，只是清谈略强一些而已。和尚支道林曾经说“会稽王有高远的外表却没有高远的神”谢灵运追述他的行事，也认为他是周赧王周献王那样的人物。

孝武皇帝名曜，字昌明，是简文帝司马昱的第三个儿子。

兴宁三年(365)六月十二日，始封为会稽王。

咸安二年(372)秋七月二十八，立为皇太子。这一天，简文帝驾崩，太子即皇帝位。下诏书说：“朕以不幸，忽逢丧事，呼天抢地，不知所诉。年龄幼弱，国势垂危，深深感到社稷之重，忧虑不能担当重任。仰赖祖宗显灵，积德享祀，先帝风俗敦厚古朴，圣明的道德教化，流传在民间。宰辅英明贤德，勋高德重。接受遗命，实赖众人匡正训导。公卿克尽职守，百官勤于政事。希望弱小之君有所寄托，祖先的基业不被坠毁。先祖遗留的恩惠，传播到四海，我想弘扬其余润，使黎民康宁。将大赦天下，与民除旧布新。”九月二十四日，追赠皇母会稽王妃为顺皇后。十月初八，将简文皇帝安葬在高平陵。十一月初五，妖贼卢悚清晨进入朝廷宫殿，游击将军毛安之等人捉住了他。这一年，三吴大旱，许多人饿死，下诏大旱地区赈灾救给。苻坚攻陷仇池，捉住了秦州刺史杨世。

宁康元年(373)正月初一，改用新年号。二月，大司马桓温前来朝拜。三月二十六日，下诏免除丹阳、竹格等四座桥梁的税收。五月，天旱。七月十四，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐州兖州刺史、南郡公桓温死。二十五日，晋升右将军桓豁为征西将军。以州刺史桓冲为中军将军、都督扬州、豫州、江州诸军事、扬州刺史，镇守姑孰。八月二十七日，崇德太后临朝摄理朝政。九月，符坚的将领杨安侵犯成都。十二日，以尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐州兖州刺史，镇守广陵。重新设置光禄勋、大司农、少府官。十月，西平公张天锡进贡地方物产。十一月，苻坚的将领杨安攻陷梓潼以及梁州、益州，刺史周仲孙带领五千骑兵向南逃跑。宁康二年正月初一，大赦天下。追封从前的会稽王的大儿子司马郁谥号为临川献王。二十七日，北中郎将、徐州、兖州刺史刁彝死。二月初一，以丹阳府尹王坦之为北中郎将、徐兖二州刺史。初五，有彗星在女虚星座出现。三月初五，彗星在氐座出现。四月十一，皇太后下诏说：“近来天象错乱，上天呈现变异，仰观这种变化，内心震惊忧惧。能因异招来休美，是自古之道，朕岂敢不留意尽心，以考虑适中的措施？另外三吴是心腹之地，如同股肱般的重要郡邑，可是水旱之灾并至，百姓失业，我日夜忧虑，不能忘怀，应该及时拯救抚恤，拯救他们的凋敝贫困。三吴的义兴、晋陵以及会稽等遭遇水灾特别厉害的县，完全免除一年的租税，其他的县允许免除半年的租税，受到赈济借贷的便赏赐给他们。”五月，蜀地人张育自称蜀王，率徒众围攻成都，派使自称藩屏之臣。七月，凉州地震，山崩塌。苻坚的将领邓羌进攻张育，将他消灭。八月，因要立皇后，权且停止民间婚嫁。九月二十九日，有彗星侵入天市座。十一月初二，天门的譙贼进攻郡邑，太守王匪战死，征西将军桓豁派军队讨伐平定了他。长城人钱步射、钱弘等人作乱，吴兴太守朱序将他们讨伐平定。二十六日，镇远将军右虔在垫江打败苻坚的将领姚苌。

宁康三年正月初五，大赦天下。五月初二，北中郎将、徐兖二州刺史、蓝田侯王坦之死。初十，以中军将军、扬州刺史桓冲为镇北将军、徐州刺史，镇守丹徒，尚书仆射谢安领任扬州刺史。八月二十日，立王氏为皇后，大赦天下，文武众官增位一等。九月，天子讲说《孝经》。十月初一，有日蚀。十二月十二，神兽门遭火灾。十三日，皇太子下诏说：“近日有日蚀变异，水旱不适，虽然竭力用心补救，但方法不全。现赐给贫穷的百姓每人五斛大米。”二十二日，天子亲自在中堂祭祀孔子，以颜回陪祀。