他被征用为本国的常侍。桓玄辅佐晋朝官拜太尉，用孔琳之为西阁祭酒。桓玄时朝廷议论，想废除金钱，用谷子和布帛交换。孔琳之论述此事说：“《洪范》中说的八大政事，把货币放在吃饭后面，难道不是因为交易行为是日常生活的最重要的一项吗？如果不让金银为货币，百姓把精力投在铸钱上，那么必定妨碍他们做其他事，所以禁止百姓造钱是对的。今日农民只管种谷物，手工业者只管制造工具，士农工商各人只管经营他们的事业。又有哪个人用心于造钱呢？所以圣人制造无用的钱，而使有用的物质流通，既没有浪费多余费用，又减轻运输的艰难。这就是货币表现为龟壳贝壳，历朝历代都没有废除的原因。谷物布帛是宝贝，用来作为吃饭穿衣。如果今天把其中一部分划分出来作为货币，那么必定有很多损害。而且谷物布匹在商贩的手中损坏，在加减乘除中消耗。这样做的弊端，古人已说得很清楚。所以钟繇说：‘奸诈的百姓，争着用湿谷物来抬高价值，制造薄薄的布帛充作货币。’魏代历朝用严刑惩治，但没有效果。所以司马芝认为用钱不仅使国家富裕，也可以减少刑罚。货币之所以没有采用完全由于战乱长期存在，以至废弃是有原因的，汉代末年便是这样。今日钱已使用，再废除它，那么百姓一下子便失去了他的钱财。如今搜集天下的谷物，以满足天下人的饮食需要，有的仓库充足，有的只是斗把左右的储存，自然是贫穷百姓依靠富人，达到这一步，完全依靠货币。一旦废除货币，那便是被抛弃的东西，有钱无粮的百姓都坐而待毙，这是废除金钱马上会产生的祸害。况且今日用钱的地方不穷，用谷的地方也不富。另外人民用钱已习惯了，改变它必然导致混乱。俗话说：‘获利不超过一百倍，人们是不会改换他的职业的。’况且钱比谷物用起来更方便，魏明帝时，废除货币用谷交换，三十年时间，因为不方便人民生活，于是朝中进行大讨论，深通政治经济的大人物，无不认为应该再用钱，人民没有反对意见，朝中没有异议。那个时代尚且舍弃谷物而用钱作为交换工具，足以说明用谷物交换的弊端，已被当年的人们深深认识。世人或者认为魏朝不用钱很长时间，积累了很多钱，所以最后又用了钱，有利公家有利于国。其实并非如此。当年晋文公之所以后赏赐舅犯，而先赏奖成季的忠信才谋，就是因为他认为权谋虽然有利于一时，不如诚信有利于万世。魏国时一些名臣贤人在朝，君子并列，仔细谋划天下，商讨有利有害的各种大事，决定经营国家的根本方法。如果谷物确实比货币方便，应该不只追求一时的方便，而离开永远有用的顺利，这是显而易见的。这实际上是因为积累的弊端太多而想变革，改造旧的方式罢了。晋孝武帝末年，天下安宁，风调雨顺，五谷丰登。百姓乐业，自然谷物丰收，布帛充满，几乎家家丰衣足食，从这时的史实来看，钱也不妨碍人民的富裕。近些年来战乱不断发生，饥荒交迫。贫寒没有解决，也是因为这个原因。明公既然拯救天下，拨乱反正，改革制度，崇尚根本的教化，重视增加农业投资，给人民因时制宜，顺其自然，游子荡夫迷途知返，追逐末利的人自然止息，基本上达到了大家努力种田种地，旷野没能多余的土地了。从这往前走，太平之日必然可以达到，更不用担心衣服饮食了。我认为拯救时代弊病，不需要废去金钱。”

桓玄又打算恢复肉刑。孔琳之认为：“唐尧虞舜制定刑律，夏禹建立法制。大概因为敦朴和刻薄的风俗不同，但是达到政治清平的方法一样，宽容和严厉交替使用，不断地改变政策适应时代。《尚书》说：‘刑罚有的时代重，有的时代轻。’说的是刑法随时代变化而变化。三代时期，风俗淳朴，政事简明，所以当时很少有人犯法；世纪末期，风俗巧伪而政事繁多，所以人们动不动便触犯刑法。如果三千条刑法在世纪末通用，必然导致鞋价上涨的问题，这正是五帝法律不一样，肉刑不可以全部恢复的原因。汉文帝表现他的仁厚心肠，感概重新做人的道路未能打开，于是改变古代的法令，在当时被称为刑法废除的时代。名义上是轻了，实际上刑法反而重了，反而更加伤害百姓。所以孝景帝即位后，继续缓和减轻刑罚。刑罚缓和以后而百姓又目无法纪。因刑罚又威慑不了邪恶的人，就要使刑罚达到适中。这也是古人加以称赞，历代详加商讨但又没有解决的问题。兵荒