派人用车装上诸葛长民的尸首送交廷尉，又杀其弟诸葛黎明。丁日午骁勇力大，时人称赞他说：“不要飞扬跋扈，否则交付丁日午。”

先前山川湖泽都被豪强霸占，百姓砍柴捕鱼都要纳税，刘裕下令免征。当时百姓居无定所，刘裕上书说：

“臣闻先王治国，天下井然有序，疆界划分，各安其所。在往昔盛世，人无职业变更，所以井田制，三代时兴盛。秦实行新政，汉袭秦制，豪强兼并土地，于是就发生了。恳请陛下，怜惜万民，把界定州郡区划的重任交付臣下，如我恳请的合理，请允准，并迅速实行。”

于是重新划定州界，只有晋陵附近的徐州、兖州、青州不在重新界定之列。许多由北方流亡来的郡县，多被合并裁汰。

皇上加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。刘裕坚辞不受太傅、州牧之职和班剑，奉还黄钺。

七月，朱龄石平蜀，杀蜀王谯纵，并将其首级送京师示众。

义熙九年(413)九月，皇上加封刘裕第二个儿子刘义真为桂阳县令，作为他平定齐乱，斩杀卢循的奖赏。天子重申前令，加封刘裕为太傅、扬州牧，赐羽葆(一种车盖)、乐队、班剑二十名。派百余名朝臣恳劝，刘裕这才接受羽葆、乐队、班剑，其余坚辞不受。

义熙十年(414)，减轻徭役让民休养生息，修建东府。

平西将军、荆州刺史司马休之，为宗室所倚重，又得江汉民心，刘裕疑其有夺取王位的野心。休之哥哥的儿子谯王司马文思在京师招集任侠之士，刘裕逮捕了他，把他送到司马休之处，令司马休之处理。司马休之上书请废文思的王位，并写信给刘裕表示谢罪。义熙十一年(415)正月，刘裕逮捕司马休之的儿子文宝和其侄儿文祖，打入牢中赐死。刘裕率大军西征，又持黄钺，任荆州刺史。五日，从京师发兵，中军刘道怜监管留守府事务，司马休之上书说：

“臣闻运气不是一成不变的，治世乱世更迭。国运衰败了，不久又会兴盛。昔日奸臣横行，皇室不振，今江山姓名未改，皇室再次兴隆。太尉刘裕威武精明果断，首举义旗，扫除元凶，皇室复位。一介平民百姓，匡复社稷，南灭卢循，北定广固，近千年来，功劳没有比得过他的。因此四海归附，朝野推崇。位居极位，权倾皇上，不能秉公处事，恃宠骄横。自以为功高盖世，心目中无皇上，滥杀无辜，肆意苛政暴行，刘裕不守人臣之礼，篡位的迹象日益明显。陛下四季的膳食，得不到保征，宫廷的费用，供给的不足十分之一。皇后患病时，汤药侍奉不周，她亲自写信给家人，诉苦求助。这些都是朝廷官员所共同听到看到的，人人莫不伤感愤慨叹息，但口不敢言。前扬州刺史司马元显页第五个儿子法兴，因为桓玄之祸牵连，远逃在外，皇上开恩，这才回归故里。太傅之后，沦落绝境而又兴旺起来，凡有良知的人都感到庆幸。刘裕翦除异己，不管大小。他认为法兴聪颖明达，民心必归附于他，胸怀仇恨，就制造谣言，杀戮法兴。大司马德文和王妃公主为情势所迫，联合起来向皇上请命，刘裕肆虐惨毒，但他们誓不屈服。他们蒙冤受害，其惨痛足以感动路人，我地位卑微，但受德文的恩重，就将女儿嫁给德文之子。这样做并不是突发奇想，实在是被逼出来的。已故卫将军刘毅、右将军刘藩、前将军诸葛长民、尚书仆射谢混、南蛮校尉郗僧施，或是功劳盖世，或是德高望重，都是辅佐朝政的栋梁之材，国家希望之所在，无罪无故，一日之内全被杀戮。刘裕猜疑残忍之性，真是亘古少见。