掌留守府事务。原来由刘穆之决断的大事，现在都向刘裕请示，刘裕在长安停留了一段时间，以谋划处理赵州、魏州事务。不巧碰到刘穆之病逝，就决定回京师。十一月，从长安出发，委任桂阳公刘义真为安西将军、雍州刺史，留下心腹将领辅佐他处理大事。闰十二月，刘裕从洛河进入黄河，开辟汴渠回京城。

义熙十四年(418)正月，刘裕到彭城，休整部队，任命辅国将军刘遵考为并州刺史，兼河东太守，镇守薄坂。刘裕辞去司州刺史，任徐州、冀州刺史，坚决辞让宋王称号。

六月，刘裕接受了相国、宋王的称号和皇上赐赏的九锡。下令赦免这个月二十三日以前犯罪的罪犯(死罪除外)，救济那些鳏寡孤独不能生存的人，每人赐粟五斛，以度饥荒，府州的罪犯同等对待，其余的遵循旧制。

皇上下诏尊奉豫章公母亲为宋国太妃，长子为中军将军，辅佐相国府。委任太尉军谘祭酒孔季恭为宋国尚书令，青州刺史檀祗为领军将军，相国左长史王弘为尚书仆射。其余百官设制都依晋朝旧例，又下诏准许宋国官员在所封十郡之外也可拜官授职。

起先官西中军参军沈田子杀了安西司马、龙骧将军王镇恶，众将领又杀了安西长史王修，关中于是大乱。义熙十四年(418)十月，刘裕派右将军朱龄石代替安西将军桂阳公刘义真为雍州刺史。佛佛虏追杀刘义真，刘义真侥幸免于一死，朱龄石和其他诸将被杀，领军檀祗去世，刘裕任命中军司马檀道济为中领军。

义熙十四年(418)十二月，天子驾崩，大司马琅玡王继位。

元熙元年(418)正月，皇上派使者征召刘裕入京辅佐朝政。重申前令，晋刘裕爵位为王，划徐州的海陵郡、北东海郡、北谯郡、北梁郡，豫州的新蔡郡，兖州的北陈留郡，司州的陈郡、汝南郡、颍川郡、荥阳郡等十郡，增补给宋国。七月，刘裕接受任命，赦免国内五年以下徒刑的罪犯，将都城迁到寿阳。任命尚书刘怀慎为北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕辞去扬州刺史之职。

十二月，天子吩咐刘裕穿皇帝服，树天子旗，出行严加警戒，所过之地严加戒备，断绝行人，坐金银车，配六匹马。配备五时副车，添置旌头云旗，乐舞八佾，设钟磬于宫廷，升王太妃为王太后，王妃为王后，长子为太子，加封王子王孙称号，遵循旧制。

元熙二年(420)四月，晋帝征召刘裕入京。六月，刘裕到京，晋帝将王位禅让给刘裕，下诏说：

“天造草卉，树木管之，天造三级，教化天下。大道运行，选贤任能，兴衰更替，没有定期。禅让替代，由来已久。晋朝衰败，祸乱频繁，及至元兴年间，更是多灾多乱。三光换位，冠履易所。安皇流离，宗庙坠毁，纵览天下，皇祚已倾。相国宋王刘裕，天赐其圣德，灵武秀世，力挽狂澜，再造基业，挽大厦于既倾，征讨叛逆，收复失地，拓展疆土，多次俘获伪主，收复平定京都。蛮夷之地，大漠之乡，莫不来朝，沐浴皇恩。

“我虽昏聩，不明大道，但知借鉴历史兴衰。为顺民心，我将退位离官，禅让于刘裕，遵循唐虞、汉魏旧例。”

诏书拟成后，呈送天子审阅，天子随即执笔，对左右说：“桓玄专权时，天命已改，被刘裕延续了二十年。今日让位，心甘情愿。”致信给刘裕说：