此深深感激他。及至王晏在萧赜手下供职，王奂堂弟王蕴谋反，齐世祖萧赜对王晏说：“王奂是宋室的外戚，而王蕴亲自参加逆党，王奂既然舆他有堂兄弟关系，怎会没有二心。我想把这些情况全都上奏给朝廷。”王晏叩头说：“王奂这个人既善良又谨慎，我担保他没有二心。我父母都在京都，可以把他们作为人质。”萧迹因此才打消了这一念头。

王奂出任吴兴太守，俸禄是中二千石，将军衔照旧。不久进号为征虏将军。齐建元元年，进号为左将军。第二年，转迁为太常，领鄱阳王师，并转为侍中，秘书监，领骁骑将军。又迁调为征虏将军、临川王镇西长史、领南蛮校尉、南郡内史。王奂一年之内调任三次，所以他上表坚持谢绝任南蛮校尉之职说：“现在国家基业初创，万物更新.荆蛮服威来朝拜，巴濮也不再侵扰。衹要使边境人民安居乐业，各级官员勤于职守，南蛮各州郡就曰渐变成殷富之地。我以前曾在西土作过官，比较了解其真实情况，更兼最近战火之后，更是满目疮痍，很难恢复其元气。即使施行众多的善政，一时也来不及使它复苏。现在朝廷又将大的州府分割、撤除，而设置偏小的校尉之职，让他去管辖。崇高的声望也不足以使他显得更强有力，他说的话又怎么能最后决断？况且物力人力更分散，官职增多，各种事务成倍地增长，文书案牍也越来越繁杂。不是我衹看见其困难的一面而畏缩不前，实在是从国家大局考虑而不肯答应啊。”朝廷答许了他的请求，于是罢免了他南蛮校尉的官职，晋封前将军称号。

齐世祖萧迹即位，征王奂任尚书右仆射，又转任使持节监湘州军事、前将军、湘州刺史。永明二年，调为散骑常侍、江州刺史。他开始以江州军府作尚书省。永明四年，又改迁为尚书右仆射，本州中正。王奂没有文才，因办事干练被重用。又升迁为尚书仆射，中正照旧。校籍郎王植托吏部郎孔诱之，让他以校籍令史俞公喜的名义请求进入省署。假称这是王奂的意思，于是王植坐罪被免去官职。

永明六年，王奂调任散骑常侍，领军将军。王奂想恭请齐世祖去他府上。齐世祖晚年笃信佛教，膳食不宰杀牲畜.、所以派王晏去对王奂说：“我从去年开始已经断绝丁杀牲之事，已拿定主意不再到大臣家去，现在也不想突然改变它。”王俭死，世祖想起用王奂作尚书令，便征求王晏的意见。当时王晏受到皇上厚遇地位已很重要，对王奂的事又不好推诿，便回答世祖说：“柳世隆有很高的威信，他的职位恐怕不应当在王奂之下。”于是将王奂转为左仆射，加官给事中，出任使持节，散骑常侍，都督雍、梁、南秦、北秦四州以及郢州的竞陵、司州的随郡军事，镇北将军，雍州刺史。皇上对王晏说：“王奂对于佛教，实在有些过分专心了。他在藩镇大概会因此而妨碍政务，你见到他时要提醒他，但不要说这是我的意思。”齐世祖因为防守北疆的士卒穿着大多破旧，所以送去三千套裤褶，命王奂分发给众人。

永明十一年，王奂妄杀宁蛮长史刘兴祖，齐世祖大怒，让御史中丞孔椎珪上奏此事说：