，于是上尊号，改元，在江陵建立宗庙、南北郊祀之所，州府的城门全部依照建康宫格式，设置尚书五省，以城南射堂作为兰台，以南郡太守为尹。建武年间，荆州大风大雨，有龙进入柏斋中，在柱子上墙壁上留有脚爪印，当时刺史萧遥欣害怕，不敢在裹面居住。至此把它作了嘉佑殿。中兴元年三月，萧颖宣为侍中、尚书令，假节、都督职依前未变。随后不久领吏部尚书，监八州军事，行荆州刺史，原本官职不变。左丞乐蔼上奏章说道：“皇上颁发诏旨，因为行军打仗事多，暂且停止朝值。个人私下认为对于权位不懈怠，道理分明，应当夙兴夜寐，国家礼制仪节原有的法则，不能缺少。与兼右丞江诠等参议，五曹尚书、一令、二仆射八座的丞郎以下官员适合五天一朝，有事郎官坐等下鼓，无事允许依照实际退回外面。”奏议批覆可以。

梁王正义的军队出沔口，郢州刺史张冲据城拒守。杨公则克定湘州，行事张宝积送江陵，率军到夏口相会。巴西太守鲁休烈、巴东太守萧惠训派遣儿子萧璝抗拒正义之师。萧颖胄派汶阳太守刘孝庆进军峡口，与巴东太守任漾之、宜都太守郑法绍抵御他们。当时正处在行军用兵的时候，人们的心情没有安定，萧颖胄府长史张炽带领身穿绛衫的身边人三十多个，进千秋门，引起城内惊慌，怀疑有什么变故。御史中丞劾奏张炽的这一过错，诏答以赎论处。

萧颖胄的弟弟萧颖孚在京城，庐陵人脩灵佑暗中打算南上，在西吕县的山裹聚集兵丁二千人，袭击郡治，内史谢篡逃奔豫章。萧颖孚、脩灵违占据郡城求援。萧颖胄派遣宁朔将军范僧简进周业南道去援助他们。造军取得室盛，于是授任他辅国将军、安成内史。拜萧颖孚为冠军将军、庐陵内史。会合二郡兵力，出彭蠡日。东昏侯派遣军主彭盆、刘希祖带三千人接受丝州刺史陈伯之节制，向南去讨伐二郡的义兵，并要进取周州。南康太守王且保守本郡策应室涂等。萧颖孚听说对方的军队来了，便望风而逃。前内史谢簦又返回了郡治。刘希祖到安成，攻城战斗了七天，安成城失陷，范僧简被杀。刘希祖就任灵处内史。萧颖孚收集逃散的士卒占据西昌，谢篹又派军队来攻西昌，萧颖孚部众战败，逃奔湘州。以萧颖孚为督湘东衡阳零陵桂阳营阳五郡、湘东内史，假节、将军职依前未变。过了不久他就病死了。后来脩灵佑又会合其余部众攻打谢箠，谢篹又败逃到豫章，刘希祖率郡投降。

湘东内史王僧粲也抗拒义师，自称平西将军、湘州刺史，以南平镇军主周敷为长史，率领前军袭击湘州。在距离渔业一百余里处屯驻。杨全主型长史刘坦守州城，派军主尹法略抗拒来犯敌军，多次战斗都未能取胜。等到听说建康城被平定，僧粲败逃，才斩杀了。南康太守王丹也被本郡的人杀掉了。

郢城投降，义师众军向东进军。八月，鲁休烈、萧璝在峡口破汶阳太守刘孝庆，巴东太守任漾被杀，于是就到达上明，江陵大为震动。萧颖胄也恐慌了，骑马奔告梁王说：“刘孝庆被芦玺打败，应派杨公则返回援救江陵。”梁王说：“公则现如今若是逆流而上荆州，那就是鞭长不及马腹的意思啊。萧瓒、鲁休烈是乌合之众，不久自然会退散。正需荆州自己持重一段时间。确需兵力，两位弟弟在雍州，指派人去征调，到来不难。”萧颖胄于是就追赠任漾之为辅国将军、凿州刺史。派遣军主基j差尽假节进鞋上塱抵抗芦堡。

这时梁王已平定郢、江二镇。萧颖胄辅佐和帝出居上游，有安重的形势。他一向能喝酒，一次能吃白肉片多至三升，听到萧坟等的军队同他们相持不下，忧虑而感风寒，十二月壬寅夜裹，去世。遣下奏表说：“臣患病几天，不料竟至危重，呼吸微弱，等待命终罢了。臣虽说平庸才薄，惭愧地凭藉如芦苇中的薄膜那样一点亲缘关系，受到先朝非比寻常的眷爱，因循宠信磨砺心性，誓以生死相报。遭逢皇王伟业中落，天地崩塌，我总领诸侯，尊奉辅佐圣明的君主。幸赖国家命运绵长，曰月在运，所以义师所到之处，没有不思服的。现在天下将要平定，兵器将要收藏，正希望陪伴皇帝仪仗，侍奉天子车驾，返归束都，观赏原先熟悉的景物。不幸生病，突然告别清明的人世，带着这深深的遣憾，永远沉埋泉壤之下。私下认为皇王事业最重要，皇帝H常处理的政务最重大，攀登上这基业实在难，保守这一基业很不容易。陛下年富力强，应当远远追思祖宗创立基业的艰难，以末世颠覆其功业作为借鉴，考虑如何起始囤谋结果，使兆民康乐。征束大将军萧衍，大功大德，光赞天下，陛下衹需垂衣拱手仰头等待成功，那么风流日化，臣纵使万死，也没有遗恨了。”萧颖胄死时四十岁。和帝亲临哀哭。诏赠侍中、丞相，原本官职依前不变。前后部羽葆鼓吹，佩带饰有花纹的木剑三十人为仪仗，丧车，帝王用的车盖及帝王车衡左边的装饰物。

梁王围困建康城，住在石头戍，和帝暗中传诏书告诉萧颖胄死的凶讯，他不予公开不发丧。等到建尘撼平定，有见识的人听说这件事，知道天命所在了。