为侯，增加食邑至千户。服丧结束后，改授中书监，侍中、护军等职仍旧，又配给鼓吹一部。次年，褚渊后嫡母吴郡公主去世，他又像上次那样哀伤毁瘠。安葬后，皇上下诏要他着手职务，他坚决辞让，又以年祭在即为由，请求解职，皇上都没允许。

苍梧王(刘昱)酷暴稍甚，太祖与褚渊和袁粲谈论天下大事，袁粲说：“主上正处少年，有些小错误改起来也容易，伊尹霍光那样(废立君主)的事情，不是我们这个时代所适于做的，即使干成了，我们最终也不会有好下场。”褚渊不说话，但心里倾向太祖做皇帝。后来要废苍梧王，群公集议，袁粲、刘秉不接受安排，褚渊说：“除了萧公(道成)没有人能收拾局面。”手取诏书授予太祖，太祖说：“送给他他不要，我就不好推辞了！”事情于是定下来。顺帝(刘准)立位后，褚渊改号卫将军、开府仪同三司，侍中之职仍旧。配给甲仗五十人上殿。

沈攸之事件暴发，袁粲有二心，太祖召褚渊来商量，褚渊说：“西夏那边闹事，必然不成气候，公(太祖萧道成)应该先防备内部出事。”太祖便秘密作了防备。事件平定后，褚渊进位中书监、司空，本官仍旧。

齐王府建制开始时，褚渊援引何曾自魏司徒为晋丞相的先例，请求太祖让他到齐王府任职，太祖谦虚而不答应。建元元年(479)，褚渊进位司徒，侍中、中书监等职务仍旧。被封为南康郡公，食邑三千户。褚渊坚决辞让司徒。他给仆射王俭写信，想依照蔡谟的事例。王俭认为不宜说，劝褚渊接受下来，褚渊终究不就职。

褚渊仪表优美，举止和善，一举一动都很有风度。每到朝会的时候，文武百官和外国使者无不伸长了脖子观看褚渊的举动。宋明南齐书帝曾经感叹说：“褚渊能迟行缓步，就凭这就该做宰相了。”不久加褚渊官尚书令，其他本官仍旧。建元二年，重申上次任命，褚渊任司徒，他又坚决辞让了。

这一年敌虏又有所活动，皇上想发动所有王公以下没有官职的人员到军队去，褚渊谏止说这无益于实用，而且徒然造成扰动，皇上便作罢了。朝廷里的机密大事，皇上常常要听取褚渊的意见，而且经常采纳他的建议，对他的礼遇甚为厚重，有一回皇上大宴群臣，酒后对群臣说：“你们大家都是宋时的公卿，也没有人认为我应该做皇帝吧？”王俭等人还来不及回答，褚渊手持笏板说：“陛下不能说我们没有早识龙颜。”皇上大笑道：“我有愧于文叔，早就知道你是朱祜了。”

褚渊渊博健谈，又善弹琵琶。世祖做太子时，曾赐给他金镂柄银柱琵琶。他的性情和雅而有气度，不妄举妄动，家宅曾有一次失火，烟火都逼近了，周围的人一片惊慌骚动，褚渊却神色怡然，叫人把舆找来徐徐离去。轻薄之辈很是讥诮他的名节，由于褚渊眼珠白的部分多些，他们便说他是“白虹贯日”，意思是说这便是宋朝亡国的征兆。

太祖驾崩，在遗诏中任命褚渊录尚书事。东晋以来，尚书没有单独拜录的先例，有关部门怀疑考虑要立优策。尚书王俭讨论时说；“现居本官，另外拜录，按理应该有策书才是，但这样的情况又不见记载。中朝以来，三公王侯的封任，都是优文与策书并设的，官品第二，则只策不优。优文只是褒美，而策书还兼有表彰委任寄托的意思。尚书之职居于大官，是政治教化的根本，所以尚书令虽然只是三品，但拜官必有策书。录尚书虽不明确品位待遇的级别，但总理之任尤其重大，前代大多是与本官同拜，所以不另立策书。根据即事缘情适时变革的原则，此事有能和一般官僚的任命同样对待，应该有策书，以表明寄托和隆重。既然和王侯不同，也就不必要优文了。”

不久褚渊生病了，皇上观察星象认为将连续发生变故，褚渊很担忧，便上表要求退下来。又通过王俭和侍中王晏口头请求世祖，世祖不批准。褚渊又上启道：“臣下我资质凡薄，福过灾生，没能保持正情以获安宁，很是惭愧。而我是忠心耿耿的，就更觉得不能拖延时间了。我受职不久，头一年就患了重病，近来更是多次出现危险，更加忧虑震惊。陛下总是格外地挽留爱护我，有人说是有关人员议论未定，这都是因为您对我过分的慈爱并想让我更加荣耀。我已经四十八岁了，蒙受如此待遇，因为生病而要求退休，这有什么可惊奇的呢？况且总录尚书这个职位，东晋以来就很少任命，是国家重要的高层中枢。如今我接受的时候不曾推辞，而退休下来也是自愿，这对于我的名誉地位也没什么影响，这也是人所共知的事情，陛下何足为这点事情劳神费心呢？我如果是为了故意谦虚掩饰而赚取廉洁退让的名声，那么就应该受到监察部门的揭露和法律部门的制裁。我的一片赤诚之心不能落实，这也是神鬼不来宽宥我的原因吧。区区寸心，现在都照实禀告了。我知道光阴宝贵，更希望天下大治远过于尧舜时代。当年王弘坚决请求，才从司徒降为卫将军，刘宋王朝行之为疑，当时也没什么好的反映，拿我与他比较，就更不持齿了。我只盼望陛下宏图大展，王业发达，这样虽死在九泉，也如同活在人间了。”于是改任褚渊为司空，领骠骑将军，侍中、录尚书仍旧。