进行决战，于是命令孔奂多做麦饭，用荷叶包裹麦饭，一夜之间，做得几万包，军人天明时吃完，丢下多余的麦饭，因此而能决战，于足大败敌人。

高祖接受禅让后，孔奂升任太子中庶子。永定二年，任命为晋陵太守。晋陵自从宋、齐以来，一直就是大郡，虽经过敌寇的侵扰，还是保全了富庶，前后担任郡中太守的大多进行凶恶的掠夺，孔奂以清白自守，妻和子都不到他任官的地方，孔奂衹用一只船来到郡中，所得的官俸，随即分送救济孤儿寡妇，郡中的人非常高兴，给孔奂一个名称叫做“神君”曲阿的一个富人殷绮，见孔奂的生活俭节朴素，便馈赠一件衣服，一具毡被。孔奂说：“太守身有优厚的俸禄，怎么会不能备办这些，但百姓生活有不足，不容我独自享受温饱呀。有劳您深厚的情意，希望不要麻烦。”

起初，世祖在吴中，听说孔奂擅长政务，到登上帝位后，征召他任御史中丞，领扬州大中正。孔奂性情刚直，善于掌握道理，多次举发弹劾官员的过失，朝廷上人们非常敬畏他。孔奂能深入地通晓治理国事的根本，每次陈述奏进，皇上没有不说好的，各个部门积滞的事务，都交给孔奂判决。孔奂升任散骑常侍，领步兵校尉，任中书舍人，掌管诏诰的撰写，任扬、束扬两个州的大中正。天嘉四年，重新任命为御史中丞，接着任五兵尚书，常侍、中正的职务依旧担任。当时世祖生病，尚书省各种事情，都命令仆射到仲举和孔奂共同决定。到世祖病重，孔奂和高宗以及到仲举加上吏部尚书袁枢、中书舍人刘师知等入宫侍候医药。世祖曾经对孔奂等人说：“现在三方鼎足对峙，生民不能得到治理太平无事，天下的事务重大，应当要一个成年的君主。朕要近则效法晋成，远则尊崇殷法，你们必须遵守这个意旨。”孑L奂便流泪哀叹抽泣着对答：“陛下饮食失调而致病，不要太久就会痊愈康复，皇太子年纪正当兴盛之时，圣人的品德日益提高，安成王以陛下弟弟的尊严，完全可成为周旦，辅导帝王主持国政，如果陛下有废除皇太子另立继承人的想法，臣等竭尽忠诚而不明事理，不敢听从诏令。”世祖说：“古代直道而行的遣风，又在你身上看到了。”天康元年，便任用孔奂为太子詹事，两个州中正的职务依旧担任。

世祖崩，废帝登位，任命为散骑常侍、国子祭酒。光大二年，调出朝廷任信武将军、南中郎尘乐侯长史、寻阳太守，管理江州政事。高宗登位，加封号仁威将军、云麾始兴王长史，其余职务都依旧担任。孔奂在任职中清廉俭约，许多政务有所改正，高宗赏识他，赐给米五百斛，并且多次下达诏令心意深厚地给予慰劳问候。太建三年，征召到朝廷任度支尚书，领右军将军。太建五年，改为领太子中庶子，和左仆射徐陵共同参与掌管尚书五条事。太建六年，升任吏部尚书。基建七年，加官散骑常侍。太建八年，改为加官侍中。当时有事往北进行征讨，用武力征服淮、回，途、逸等地方首领，投降归附的接连不断，分封赏赐选拔任用的工作，杂乱重叠，孔奂应接推荐，门前没有停留的宾客。加以明识人物，熟悉众多的氏族，凡是孔奂甄别而荐举使用的人才，士大夫们没有不喜悦佩服的。

王鱼性情耿直，拒绝私相嘱托，虽有皇储身份的尊严，公侯地位的显贵，涉及到感情沉湎其中的事，终究不为身份地位尊严显贵的人所屈服。垣玺王陈叔陵在周业时，屡次婉言请托担任有关职务的官员，坚持请求任宰相重臣。孔奂说：“台辅三公的职务，本来依据道德标准选择任用，未必就是皇室宗支。”因此高声对高宗表明。直塞说：“蛆璺王怎么希望出任宰相，况且朕的儿子担任宰相，必须在鄱阳王担任此职之后。”壬堕说：“臣的看法，也如同圣上的旨意。”{鲈当时在东宫，想任用江总为太子詹事，命令管记陆逾告诉壬L兔造件事。王乙色对陆逾说：“丝塑有、坠机的文采，然而没有东园公、绮里垂的德行，辅正太子，我私下认为有困难。”陆逾把王速的话告诉厘圭，篮王深以为恨，于是自己在直塞跟前说明。直塞将要同意造件事，孔奂便进言说：“辽缠衹是文章华丽的人，现在皇太子文华并不缺少，难道要藉助于江总!按照臣愚拙的看法，希望选用敦厚稳重的人才，用他担任辅佐引导的职责。”高宗说：“就按照您说的，谁适合担任这个职务？”孔奂说：“都官尚书王廓，世代有美德，心性敦厚聪慧，可以担任这个职务。”后主当时也在旁边，于是说：“王廓是王泰的儿子，不可以担任太子詹事。”孔奂又进言说：“宋朝范晕就是范泰的儿子，也担任太子詹事，前代用人不疑。”后主坚持争辩这件事，高宗最终任用江总为太子詹事，孔奂因此违背了皇帝的意旨。他的耿直就像这样。

起初，后主想任用他私心宠信的人做官，因而嘱托孔奂，孑乙奂不听从。到右仆射陆缮升职时，高宗想任用孔奂为右仆射，已经草拟完诏书，被后主所阻止，便不执行。太建九年，升任侍中、中书令、领左骁骑将军、扬束扬丰三个州的大中正。太建十一年，转任太常卿，侍中、中正的职务依旧担任。太建十四年，升任散骑常侍、金紫光禄大夫，领前军将军，尚未就任，改为领弘范宫卫尉。至德元年去世，当时年纪七十岁。赠给散骑常侍的官衔，本来的官衔依旧保存。有著作集十五卷，弹文四卷。

孔奂有儿子绍薪、绍忠。孔绍忠字孝扬，也有才能学问，官做到太子洗马、仪同鄱阳王东曹掾。