被诛，郭祚逃亡在外，得以免死。郭祚少时孤贫，其貌不扬，乡人没人认识他。有名女巫给他看相说日后当富贵。郭祚博涉经史，习崔浩之书，尺牍文章见称于世。刚成年，任州主簿，刺史孙小任他为书记。又太原王希，是徐逸妻的侄儿，与他互相照应，二人得以出名。

高祖初年，郭祚被举为秀才，对策处上第，朝廷拜授他为中书博士，转任中书侍郎，迁任尚书左丞，长兼给事黄门侍郎。郭祚对公事清正勤勉，日夜不懈，高祖很是欣赏他。跟从高祖南征，还朝之后，转任正黄门。皇帝车驾幸临长安，行经渭桥，经过郭淮庙，帝问郭祚说：“这是爱卿的祖庙？”郭祚说：“这是臣七世伯祖。”高祖说：“先贤后哲，尽出一门。”郭祚回答说：“过去臣先人以通儒英博，只事魏文，微臣虚薄，得奉明圣，自思十分幸运。”皇帝下诏以太牢祭祀祖庙，让郭祚自写祭文。帝又因郭祚辅赞迁都洛阳的功劳，赐给他东光子爵位。高祖曾经幸临华林园，观看旧的景阳山，郭祚说：“山以仁静，水以智流，愿陛下好自修之。”高祖说：“魏明帝因奢失于前，朕我为什么步其后尘？”郭祚说：“高山仰止。”高祖说：“这是不是指身行影从？”迁官散骑常侍，仍然领黄门职。当时，高祖锐意典礼，兼考检群官，又加上迁都洛阳，百业草创，征战不息，内政外务，十分繁杂。郭祚与黄门宋弁参与谋划。按其才能，各有委任。郭祚负责承禀注疏之类文字工作，特别勤勉。皇帝曾因立冯昭仪，百官晚上在清微后园饮宴的机会，高祖举杯酒赐给郭祚以及崔光说：“郭祚忧劳众事，忠心于朕；崔光温良博物，为朝中隽秀。朕不劝这两个人的酒，那该劝谁的呢？”二人被皇帝是如此看重。

当初，高祖任命李彪为散骑常侍，郭祚因入见皇帝，高祖对郭祚说：“朕昨天误授一个人的官职。”郭祚回答说：“陛下您圣镜照临，论才授职，官员进退与否，黜升幽明，品物既彰，人伦有序，何至于容圣诏颁行而有差异。”高祖沉吟说：“这应该有推让，如李彪推让，朕就打算另给他授一官职。”不一会，李彪出启说：“伯石辞卿，子产所恶，臣想要这个官职已经很久，不打算辞让。”高祖叹着气对郭祚说：“你的忠谏，李彪的咄咄正辞，使朕迟疑不能决定。”于是不换李彪的官职。皇帝乘舆南讨，郭祚以兼侍中职跟从皇帝，又被拜为尚书，晋爵为伯。高祖逝世，咸阳王元禧等人启奏郭祚兼任吏部尚书，不久除任长兼吏部尚书、并州大中正。

魏世宗下诏因奸吏逃刑，决定把他们流放到边疆，如若他们永避不出，兄弟代受刑罚。郭祚启奏说：“慎狱审刑，道昭先古；垂章设禁，义纂惟今。所以先王循按人情物理，为之立法，故而八种刑罚备于昔典，查奸之律彰于来制，都是按照所犯罪行，量刑定罪，这是为了敦风厉俗，永为世范。臣考虑皇旨博远，理绝近情，为臣既有愚蠢的不同看法，不容不讲述出来。的确，败坏法律的根源，是由于奸吏作怪，奸吏身份虽微，败坏法律的行为实在很厉害。臣寻思皇诏之旨，的确是为了断其遁逃之路，治理要决，确实在此。然而法贵止奸，不在过于严酷，制定法律，还可为后世范式。假如法律太猛而奸诈不息，禁止罪过而法不能传，那拿什么载于刑书，垂示百代？如果因奸吏逃窜，兄弟顶罪，罪人的妻儿又应随之定罪，这就会是一人之罪，祸殃二家。愚臣认为罪人既逃，就当让妻儿连罪，逃走的人，悬名永配，过失永不赦免，这样做奸之途自然塞住了。”帝下诏从之。

不久，郭祚转正吏部。郭祚立身高洁清廉，珍惜重视官位，至于授予官职，如果得到一人，必定会考虑很久，然后才行下笔，下笔就说：“此人从此就走上显贵之途了。”由于这，办事速度颇慢，当时很是招了些怨愤。但是他所选拔录用的，都量才称职，当时人们又因此称赞他。