米沉在江心，轻舟而回荆州。后来逐渐升任岳阳内史，凭军功封建宁县侯。侯景派他的部将宋子仙占据郢州，王琳攻克郢州，擒获子仙。又跟随王僧辩破侯景。后来官拜湘州刺史。

王琳果敢强劲超越常人，又能折节下士，所得到的赏赐不据为己有。他部下万把人，多是江淮一带盗贼。平定侯景的功劳，他和杜龛都当推第一。他仗恃有功在建邺横行暴虐，王僧辩禁止不住，怕他作乱，奏请杀了他。王琳也疑心招祸，令他的长史陆纳带领他的军队到湘州，他自己不带武装到江陵见元帝谢罪并说明情况。临行前向陆纳等人说：“我要是回不来，你们怎么办？”众人都回答说：“愿和你同死。”挥泪而别。到了江陵，元帝把他交给司法官吏处置，而派遣廷尉卿黄罗汉、太舟卿张载到王琳军中宣布处置王琳命令。陆纳等人和兵士们对使者大哭，不肯接受这命令。于是扣押黄罗汉，杀了张载。张载性情刻薄，被元帝信任，荆州人恨他如仇人，所以陆纳等人顺应大家的心意，抽出他的肠子系在马腿上，让马围着他转，把他肠子抽光气绝而死，又把他的肉一块块儿割下来，用尽五刑而斩首。

元帝派王僧辩讨伐陆纳，陆纳等人败逃长沙。当时湘州没有平定，武陵王萧纪进兵的气势又很盛，江陵上下惶恐不安，人人都另有打算。陆纳上书申述王琳无罪，请求恢复他原来的职位，自己甘愿作奴婢。在这种形势下，元帝把王琳用铁链锁起来押送前线交给王僧辩。当时陆纳正出兵交战，碰上王琳押到，僧辩把王琳送到楼车顶上让陆纳看。陆纳等人都扔下兵器下拜，全军痛哭，说：“请求放王郎入城我们就出城投降。”于是把王琳放进城内，陆纳等人便投降了。湘州平定，恢复了王琳以前的职位，让他去抗击武陵王萧纪。平定萧纪后，委任他为衡州刺史。

元帝生性爱猜忌，因为王琳的部众势大，他又能得军心，所以把他派到岭南去，又任命他为都督、广州刺史。他的朋友主书李膺，是元帝所信用的人，王琳对他说：“我承蒙提拔，常想尽力效命以报国恩。如今天下尚不太平，把我调到岭南，如果万一国家有急难，怎能使我效力呢。我想皇上不过是怀疑我罢了，我的欲望有限，难道还能和他争作皇帝吗？为什么不让我作雍州刺史，使我坐镇武宁。我自然会让兵士从事耕种，也能作为国家的屏障，如果有紧急情况也可让朝廷得知，强似远放岭南，相距万里，一旦国家有变故，该怎么办！我不愿长期待在岭南，正是出于为国家考虑罢了。”李膺赞同他的话却不敢替他上奏，因此王琳还是率领他的部众镇守岭南去了。

元帝被西魏围攻进逼，于是征召王琳来救援，委任他为湘州刺史。王琳军队驻在长沙时，已听说西魏攻下了江陵，立梁王萧鮞为帝，于是为元帝举哀，三军戴孝。派遣别将侯平率领水军攻萧鮞的梁朝，王琳屯兵长沙，向四方传送檄文，制定进攻的计划。当时长沙的藩王萧韶和镇守长江上游诸将推举王琳为盟主。侯平虽然不能攻过江去，却屡次打败梁军。又因为王琳鞭长莫及，便翻脸不受他的指挥，王琳派兵讨伐他，不能胜。加上长期作战，军队劳累不堪而不能有所进取，于是就派使者到北齐奉表称臣，并献驯象；又派使者到西魏表示归附，要求归还他的老婆孩子；同时也到梁朝称臣。