此以前右军司马胡景略到合肥，但久攻不下。韦睿到后考察山川地势，说：“我听说‘汾水可以灌平阳’，就和这一样。”于是就在肥水上筑堰。很快堰成水通，战船相继开到。魏军开初分筑东西两个小城，夹合肥而立，韦睿先攻这二城。不久魏援军杨灵胤率兵五万杀到，众人害怕敌挡不住，请韦睿奏请增兵。韦睿说：“贼兵已到城下，才又去求救兵，怎么来得及，何况我们求救，他们也会增兵，‘军队致胜在于齐心协力’，这就是古人的道理。”于是和魏援军接战，战败了他们，军心稍加安定。

当初，肥水堤堰筑成后，韦睿派军官王怀静在岸边筑城守卫它，魏军攻陷了这城，乘胜杀到韦睿堤下。军监潘灵。。劝韦睿退回巢湖，诸将又请求退走保住三义。韦睿发怒说：“军败将死，有进无退。”于是命令取来他的伞扇旗帜等仪仗，立在大堤下面，表示决无退却的打算。韦睿历来身体羸弱，每次作战从未骑过马，总是坐着小车督率军队。魏兵来破堤，韦睿亲自率军和他们争夺，魏军后退，于是韦睿在堤旁筑垒来守卫。又造战舰与合肥城墙一样高，四面进攻。城被攻破，俘虏万余人，所缴获的战利品，没有一点据为己有。起初，胡景略和前军赵祖悦一同参战而关系恶劣，相互陷害，景略发怒，狠咬自己的牙齿，以至把牙咬坏血流满嘴。韦睿认为将帅不和，将会招致祸患，亲自斟酒劝解景略说：“希望两将军不要再为个人争斗。”因此这次战役能够相安无事。

韦睿每天白天接应宾客和军务，夜里处理军事文书，三更就起身点灯直到天亮，尽心安抚他的部众，常常表现得好像自己做得很不够，因此投军的人争相到他这儿来。他所到之处，营房都井井有条，馆舍和防务工事也都标准规范。

合肥平定后，有诏让他班师，因为离魏军太近，怕被他们跟踪追击。韦睿令辎重都作前队，自己坐小车殿后，魏人慑于他的威名，只是远望着不敢逼近，军队得以完整无损地退回。从此就把豫州州治迁到合肥。

天监五年(506)，魏中山王元英进攻北徐州，把北徐州刺史昌义之围困在钟离，魏军拥兵百万，驻扎迤逦四十多座城池。武帝派征北将军曹景宗抗击。景宗驻军邵阳洲，筑垒守卫，不敢前进。武帝发怒，下诏让韦睿来见，赐他龙环御刀，说：“诸将有不听命令的就斩了他。”韦睿出兵自合肥直接过阴陵大泽，碰上山涧峡谷，一概马上架桥渡过。众人都怕魏军势盛，多劝韦睿慢点儿前进，韦睿说：“钟离现在已经危急得挖洞居住，背着门板去打水了。驾着车急忙赶去，还怕来不及，何况缓进呢！”十天就赶到邵阳。当初，武帝告诫景宗说：“韦睿是你们家乡的人望，要好好尊重他。”景宗见到韦睿很恭敬。武帝听到后说：“二将和睦，军队一定打胜仗。”韦睿在景宗营前二十里处，连夜挖掘长壕，扎上鹿角，把河洲截断形成城防，快天亮时营寨就筑起了。元英大惊，用棍子敲着地说：“怎么这样神速呢！”景宗怕钟离城中因危急而恐惧，就召募军士言文达、洪骐马。。等带敕令入城，让他们固守城防。军士们从河底潜水，才到达东城。城里守卫一天比一天艰苦，这时才知道有了援兵，于是人人勇气百倍。

魏将杨大眼率万余骑兵来战，杨大眼勇冠三军，所向披靡。韦睿把车辆串起来连结成阵，大眼会合骑兵包围。韦睿指挥强弩二千一齐发射，洞穿魏军铠甲，杀伤很多。一箭贯穿大眼右臂，丧胆而逃。第二天早上，元英亲自率兵来战，韦睿坐白木小车，手执白角如意指挥军队，一日接战几次，元英很有点儿惧怕他的顽强。魏军夜里又来攻城，箭如雨下。韦睿的儿子韦黯请他下城去避箭，他不答应。军中惊乱，韦睿在城上厉声呵斥才安定下来。

魏人先前在邵阳洲两岸造了两座桥，树立围栅数百步，截断淮河通道。韦睿打造大舰，命梁郡太守冯道根、庐江太守裴邃、秦郡太守李文钊等为水军。碰上淮水暴涨，韦睿立刻派他们出战，一时战舰齐发，全都逼近魏军营垒。梁军又用小船载草，灌上火油，放船来烧魏军桥梁。风急火猛，敢死之士拔除木栅，砍断桥梁，水流又急，转眼之间，桥栅全被破坏。道根等人都亲身搏斗厮杀，军士们奋勇作战，喊声震天动地，无人不是以一当百。魏军大败，元英脱身逃走。魏军投水逃命淹死的有十几万，被杀的也有这么多，其余脱甲叩头求为俘虏的也有几十万。韦睿派人通知昌义之，义之悲喜交加，顾不上回答，只是一个劲儿地喊：“又活了！又活了！”武帝派中书郎周扌舍到淮河边劳军。韦睿把缴获的物资堆积在军门，周扌舍观看后，对韦睿说：“将军缴获的真和熊耳山一样高了啊！”韦睿因功晋爵为侯。