孔纬。孔纬差遣御史台吏员催促百官上路，群臣都以没有了朝服笏板为借口拒绝。孔纬把他们无可奈何，于是召集侍御史、殿中侍御史和监察御史对他们说：“我们身受国恩，担任法纪官职。虽然皇上的车驾行走急迫，但皇帝现已近在咫尺，屡次下诏催召前往，大家都不接受命令，这不是做臣子的应有行为。所有平民中的故交，遇到危急的事尚且相互救助，更何况是对待君主？出仕为官就该以死报效君王，怎么可以违背君主呢？”说得声泪俱下。三院的御史们说：“我等哪里是不留恋皇上呢？只是在周至遭到抢劫后，所剩下的东西，吃都不足。现在怎样出发上路？姑且容我们谋得一天的费用，等过两天就启程。”孔纬激动地说：“我的妻子身患重病，性命朝不保夕，大丈夫难道因为妻子生病的缘故，而怠慢君主的急务吗？诸位明公好好想想，我奉旨前往已经定了。”

当天孔纬就去见李昌符，求告说：“皇上一再下诏，让我催促百官进发。可是看他们诸位的心意，还没有上路的准期。我愧列御史、诠选官位，不应行动在后。一路上多有梗阻，恳望明公借给我五十名骑士，将我送到陈仓。”李昌符很赞赏他，对孔纬说：“沿途没有设置专供军用的饮食馆所和驿站，你长途远行的粮食备办了吗？”于是送给他钱五十缗，派骑士护送孔纬到达大散关。孔纬料定朱玫必定心怀不轨之志，向僖宗进言说：“大散关是个小城，不适宜驻扎皇帝军队，请皇上立即去梁州。”次日，僖宗离开陈仓，刚刚进入梁州(兴元府)城关，朱玫率领的。。州、岐州军队就包围了宝鸡，攻打大散关。不是孔纬进言就危险了。

抵达褒中，孔纬改任兵部侍郎、同中书门下平章事，不久又改任中书侍郎、集贤殿大学士。王行瑜斩杀朱玫，平定京都后，孔纬迁任门下侍郎、监修国史。他随僖宗返回京都，停驻在岐阳时，孔纬晋级为特进，兼吏部尚书，并兼任诸道盐铁转运使。僖宗回到宫中，孔纬官职晋升为左仆射，被赐予“持危启运保。。功臣”荣衔，封给他食邑四千户，实征赋税的食邑二百户，并被赐给享有特权的铁券，免除对他施行十项死罪法令的惩处；还赏给他天兴县的庄园和都城善和里的府宅各一处，兼任京畿营田使。

僖宗逝世，孔纬任山陵使。按照惯例，在僖宗附随祖庙祭祀期间，孔纬作为山陵使不入朝参谒新君。昭宗特派宫中使臣召回孔纬赴延英殿君臣见面，让他仍然处理政事，进加司空职衔。由于国学府失火被焚毁，昭宗让孔纬将其修缮复原，并兼国子祭酒。蔡州逆贼秦宗权伏法处死后，孔纬晋升官阶为开府仪同三司，晋升官位为司徒，受封为鲁国公。

十一月，昭宗祭天祭祖时，宦官担任的南、北禁军护军中尉及枢密使也请求穿官服随同助祭。主管部门申说以往惯例：宦官没有穿官服助祭这样的礼仪，少府监内也没有白衣面料制作的衣帽服饰。护军中尉发怒，当即命令制造。命令下达给太常礼院。执掌礼仪的官员列举旧日的典章制度，也说没有宦官穿着官服辅助祭祀的礼仪规定，谏官也同样这样奏论。孔纬进言说：“宦官不穿官服助祭，是国家的典章制度。陛下想借变通的办法尊宠宫廷官员，就请依照所兼任的官职穿著官服。”昭宗召见谏官，对他们说：“祭祀大典时间迫近，不宜再提别的意见，替朕宽容一下。”于是宦官穿著官服助祭。祭天大礼举行完毕，孔纬晋升官位兼太保。

大顺元年(890)夏，幽州、汴州的藩镇奏请讨伐太原逆臣，宰相张浚奏请自率禁军任招讨使。昭宗犹疑不决，向孔纬询问计策。孔纬认为讨伐有利。同年秋，张浚的军队遭太原叛军攻打，大败而回。张浚被罢相贬官，孔纬因附议张浚，以检校太保职位调离朝廷任江陵尹、荆南节度、观察等使；还未离开京城，又被贬为均州刺史。孔纬、张浚秘密派人到汴州求援，朱全忠上奏援救。孔纬走到商州，有诏令让他就地停留，于是他寓居华州。