济穷困，收服群盗来谋取京都，高祖认为很好。太宗以前军渡过黄河，先平定渭北。三辅的官员、百姓以及豪杰绅士到军门请求献身报效者每天用上千人来计算，扶老携幼，布满在大旗之下。太宗收留采纳英俊豪杰以作为备用的官员，远近听说此事的人，都来献身投效。军队在泾阳驻扎，精锐之兵九万，击破胡贼刘鹞子，兼并了他的部队。留下殷开山、刘弘基屯扎在长安故城。太宗率军亲自奔赴司竹，贼酋李仲文、何潘仁、向善志等人都率兵来会合，屯兵在阿城，获得兵士十三万。长安父老拿牛、酒到军门的很多，太宗慰劳他们而后送走他们，什么也不接受。军令严明整肃，秋毫无犯。不久太宗与大军平定京城。高祖辅助国政，任唐国内史，改封为秦国公。恰值薛举精兵十万前来逼近渭水之滨，太宗亲自攻打，大破其部众，追杀一万多人，攻占敌军土地一直到陇坻。

义宁元年(617)十二月，太宗再次被任命为右元帅，统兵十万攻取东都。等到将要回军时，对左右的人道“：贼人见我回军，必定会相继跟踪追击。”设下三次埋伏以等待追兵。不久，隋将段达率领一万多人从后追到，过三王陵时，太宗发动伏兵攻击，段达大败，追杀敌军直到城下。于是在宜阳、新安设置熊、谷二州，派人留守而回。迁徙改封太宗为赵国公。高祖即皇帝位，任命太宗为尚书令、右武侯大将军，晋封秦王，加授为雍州牧。

武德元年(618)七月，薛举入侵泾州，太宗率众军加以讨伐，不胜而回。九月，薛举死，其子仁杲继立。太宗又被任命为元帅攻击仁杲，两军在折土庶城相持不下，双方挖深沟筑起高高营垒相持六十多天。贼众十多万，军队的气势强盛，多次前来挑战，太宗按兵不动以挫败他的锐势。贼人粮食已完，贼将牟君才、梁胡郎前来投降。太宗对诸将军道“：敌军锐气丧失衰退了，我军当攻取他们。”派将军庞玉先在浅水原南扎阵以引诱贼人，贼将宗罗日侯集中军队前来抗击，庞玉军几乎失败。不久太宗亲统大军出其不意覆盖了浅水原北。宗罗日侯远远望见，再次回军抗拒。太宗率领精锐骑兵数十人攻入贼阵，于是太宗之军里外配合一齐奋力攻击，罗日侯全军溃败，太宗斩贼首级数千个，掉入山涧山谷而死者不可胜计。太宗率领随从二十多个骑兵追赶逃跑敌军，笔直奔赴折土庶而追逐敌军。仁杲十分恐惧，环城守卫。将晚，太宗大军陆续到来，四面合围。早晨，仁杲请降，太宗俘虏他的精兵一万余人，男女五万口。

不久诸将祝贺，因趁机问道：“刚开始大王野战攻破贼人，贼酋还保有坚固城池，而大王没有攻战之器具，用轻骑兵转战追逐，不等待步兵，直接迫于敌人城下，都怀疑不能战胜，然而竟然攻下了，这是什么缘故？”太宗道“：这是用权宜之计逼迫他，使他们的计谋没有机会发出，因为这个原因战胜。罗日侯依靠往年取胜，加之长期养足了锐气，见我军不出，心中对我轻视。现在敌军见我出战，十分高兴，全部军队前来作战，虽然我已击破他，但擒捉杀掉的还少。假若不急速追逐，敌军回军投入折土庶城，仁杲收拢安抚，那就不可能战胜了。再说敌军兵众都是陇西人，战败逃散，来不及回顾，败逃到陇外，则折土庶城自然空虚，我军随后压下，所以恐惧而投降。这些可谓是已定的计划，诸君难道全部不见吗？”诸将道“：这不是普通人所能赶得上的。”获得贼兵精锐骑兵很多，仍令仁杲兄弟及贼帅宗罗日侯、翟长孙等率领。太宗与他们游乐骑射，没有什么距离隔阂。投降的贼徒感恩并慑于太宗的威势，都愿意以死报效。当时李密刚刚归附，高祖命令李密骑驿马到豳州迎太宗。李密见太宗天姿英明威武，军威严肃，悚惧叹服，私下对殷开山道“：真是英明之主也。不是这样，凭什么来平定祸乱呢？”太宗凯旋，在太庙献捷。任命太宗为太尉、陕东道行台尚书令，镇守长春宫，关东兵马全部受他节制调度。不久又加授左武侯大将军、凉州总管。

宋金刚攻陷浍州，军队气势强盛。高祖因为王行本还占据蒲州，吕崇茂在夏县反叛，晋、浍二州接着陷落，关中震动惊骇，于是下手令道：“贼人气势像这样厉害，难以与他们争胜负，应该抛弃河东之地，只好好守住关西罢了。”太宗上表道“：太原是王业的基础，国家的根本，河东富裕是京城的凭借。假若全部抛弃，臣私下感到憋闷遗憾。希望借助臣精兵三万，必定能消灭平定刘武周，克复汾、晋。”高祖于是全部调遣关中兵加给太宗，又亲自驾临长春宫送太宗。