进京朝拜，升任检校司空、同中书门下平章事，兼任皇陵使。不久又在同中书门下平章事职上加任御史大夫，他就提议应由御史大夫任命御史，不用和宰相商议。并上奏任命李衡、于结等为御史，宰相杨炎发怒了，因此没能批准。杨炎当时正在诋毁刘晏，崔宁在皇帝面前帮刘晏说话，因为他一贯巴结元载，杨炎也是元载提拔的，因此杨炎虽然恨他，但不忍心发作。

这年十月，南诏和吐蕃联军进犯文川、方维、邛崃，攻占了一些州、县城，人民都逃跑躲到山谷之中。崔宁正在朝廷，军队没有主帅，唐德宗催崔宁回驻地。杨炎因已和他有矛盾，怕他到蜀地无法制服，就劝皇帝说：“蜀地是国内地形封闭的地方，自从崔宁擅自统管，国家失去这一地区已经十四年了。现崔宁虽入京，但他的全部军队控制着蜀地，赋税交给皇上的和没有差不多。崔宁本来和诸将平级，单靠作乱得高官，不敢专权，靠恩惠怀柔，因此没有威信。现要他回去，必定不能建功，这是白派他回去了；如果他立了功，按道理不能夺他的权，那么因为蜀地闭塞，战败了当然就丢了，战胜了也不归朝廷拥有。请皇上深思。”皇帝说“：你有什么办法呢？”杨炎说“：请不要让崔宁回去。现朱氵此率领的范阳精兵在近郊防守，让他们和禁军一起去，战无不胜。利用这次作战把禁军派到了蜀地中心，那么蜀中将领就害怕不敢乱动，以后再换派别的人统率，来收回他们的权力，就得到了千里肥沃的土地，这叫作利用小灾得到大利。”皇帝说“：好。”于是罢免了崔宁的西川节度使，改为兼任京畿观察使，灵州大都督，单于、镇北大都护，朔方节度，。。、坊、丹、延州都团练观察等使。假托用重臣镇抚北部边境，但每道都派留后官，让他们能自己报告情况，杜希全在灵州，王罖在振武，李建徽在。。州，以及戴休颜、杜从政、吕希倩都是杨炎任命的，要他们窥探崔宁的过错。

崔宁巡边到了夏州，和吕希倩一起招抚党项，很多人投降了。杨炎讨厌这事，就上奏说吕希倩没有安抚边境的才能，派神武将军时常春代替他。改封崔宁为尚书右仆射、知省事，仍任司空官。

朱氵此反叛，皇帝逃到奉天，崔宁过几天来了，皇帝很高兴。崔宁对亲近的人说“：皇上聪明，从善如流，只是被卢杞等迷惑才到了这地步。”还因此流下了眼泪。卢杞听说了这事，想找机会在皇帝面前诬陷崔宁。王罖说逃出长安时，和崔宁一起出延平门西行，崔宁多次下马上厕所，时间都很长。王怕叛军追赶，就喊道：“已到这里来了，还想观望吗？”卢杞听说了，就示意王罖告诉皇帝。遇到朱氵此用反间计，任命柳浑为宰相，崔宁为中书令。当时崔宁的朔方掌书记官康湛任銩稨县县尉，王逼他伪造崔宁给朱氵此的信献上。卢杞于是上奏说：“崔宁起初就没有效忠皇帝的心，先前听说他已就任叛贼中书令，现果然后到，又查获了他给叛贼的信，反叛行为很清楚了。

如叛贼从外进逼，奸臣在内响应，那么国家就完了。”他接着跪伏哭着说“：我承乏当宰相，在危急时不能扶助皇上，罪该处死。”皇上令侍从把他扶起来，就召唤崔宁到大堂上，说是要派他到江淮去任宣慰使。一会儿宦官把崔宁领到帷幕后边，命两位力士勒死了他，终年六十一岁。

开始，命陆贽起草宣布崔宁罪状的诏令，陆贽要崔宁给朱氵此的信，想证实这事。卢杞又说“：信已丢失了。”崔宁死后，抄没了他的家产，朝廷内外都认为他冤枉。皇帝就赦免了崔宁的亲属，归还了他的家产。贞元十二年(796)，崔宁的旧将夏、绥、银节度使韩潭请求用加封的礼部尚书官来昭雪崔宁的罪名，皇帝就下诏让崔宁家收尸改葬。