那时，突厥及室韦果然发兵到险要处准备袭劫，而裴耀卿已完成任务回去了。

这年冬天，裴耀卿升为京兆尹。第二年秋天，连续下雨淹坏了庄稼，京师也闹饥荒。皇帝将去东都，召裴耀卿询问如何拯救百姓。裴耀卿说“：陛下既要东巡，那百司全要跟随而去，那太仓三辅以前的积储，可派重臣分道赈灾，再从东都扩充漕运，以充实关辅，关辅充实了，皇上再西还。这样，两头都顾上了。且国家的大业在于京师，但秦中地狭，收粟不多，一遇水旱，容易匮乏。以往贞观、永徽年代，拿国家俸禄的人少，每年漕运二十万石就足够了。如今国用日益增多，漕运增加了几倍，还不够供给。陛下多次巡行东都，那里积储较多。为国家长远计划，臣以为应拓广陕地运输通道，使京师常备三年的粮食，那就水旱不足忧了。现在天下应输税的人约四百万，每人出钱一百文为陕、洛的运费，另加五十文做建窖之用，分别交给司农、河南、陕州。再令租米由各地自出脚力送缴东都，从东都到陕一段，河流湍急难行。假如能开通河漕，变陆运为水运，支出可以省下上万钱。且江南的租船要等水合适才能行进，吴地船工不习惯河漕，处处停留，容易引起偷盗。希望能在河口设仓，可以收纳东来的租米，然后分官各载运入河、洛。在三门的东西各筑敖仓，从东方来的租米，存入东仓；三门地势险峻，则顺河凿山，开辟车道，运十几里，就可以送入西仓。然后慢慢运到太原仓，从黄河入渭水，就没有什么困难了。这样可节省大量费用。”天子同意他的建议，任他为黄门侍郎、同中书门下平章事，充转运使。

于是裴耀卿营建河阴、集津、三门的敖仓，将天下之租米由孟津沿河导引而西。三年积储了七百万石，节约运费三十万缗。有人说：“把这些钱献给皇帝，可以表明自己的功绩。”裴耀卿说“：这样做是拿国家的财产来求得个人的得宠，不可以。”奏请将这笔钱作为所司的和市钱。

明年，升任侍中。开元二十四年(736)，任尚书左丞相，罢知政事，封爵赵城侯。夷州刺史杨浚犯罪判死刑，杨浚缴纳钱款后，诏令廷杖六十，流放古州。

裴耀卿上疏说：“刺史、县令与其他官吏不一样。他们为民父母，是民俗风化瞻望的对象。现在要他们裸体受鞭打，太过侮辱。刑法至于死，是天下所共识的，但一朝交给吏人，拉扯挫顿，百姓看见会生哀怜之心，这样会忘了皇上免其死之恩，而有伤心之痛，恐怕不符合尊敬官长、树立好风气的宗旨。且杂犯抵罪，没有杖刑，奏报以后三次复核，然后执行。

现在没有经过复核，杖责以后即刻流放，倘若因杖责而死，也有违宽宥的意思。

凡是大暑盛夏决杖的人，大多数会死，而秋冬决杖的，才可能活命。切盼凡是刺史、县令，所定的杖刑以及盛夏之时的杖刑一并停止，以符合陛下爱好生灵之德，对犯死罪者有再生之恩。”

这时，特进盖嘉运击破突骑施立功而回，诏令任盖嘉运为河西、陇右节度使，仍令他经营管理吐蕃。盖嘉运因新立功，每日酣宴，没有及时赴任。裴耀卿对皇帝说：“盖嘉运确实勇敢强劲，但他的言语行为，颇有夸耀骄矜之色，臣深以为忧，担心他不足以成事。现在入秋正要加强边防，时间已经不早了，该与军中的士卒相见。假若平时素不见面，虽一时有好的决断，恐怕也难调动自如，不能制胜万全。何况，兵未训练，不知礼法，士无交往，不能同心。纵使威逼而进，侥幸有功，也不是以律令出师的长久之法。

几万人的性命，全系在将军。实在是不得而已，才凿开凶门而投入战斗。如今盖嘉运朝夕沉溺于酣饮，自以为无事。