理冤屈，恰恰增加了冤屈。

如果把选才任官不公正的吏部官员、审判案件徇私舞弊的刑部官员、管理投书铜匦收集上奏书札积压不报的朝堂三司理匦使都交给我审查揭发，罚扣薪俸降官免职，不超过三两个月，就能做到无人犯法。”则天皇后采纳了他的意见。

窦孝谌的妻子庞氏被自己的奴仆用妖怪作祟的话吓住了，奴仆要她夜晚作法驱妖免灾，又乘机告发她祈求鬼神危害别人。给事中薛季昶审理这件案子，庞氏被判死刑。儿子窦希蠨告状申冤，徐有功弄明白了其中的冤枉。薛季昶弹劾徐有功偏袒谋杀亲人的罪犯，应该杀头示众。徐有功刚刚任职，一个令史哭泣着告诉了这事。徐有功说“：难道只是我一人会死，而人们永远不死吗？”从容地走了。则天皇后召见他责问“：您近来断案多数重罪轻判，为什么呢？”徐有功回答说“：重罪轻判，是我的小过失，爱惜生灵，是陛下的大恩德。”则天皇后无话可说。庞氏免去了死罪，徐有功罢官成了平民。

后来又起用他任左司郎中，改任司刑少卿。和皇甫文备一起审理案子，皇甫文备诬告他放纵叛逆的党徒。过了很久，皇甫文备因事获罪进了监狱，徐有功救出了他。有人说：“他曾经诬陷你，把你置于死地，现在你救他的性命，是什么原因？”徐有功回答说“：你说的是个人恩怨，我坚持的是国家法律，不能用个人恩怨损害国家法律。”

他曾对亲近的人说：“司法官员，关系着人的生命，不能逢迎圣旨弄虚作假，以便苟且避免个人的祸患。”所以徐有功审理案子，一向坚持公平正直。因为执著地纠正冤假错案，先后三次被判死刑，面对死亡，坦荡安详无忧无悔，免去死刑，也不喜悦，则天皇后因此看重他。由他保全生命的人很多，酷吏因而稍有收敛，不过像对仇敌一样地恨他。后来改任司仆少卿。去世时，六十八岁，追认为司刑卿。中宗李显登上帝位，提升追认为越州都督，派遣使者登门吊唁祭祀，赏赐绢帛一百段，给他的一个儿子授予官职。玄宗开元初年，窦希蠨等人请求把自己的官职转授给徐有功的儿子徐忄仑，来报答昔日的恩德，徐忄仑因此由大理司直改任恭陵县令。武宗会昌年间，追赠谥号为“忠正”

当初，鹿城县主簿潘好礼仰慕徐有功的道德人品，评论说：“从前称赞汉朝的张释之担任廷尉，天下没有遭受冤屈的人，我朝徐有功断案，也是天下没有遭受冤屈的人。但是张释之身处汉文帝时代，朝廷内外平安无事，依法办事就行了。徐有功处在唐、周交替的时代，周兴、来俊臣等人压制正义包庇邪恶，喜爱讲颠倒是非的坏话，诬陷道德崇高的人，徐有功坚持到死申张正义，多次差点儿被杀，这些都胜过张释之是明显得很的。”有人认为徐有功仁爱宽容超过了汉朝的于定国、张释之。起居舍人卢若虚说“：徐公面对则天皇后雷霆般的威严，却能保全仁爱宽容，即使千年之内还不见有人赶得上他。”

他第五代孙儿名徐商。