朱温认为说得很对，于是杀掉监军严实，率军归河中向唐将王重荣投降。唐都统王铎奉命任朱温为左金吾卫大将军、河中行营招讨副使，唐僖宗赐朱温名全忠。

中和三年(883)三月，唐僖宗任命朱全忠为汴州刺史、宣武军节度使。四月，唐军打败黄巢军，收复京城。巢军退驻蓝田县。七月四日，朱全忠到宣武。同年，巢军出蓝田关，攻下蔡州，唐节度使秦宗权投降，于是巢军包围陈州。徐州节度使时溥为东南面行营兵马都统，会合东方各镇唐兵救陈州。陈州刺史赵韜也乞兵于朱全忠。时溥虽然是都统，但不亲自领兵。四年(884)，全忠率兵救赵韜，率诸镇兵马击败巢将黄邺、尚让等。赵感谢朱全忠的恩德，开始附属于他。当时，河东节度使李克用率兵经太行山，渡过黄河，出洛阳，与朱全忠军联合进攻黄巢军。巢军败走，朱全忠、李克用军追到郾城再败之。巢军退到中牟县，又被击败于王满。巢军再退到封丘县，又遭大败。黄巢向东退兵，走到泰山狼虎谷，被时溥追兵所杀。九月，唐僖宗任命朱全忠为检校司徒、同中书门下平章事，封沛郡侯。光启二年(886)三月，进位王爵。义成军内乱，赶走节度使安师儒，公推牙将张骁为留后，安师儒来投奔朱温，被杀掉。派朱珍、李唐宾攻下滑州，任命胡真为留后。十二月，徙封吴兴郡王。

自从黄巢死，秦宗权称皇帝，攻占陕、洛、怀、孟、唐、许、汝、郑各州，遣其将秦贤、卢瑭、张日至攻汴。贤驻军板桥，日至驻军北郊，瑭驻军万胜，环绕汴州城为三十六栅。王看到自己兵少，不敢出战。于是派朱珍到东方募兵，并向兖州、郓州求救兵。三年(887)春，朱珍募军万人、马数百匹回来。于是攻打板桥，攻下秦贤四栅。又攻打万胜，卢瑭战败，投水死。秦宗权听到卢瑭等人战败的消息，亲率数千精兵，立栅于北郊。五月，兖州朱瑾、郓州朱宣来赴援。全忠在军中设宴招待，席间，假说上厕所，却派兵出北门袭击张日至，鼓乐之声不停。张日至没有料到会遭袭击，兖、郓之兵又来合击，于是大败张日至，斩首二万余级。秦宗权与张日至率败军乘夜逃走，经过郑州，大肆屠杀。秦宗权兵至蔡州，再遣张日至攻汴州。朱全忠听说张日至又来，登上封禅寺后冈，望张日至兵经过，然后遣朱珍率兵跟踪，并提醒说“：张日至看见我军，必然停止不进。你们看到他停止后，应当迅速返回，不能与他们发生战斗。”张日至见朱珍兵在后面，果然停止下来。朱珍立即返回。朱全忠命令朱珍引兵到大树林里隐蔽，而自率精骑到其东边大坟墓之间埋伏。张日至军吃饭后，拔起旗帜，用骑兵攻击朱珍。朱珍兵稍退，朱全忠引伏兵出击，把张日至兵隔断在三处痛击之。张日至大败逃走，秦宗权怒斩张日至。河阳、陕、洛的守军，听到蔡州精兵在汴州被歼灭的消息，各自溃散而去。所以诸葛爽派李罕之取河阳、张全义取洛阳来归附。十月，唐僖宗派使臣来赐给朱全忠纪功碑。朱宣、朱瑾兵帮助打败秦宗权后东归，朱全忠传报兖州、郓州诬告他们引诱汴州士兵逃走，于是借此发兵攻击，夺取曹州、濮州。又遣朱珍攻郓州，大败而回。十二月，唐天子派使臣来赐给朱全忠铁券和德政碑。

淮南节度使高骈死，杨行密进入扬州。唐天子让全忠兼任淮南节度使。朱温表荐杨行密为副使，以行军司马李。。到扬州上任，杨行密不接纳他。文德元年(888)正月，全忠想进兵淮南，至宋州而还。当时秦宗权兵陷襄州，用赵德。。为节度使。赵德。。叛秦宗权来归附。唐天子因此任命全忠为蔡州四面行营都统，以德。。为副。

三月三日，僖宗去世。天雄军内乱，囚其节度使乐彦贞。其子相州刺史乐从训攻魏，前来乞请援兵。全忠派朱珍率兵帮乐从训攻魏。魏军杀乐彦贞，乐从训战死，魏军立罗弘信为节度使，朱珍只得率兵回。张全义攻取河阳，驱逐李罕之。李罕之投奔河东。李克用派兵围攻河阳，张全义来求救兵，全忠派丁会、牛存节去救援，在氵允河打败河东兵。