宁初，安石为政，惠卿方编校集贤书籍，安石言于帝曰："惠卿之贤，岂特今人，虽前世儒者未易比也。学先王之道而能用者，独惠卿而已。"及设制置三司条例司，以为检详文字，事无大小必谋之，凡所建请章奏皆其笔。擢太子中允、崇政殿说书、集贤校理，判司农寺。

司马光谏帝曰："惠卿憸巧非佳士，使安石负谤于中外者皆其所为。安石贤而愎，不闲世务，惠卿为之谋主，而安石力行之，故天下并指为奸邪。近者进擢不次，大不厌众心。"帝曰："惠卿进对明辨，亦似美才。"光曰："惠卿诚文学辨慧，然用心不正，愿陛下徐察之。江充、李训若无才，何以能动人主？"帝默然。光又贻书安石曰："谄谀之士，于公今日诚有顺适之快，一旦失势，将必卖公自售矣。"安石不悦。

会惠卿以父丧去，服除，召为天章阁侍讲，同修起居注，进知制诰，判国子监，与王雱同修《三经新义》。又知谏院，为翰林学士。安石求去，惠卿使其党变姓名，日投匦上书留之。安石力荐惠卿为参知政事，惠卿惧安石去，新法必摇，作书遍遗监司、郡守，使陈利害。又从容白帝下诏，言终不以吏违法之故，为之废法。故安石之政，守之益坚。议罢制科，冯京争之不得。

弟升卿无学术，引为侍讲。又用弟和卿计，制五等丁产簿，使民自供首实，尺椽寸土，检括无遗，至鸡豚亦遍抄之。隐匿者许告，而以赀三之一充赏，民不胜其困。又因保甲正长给散青苗，使结甲赴官，不遗一人，上下骚动。

郑侠疏惠卿朋奸壅蔽，惠卿怒，又恶冯京异己，而安石弟安国恶惠卿奸谄，面辱之。于是乘势并陷三人，皆获罪。安石以安国之故，始有隙。惠卿既叛安石，凡可以害王氏者无不为。韩绛为相不能制，请复用安石。安石至，犹与共事。御史蔡承禧论其恶，邓绾又言其兄弟强借秀州富民钱买田，出知陈州。久之，以资政殿学士知延州。

始，陕西缘边汉蕃兵各自为军，每战则以蕃部为先锋，而汉兵城守，伺便乃出战。惠卿始合之为一，先搜补守兵而出其选以战，随屯置将，具条约上之，边人及议者多言不可。路都监高永亨，老将也，争之力，奏斥之。蕃部屈全乜将入寇，惠卿以近世帅臣多养威持重，乃将牙兵按边，启师于东郊，遂趋绥德，抵无定河，历十有八日而还。

俄丁母忧，诏于本奉外特给五万，惠卿更请添支万五千，御史劾之，将下扬州取奉历，帝曰："惠卿固贪冒，然尝为执政，治之伤体，姑责以义可也。"但削其误奉，惠卿犹自辨，御史又论其方居丧，不应有言，诏勿问。

元丰五年，加大学士、知太原府。入见，将使仍镇鄜延。惠卿云："陕西之师，非唯不可以攻，亦不可以守，要在大为形势而已。"帝曰："如惠卿言，是为陕西可弃也，岂宜委以边事？"数其轻躁矫诬之罪，斥知单州，明年复知太原。哲宗即位，敕疆吏勿侵扰外界。惠卿遣步骑二万袭夏人于聚星泊，斩首六百级，夏人遂寇鄜延。

惠卿见正人汇进，知不容于时，恳求散地。于是右司谏苏辙条奏其奸曰："惠卿怀张汤之辨诈，有卢杞之奸邪，诡变多端，敢行非度。王安石强佷傲诞，于吏事宜无所知，惠卿指擿教导，以济其恶。又兴起大狱，欲株连蔓引，涂污公卿。赖先帝仁圣，每事裁抑，不然，安常守道之士无噍类矣。安石于惠卿有卵翼之恩，父师之义。方其求进则胶固为一，及势力相轧，化为敌仇，发其私书，不遗余力。犬彘之所不为，而惠卿为之。昔吕布事丁原则杀丁原，事董卓则杀董卓；刘牢之事王恭则反王恭，事司马元显则反元显，故曹操、桓玄终畏而诛之。如惠卿之恶，纵未正典刑，犹当投畀四裔，以御魑魅。"中丞刘挚数其五罪，以为大恶。乃贬为光禄卿、分司南京。再责建宁军节度副使、建州安置。中书舍人苏轼当制，备载其罪于训词，天下传讼称快焉。

绍圣中，复资政殿学士、知大名府，加观文殿学士、知延州。夏人复入寇，将以全师围延安，惠卿修米脂诸砦以备。寇至，欲攻则城不可近，欲掠则野无所得，欲战则诸将按兵不动，欲南则惧腹背受敌，留二日即拔栅去，遂陷金明。惠卿求诣阙，不许。以筑威戎、威羌城，加银青光禄大夫，拜保宁、武胜两军节度使。

徽宗立，易节镇南。因曾布有宿憾，徙为杭州，而用范纯粹帅延，治其上功罔冒事，夺节度。布去位，复武昌节度使、知大名。数岁，又以上表引喻失当，还为银青光禄大夫，令致仕。崇宁五年，起为观文殿学士、知杭州。坐其子渊闻妖人张怀素言不告，渊配沙门岛，惠卿责祁州团练副使，安置宣州，再移庐州。复观文殿学士，为醴泉观使，致仕。卒，赠开府仪同三司。