当时认为韩。。胄容易制服，对朱熹的话没有在意。到了这时，赵汝愚也因被诬陷遭到驱逐，而朝廷大权归于韩。。胄了。

朱熹开始以议论宗庙制度失误而自认为有罪，宁宗不允许，朱熹以有病再次要求去职退休，宁宗下诏说：“辞公职谢绝政事，不是我优待贤才的心意，你还是担任原先的秘阁修撰。”庆元二年(1196)，沈继祖任监察御史，诬告朱熹十大罪状，皇帝下诏削去朱熹秘阁修撰的职务并罢免他提举南京鸿庆宫，朱熹的学生蔡元定也被送到道州监管居住。庆元四年(1198)，朱熹以自己快满七十岁为理由，申请退休，庆元五年(1199)，朝廷同意了他的请求。第二年朱熹逝世，终年七十一岁。朱熹病情危急时，他亲笔写下遗言嘱托儿子朱在和学生范念德、黄干，恳切地勉励他们努力学习并要他们修订自己遗留下来的书籍。第二天，朱熹端正地坐着把衣帽穿戴得很整齐，靠着枕头去世了。

朱熹考中进士以后的五十年中，在外面做官仅有九年，在朝中做官才四十天。他家中一向贫穷，年幼时依靠父亲的朋友刘子羽，寄住在建州的崇安，后来迁居建阳的考亭，虽然穷得经常吃不上饭，却处之安然。学生中有从远方来求学的人，吃的是豆饭藜羹，朱熹都和他们一起吃。经常向别人借贷来维持家庭开支，然而不符合道义的钱却一文也不取。

自从朱熹离开朝廷，韩。。胄的势力日益扩张。何澹任御史中丞，首先抨击所谓精通某一门学术的学问，是用欺骗世人的文章来沽名钓誉，请求辨别这种学问的真伪。刘德秀在长沙任官，没有受到张栻学生的礼遇，等到他任谏官，首先弹劾留正引进伪学的罪名。“伪学”这个名称，是从这时开始的。太常太卿胡。。说“：近年来伪学十分势盛猖獗，他们的企图和行为越出常规，希望皇上告诉大臣，对他们暂且停止进升迁职。”于是皇帝诏任陈贾任兵部侍郎。不多久，削夺朱熹职务的命令也就颁布了。刘三杰说从前御史所弹劾的朱熹、赵汝愚、刘光祖、徐谊等徒党，前些日子是伪党，这时又变而为逆党。当天就任命刘三杰为右正言。右谏议大夫姚愈又说道学与有权势的大臣结成顽固的反动集团，暗中窥伺帝位。皇帝就命令直学士院高文虎起草诏书在全国公布，于是攻击伪学的声势一天比一天急剧，选人余哲甚至上书朝廷请求把朱熹斩首。

在当时的情况下，士大夫中循规蹈矩，在儒学上稍有名声的人，没有地方可以容身。他们的学生、有独立见地、不随波逐流的人，被摒弃埋没隐居在山林草丘田野；曲意逢迎、卑顺懦弱的人，改投靠其他老师，经过原来老师的家门也不进去，甚至改变衣帽穿着，在闹市街区店铺中随意游玩，以此来区别自己不是伪党。然而朱熹给他的学生们讲学一天也没有停止，有人劝朱熹说明原因遣散学生，朱熹笑了笑而没有回答。有一位籍田令名叫陈景思，是曾任过宰相的陈康伯的孙子，和韩。。胄有姻亲关系，劝韩。。胄不要做得太过分了，韩。。胄自己也渐渐后悔了。朱熹已经死了，准备安葬时，有人说：四面八方的伪学门生约定日期聚会，给伪学老师送葬，他们会聚的时候，不是越轨狂妄地谈论当时人的长短，就是错误地议论当时治国政事的得失，希望命令地方官吏对这些人加以约束。皇帝同意了这个意见。

嘉泰初年，禁止道学的法令稍微放松了一些。嘉泰二年(1202)，皇帝下诏说“：朱熹已经退休(去世)，追任他为华文阁待制，给与他退休的恩泽待遇。”后来韩。。胄死了，宁宗下诏赐朱熹遗表恩德惠泽，封谥号曰“文”不久，追赠朱熹为中大夫，特赠为宝谟阁直学士。理宗宝庆三年(1227)，追赠为太师，追封朱熹为信国公，改封为徽国公。

当初，朱熹年少的时候，慷慨激昂有追求道义、真理的志向。父亲朱松病危时，曾经嘱咐朱熹说：“籍溪人胡原仲、白水人刘致中、屏山人刘彦冲这三个人，学问有渊源根底，我一向尊重敬畏他们，我就要死了，你去向他们学习，而且要完全听从他们的话。”这三个人，是指胡宪、刘勉之、刘子踂。因此，朱熹的学问既是广泛地求索于儒家经典著作，又普遍地结交当代的饱学有识之士。延平李侗已经老了，曾经跟罗从彦学习，朱熹从同安卸任回来后，不惜远行数百里，徒步前往李侗处从学拜师。

朱熹做学问，大都是深入研究事物的“理”而取得知识，反过来亲身实践所取得的知识，同时其中以身心修养、磨练的居敬工夫作为加强修养的主体。朱熹曾经说古代圣贤道统的传授散播在典籍之中，由于对圣贤经书的宗旨不清楚，因而道统的传授也开始隐晦不显。于是他竭尽一生全部的精力，钻研穷究圣贤经典的意旨和训示原意。他所撰著的书有：《易本义》、《启蒙》、《蓍卦考误》，《诗集传》、《大学》、《中庸章句》、《或问》，《论语》、《孟子集注》、《太极图》、《通书》、《西铭解》、《楚辞集注》、《辩证》，《韩文考异》；他所编写辑录的书有：《论孟集议》、《孟子指要》、《中庸辑略》、《孝经刊误》、《小学书》、《通鉴纲目》、《宋名臣言行录》、《家礼》、《近思录》、《河南程氏遗书》、《伊洛渊源录》，这些书都流传于社会。朱熹死后，朝廷把他注释的《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》作为学校的官定课本。他还有一部没有脱稿的《仪礼经传通解》，也作为学校的法定课本。朱熹一生写的共一百卷，他与学生们的问答共有八十卷，还有别录十卷。

理宗绍定末年，秘书郎李心传请求把司马光、周敦颐、邵雍、张载、程颢、程颐、朱熹七人列入文庙中一同跟随祭祀，没有得到答复。淳。。元年(1241)正月，理宗视察太学，亲自写诏书以周敦颐、张载、程颢、程颐以及朱熹一同在孔子庙中跟随祭祀，配享孔庙。

黄干说“：儒道的正统因为待合适的人而得以传承，自从周朝以来，能担任起继承传播儒道的责任人不过几个，然而能使这个道得到发扬光大而显著的，仅一、二个人而已。从孔子以后，曾子、子思在道统微弱之际继承了它，到了孟子才开始显著。从孟子以后，周敦颐、程颢、程颐、张载在道统断绝的时候继承了它，到了朱熹道统又开始光大显著了。”有见识学问的人认为这是有独到见解、了解学术的内行话。

朱熹的儿子朱在，绍定年间担任吏部侍郎。