却不哭，朝廷知其跋扈，又因为他藏老的沙的事，在三月二十七日下诏书罢免了孛罗帖木儿的兵权，安置于四川。孛罗帖木儿抗拒不从，杀死朝廷使臣，遣部将会同秃坚帖木儿带兵攻打京城，扬言要朝廷交出右丞相搠思监、资政院使朴不花二人。

原先，朝廷立卫屯田，曾命中书右丞也先不花管领，与秃坚帖木儿分院之地相近，因侵扰了秃坚帖木儿的乡里，产生嫌隙，也先不花便暗中向朝廷报告说秃坚帖木儿攻击朝政。孛罗帖木儿与秃坚帖木儿是老相好，知道也先不花的话是诬陷，便派人向朝廷说明秃坚帖木儿无罪。这时皇太子早感到孛罗帖木儿跋扈，现在又与秃坚帖木儿相勾结，藏匿不轨之臣，于是与丞相搠思监商议，请皇上下诏书解除他的官职，将他的兵分出一部分交由四川省丞相察罕不花率领。孛罗帖木儿见诏后，认为这不是皇上自己的意思，拒绝听命，并发兵帮助秃坚帖木儿。

四月九日，孛罗帖木儿进入居庸关。十二日，至清河扎营，行将进犯京师。皇帝遣达达国师、蛮子院使至清河问明兴兵进犯京师的理由，乃下令驱逐搠思监与朴不花两人于岭北和甘肃，这实际便是将两人执送于孛罗帖木儿。十七日，秃坚帖木儿自健德门入京，在延春阁会见皇帝，痛哭请罪，皇帝设宴慰勉，并下诏赦其无罪。并仍以孛罗帖木儿为太保、中书平章兼知枢密院事，守御大同；以秃坚帖木儿为平章政事。十八日孛罗帖木儿返大同，皇太子愤怒不已，再召回扩廓帖木儿兵，使保卫京师。

五月，皇帝诏令扩廓帖木儿为总兵，并调各道之军分讨大同。扩廓帖木儿自其父察罕帖木儿在时，就与孛罗帖木儿连年仇杀，朝廷多次派人调解，两军才还兵各守其地。现在，扩廓帖木儿发兵与诸道兵夹攻大同，并调部下锁住守护京师。因兵不满万人，又以其部下青军杨同佥守居庸关。扩廓帖木儿自带兵至太原调督诸军。

七月，孛罗帖木儿率兵与秃坚帖木儿及老的沙等进攻京师，京师震骇。二十五日，皇太子亲自带兵迎战于清河，丞相也速、詹事不兰奚带兵至昌平。因也速之兵士无斗志，青军杨同佥被杀于居庸，不兰奚败走，皇太子亦跑回城去了。二十六日夜，锁住迫胁东宫官僚随太子出奔太原，二十七日孛罗帖木儿兵至，驻健德门外，欲追袭皇太子，老的沙竭力制止。三人见顺帝于宣文阁，泣拜诉冤，顺帝也哭了，赐宴。二十九日任命孛罗帖木儿为太保、中书左丞相，老的沙为中书平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。部属将士，分布在台、省，总揽国家大权。

八月一日，顺帝下诏加封孛罗帖木儿开府仪同三司、上柱国、太保、中书右丞相，节制天下兵马。数月间，杀佞臣秃鲁帖木儿、波迪哇儿。。等，停止三宫不急需的建筑，淘汰宦官，减省钱粮，禁西番僧人佛事。还数次遣使请皇太子回朝，但当使者至太原后，太子反将使臣拘留起来。