年间册封占城国王的事例那样，由琉球国派人代替该使者向朝廷进献表文和土特产品，而由该使者偕同本国的长史一起将册封尚元为中山王的封册带回去，不用劳动朝廷的使者远临琉球了。巡按御史樊献科将此上报朝廷，礼部官员上奏说：“派遣使臣前去册封，是祖宗所定的制度。现今其使者想遥受册命，这是将君主的恩赐当成草芥，这是第一条不可行的理由。使者本身就是在奉表文向朝廷献贡，却要求另派官员代他进献表文和土特产品，是该使者放弃世子专门派遣他来京城的使命，这是第二条不可行的理由。以前正德年间，占城王因受安南的侵略，逃窜到其他地方居住，所以让其使者将皇帝的敕命带回去，这是出于一时的权宜之计。现今该使者援引别人的失国之例来拟比自己本国的君王，这是第三条不可行的理由。海上通航道路，大多畅通无阻。该使者以倭寇为乱、风涛凶险做借口，不知别人在运送收纳珍宝赋税和使臣往来时，是何以安然无恙的？这是第四条不可行的理由。昔日占城国虽然接受遥封，其国王还恳求朝廷派使者去册封，现今该使者不是世子当面任命的，又没有琉球国的印信和咨文。假若轻信他的话，若琉球世子以朝廷派遣使臣去当面册封为至荣，认为遥拜是非礼，不肯接受遥封，又上书朝廷请求派使臣去当面册封，这将是谁的过错？这是第五条不可行的理由。请求皇上命令福建的守卫大臣仍按前番所下的诏令行事。至于还未受封就先谢恩，也不是以前就有的。因此对琉球使者，应该只听其前来进贡，而其谢恩的表文，等世子受封为王之后再派使者来进献表文，以全中国的大体礼仪。”皇帝同意礼部官员的提议。四十一年(1562)夏，琉球国派使者前来献贡并向皇帝谢恩。第二年及四十四年(1565)又来献贡。隆庆年间，共献贡三次，将飘流到琉球的中国人都送了回来。皇帝对琉球中山王的忠诚颇为嘉赏，赐敕予以奖励，并赏赐银币。

万历元年(1573)冬天，琉球国世子尚永派使者到朝廷讣告其父的丧讯，并请求继承王位。皇帝将其奏章交到礼部，让福建的守卫大臣将情况核实后上奏朝廷。第二年琉球世子派使者到朝廷祝贺万历皇帝登基。三年(1575)向朝廷进贡。四年(1576)春天，又来进贡。七月，皇帝任命户科给事中萧崇业、行人谢杰带敕令和皮弁冠服、玉王圭等物，前去册封尚永为中山王。第二年冬天，萧崇业等人还未到，世子又派使者前来献贡。此后，他们对朝廷像以前那样按常仪献贡。八年(1580)冬，中山王派陪臣的儿子三人到南京的国子监学习。十九年(1591)派使者来献贡，不久中山王尚永去世。礼部官员认为此时日本正在侵噬邻国，琉球不能没有王，请求朝廷让琉球世子速向朝廷请求继承王位，以便镇守其国。皇帝同意礼部官员的这个意见。

二十三年(1595)，琉球世子尚宁派人来向朝廷请求继承王位。福建巡抚许孚远认为倭寇未平，根据以前琉球的大臣郑晓关于领封的提议，请求朝廷派官员一名带着敕命到福建，听任琉球的陪臣当面册封敕命领受回国，或者派遣习于航海的武臣一人，偕同陪臣同往琉球也可。礼部官员范谦建议朝廷按许孚远的建议行事，并请求朝廷等到世子的表文到达后才答应册封之事。二十八年(1600)，世子的表文到达京城，琉球的陪臣请求朝廷按先前的制度派遣官员前去册封。礼部官员余继登说“：以前各朝册封琉球时，要伐木造船，动辄几年才能完成。这样，使者有蹈风涛的危险，而其小国也有花资供奉使者的烦苦。应像许孚远等人所建议的那样行事为好。”皇帝同意，下令今后册封时，只派廉勇的武官一人偕同请求册封的陪臣一道前往其国。至于其祭吊前王、册封新王的礼仪，一如旧章的规定仍等其国的大臣结下状文送达朝廷才能进行。第二年秋天，琉球的献贡使者将状文送到朝廷，仍然请求朝廷派遣文官前去行册封礼。朝廷便任命给事中洪瞻祖、行人王士祯前往琉球，并命令他们等到海盗停息后再渡海过去办事。不久洪瞻祖因担忧而去职，朝廷改而任命给事中夏子阳代替洪瞻祖，他们在三十一年(1603)二月抵达福建。巡按大臣方元彦又以海上多事，盗贼频繁为由，会同巡抚大臣徐学聚上疏朝廷仍只派武官前往琉球。夏子阳、王士祯则认为对待给属国许下的诺言不能爽约，作为使臣义当有终，请求朝廷坚定已做的成命以抚慰远方之人。方元彦和夏子阳两方的奏章都没有上报给皇帝，礼部侍郎李廷机说：“应按领封遥拜的初旨行事，连武臣都不必派遣。”于是御史钱桓、给事中萧近高等人交相上疏认为不能按李廷机的话去做，说：“这样的话，只能在皇帝的钦命还未决定之前说，不应当在册封使者已经派出之后说，所以应当敕令有关官府迅速完成海船，不要耽误今年的渡海日期。等到册封完毕、回来复命时，再定一个统一的规定，先以文书的方式通告他们，让他们在海上领受册封，让他们永远遵守。”皇帝接受这个提议。三十三年(1605)七月，皇帝便命令夏子阳等人快速渡海到琉球去完成册封之事。

当此之时，日本正强盛，有吞灭琉球国之意。琉球对外抵御强邻的侵略，对内则向朝廷修贡不绝。四十年(1612)，日本果然派精兵三千侵入琉球，掳走中山王，将王室的宗器迁移到日本，经大肆劫掠后才离去。浙江总兵官杨宗业将此事上报给朝廷，请求严饬海上的军备，皇帝同意。不久琉球的中山王被释放回国，他又派遣使者向朝廷修贡，但是琉球国经日本劫掠之后已残破不堪，礼部官员便让他们每十年献一次贡。第二年琉球又依旧献贡如故。又过了一年琉球又来献贡，福建守卫大臣遵照朝廷的命令拒绝并归还了他们的贡品，其使者怏怏不乐地回去了。四十四年(1616)，日本图谋夺取鸡笼山，其地名称台湾，离福建很近，尚宁派使者将此情报上奏朝廷，皇帝下诏令海上守军加强警备。

天启三年(1623)，尚宁已经去世，琉球的世子尚丰派使者向朝廷请求献贡和册封。礼部官员说：“按以前的制度，琉球是两年献一次贡，后来其国被倭寇所侵略，改为十年献一次贡。现今其国休养生息时间未久，暂时拟定让他们五年献一次贡，等新王册封以后再商议此事。”皇帝同意。五年(1625)琉球派使者向朝廷进贡并请求给世子册封为王。六年(1626)再次向明朝廷进贡。此时中国自身多战乱，而科臣充当的使者也怕出使到琉球，所以对琉球世子的册封典礼便长期搁置起来。