一月，日本使臣清启又来朝贡，在闹市中打伤了人。有关官府请求治他的罪，皇帝下诏把该请求交给清启。清启上奏说犯法应回到本国受刑，希望容许他回国再按法律治罪，并自述不能服钤束之罪，皇帝都予以宽免了。从此，日本使者更加无所顾忌。十三年(1477)九月日本使臣又来朝贡，请求《佛祖统纪》等书，皇帝下诏给他们赏赐《法苑珠林》。该使臣转述其国王的意思，请求在常例之外增加赏赐，皇帝便命令给他们再赐钱五万贯。二十年(1484)十一月，日本国又派使者上贡。弘治九年(1496)三月，日本国王源义高派使者到中国，回去时路过济南，使者手下的人又持刀杀人。当地官府请求朝廷治他们的罪，皇帝下诏命令从今以后只准五十人进入京都献贡，其余的人都留在船上，对他们严加防禁。十八年(1505)冬，日本使者前来献贡物，此时武宗已即皇帝位，下令像以前一样对待他们，铸金牌勘合后交给他们。

正德四年(1509)冬日本使者又来献贡。礼官上奏说：“明年正月，大祀庆要摆宴席。朝鲜的陪臣安排在殿东的第七班，日本向来没有先例可循，请将他们安排在殿西的第七班。”皇帝同意。礼官又说“：日本进献贡物，向来都是用三艘船运来的，现今只运来一船，朝廷给他们赏赐银币，应按其贡物的多少而定数目。况且他们这次献贡物没有表文，是否给他们下敕文，请求皇上裁定。”皇帝命有关官府移文答复他们就行。五年(1510)春，日本国王源义澄派使臣宋素卿前来朝贡，此时刘瑾窃取大权，收了他们黄金千两，给他们赏赐飞鱼朝服，这是前所未有的。宋素卿，是鄞县朱氏的儿子，名缟，幼习歌唱。倭国使臣见后，喜爱他，而朱缟的叔叔朱澄欠倭国使臣的钱，便以朱缟抵债。至此，朱缟充当日本的正使，至苏州时，朱澄便与他相见了。后来此事被发觉，按法律应当处死朱澄，刘瑾包庇了他，谓朱澄已经自首，获准免罪。七年(1512)，源义澄的使臣又来献贡，浙江的守卫大臣说：“现今畿辅、山东地区盗贼充斥，怕使臣遇到后遭受抢劫，请求将献贡之物贮存在浙江的官库里，只收其表文送到京城来。”礼官会同兵部官员商议此事后，请求朝廷给南京守备官下令，在当地设宴赏赐使臣，然后送使臣回国，其所带的土产全部按价付钱，不阻碍远方之人的向化之心。皇帝同意了。

嘉靖二年(1523)五月，日本派来朝贡的使臣宗设抵达宁波。不久，宋素卿偕同瑞佐又来中国，他们之间互相争辩自己是真使臣，诬对方是伪使臣。宋素卿贿赂市舶的太监赖恩，使当地官府设宴时将宋素卿的座次排在宗设之上，宋素卿的船后到却先为验发。宗设为此发怒，与他们争斗，杀死瑞佐，焚烧了瑞佐的船，追击宋素卿到绍兴城下，宋素卿逃匿到其他地方才幸免于死。杀人凶手回到宁波，所经过之处都遭其焚烧抢劫。他们还绑架了指挥袁王进，夺船出海。都指挥刘锦追到海上，战死。巡按御史欧珠将此上报朝廷，并说：“据宋素卿所言，西边海路的多罗义兴，向来属日本统辖，没有进贡的前例。因日本向朝廷进贡之道一定得经过西部海域，正德年间已经勘合过的金牌被多罗义兴所夺。宋素卿等人不得已，拿弘治年间勘合的金牌，从南边海路启程来到中国，等到宁波时，因为责问宗设为何冒充使臣，才致引起争斗。”皇帝将该奏章交给礼部，礼部官员建议“：宋素卿的言词未可尽信，不应让他进京入朝。但争斗是由宗设挑起的，宋素卿那一伙的人被杀不少。宋素卿以前虽犯有投番罪，但已经先朝宽恕赦免，可不再问罪。现在只宣谕宋素卿回国，移文咨问日本国王，让他审察有无经过勘合的金牌，再行追究治罪。”皇帝已同意这个建议，御史熊兰、给事中张羽中交相上章说：“宋素卿的罪行深重不可宽恕，请求朝廷一并治赖恩及海道副使张芹、分守参政朱鸣阳、分巡副使许完、都指挥张浩的罪。然后封闭海关断绝入贡，振兴中国的威风，使狡寇的阴谋无法实施。”此事正在商讨行动，碰上宗设党徒中的中林、望古多罗所乘坐的船只，被暴风刮到朝鲜。朝鲜人袭击并斩杀了他们三十人，活捉中林和望古多罗献到京城。给事中夏言因此请求朝廷将此二人押赴浙江，会同当地官府与宋素卿一起杂处治罪。朝廷于是派给事中刘穆和御史王道一起前往浙江。嘉靖四年(1525)，讼事成立，宋素卿、中林、望古多罗三人一并处以死罪，关进牢狱之中。时间一久，他们都病死在监狱之中。此时有琉球的使臣郑绳回国，朝廷要他回国后转告日本国王，让他将宗设擒献到朝廷，归还袁王进和海滨郡县中被掳掠去的百姓，否则就封闭海关断绝其入贡，并商议征讨他们。

九年(1530)，琉球的使臣蔡瀚，路过日本时，日本国王源义晴附表给蔡瀚带往朝廷，说：“向来因为日本国内多战事，干戈阻道，正德年间勘合的金牌无法到达东都，所以宋素卿只好捧着弘治年间勘合的金牌出使贵国，现请求朝廷宽恕并遣返他们。同时希望朝廷赐予新勘合的金牌、金印，我们可按往常那样进贡。”礼官验收其表文时，发现上面没盖有印篆，便上奏说：“倭人诡诈难以使人相信，还是敕令琉球王传告他们，让他们仍遵前次所敕的命令行事。”十八年(1539)七月，源义晴所派的献贡使臣到达宁波，当地守卫大臣将此上报朝廷。此时日本已有十七年没与朝廷通贡了，朝廷敕令巡按御史督同三司的官员前去共同审核，如果他们确是诚心效顺，就按制度礼待并遣送他们回去，否则就拒绝他们，并严禁当地的居民与他们交通往来。第二年二月，日本献贡的使臣硕鼎等人到达京城申述前次的请求，并乞求朝廷颁赐嘉靖朝新勘合的金牌，归还宋素卿其人和原先留在中国的贡物。礼部建议说“：勘合的金牌不能急急忙忙地给他们，务必要他们拿旧的来换新的。每次朝贡的日期限定十年，朝贡的人不得超过一百，船不得超过三艘，其余的请求不可答应。”皇帝下诏同意。二十三年(1544)七月日本使臣又来朝贡。这次朝贡没有到该朝贡的日期，而且还没有表文上达。礼部大臣认为不应当接受，将贡物退回。该使臣就拿这些贡物与当地百姓互做交易获利，留在海滨地区不肯离去。巡按御史高节请求朝廷追治沿海地区文武将吏的罪，严禁奸商豪强与他们交通往来，皇帝同意。而内地的诸奸商因从与他们的交易中可获利，多收容包庇他们，因此最终无法彻底禁绝。