打败贼军，贼首革里眼等五营兵投降了。十四年以总兵的身份同王宪分别护守凤阳和泗州的皇陵，得功驻军定远。张献忠攻占桐城，挟持营将廖应登到城下诱降。得功与刘良佐联合兵力在鲍家岭攻打他们，贼兵失败而逃，追到潜山，抓获了贼兵将领闯世王马武、三鹞子王兴国，把他们杀掉了。三鹞子是张献忠的养子，是贼寇中号称最勇猛的将领。得功在战斗时中箭伤了脸，反而更加努力，同贼兵转战十多天，所杀伤的人数最多。第二年他移守庐州。

十七年(1644)得功被封为靖南伯，福王在江南登基后，得功被晋升为侯。不久受命同刘良佐、刘泽清、高杰一起开设了四大兵镇。

起初，督辅史可法担心高杰蛮横无理，难以制服，所以让得功驻军仪真，暗中牵制高杰的势力。恰好登莱总兵黄蜚即将前去上任。黄蜚与黄得功同姓，以兄弟相称，所以他给黄得功写信请为他派些兵防备意外。得功率领三百名骑兵从扬州出发到高邮迎接他，高杰的副将胡茂桢飞马向高杰做了汇报。高杰一向忌恨得功，又怀疑他要算计自己。于是在途中埋伏了精兵阻击他们。得功走到土桥正准备埋锅造饭，高杰的伏兵出其不意地打来，得功上马拿着铁鞭准备战斗，飞来的箭像下雨一样密集，得功的马跌倒在地，他骑上别人的马跑开了。有一名勇猛的骑兵挥舞着大槊向得功冲来，得功大呼一声回头来战，抓住他的大槊往怀里一拉，就把他连人带马一起拉倒在地。又杀了几十个人，然后翻身跳进废墙里边，他吼叫的声音如雷鸣电闪，追赶他的人不敢上前来了，于是他骑马飞奔，回到大部队中。这边正在战斗时，高杰又派了兵暗中去攻打仪真，得功的士兵损伤得比较严重。而与他一同前往高邮的三百骑兵都战死了。于是得功向朝廷做了上诉，并表示愿意同高杰决一死战。可法派监军万元吉前往替他们和解，得功不同意。恰好此时得功母亲去世，可法来吊丧，对他说：“土桥那一仗，不管聪明人还是愚蠢人都知道是高杰不对。现在将军因为国家的缘故压住心中的火气，让高杰背着罪名，这正是将军在天下获取大名的时候啊！”得功脸色渐渐地温和了一些，终究还是因为自己人被杀死得太多而感到恼恨。可法命令高杰赔偿他的战马，又拿出一千两银子作为得功母亲办丧事的费用。得功没有办法，只好听从了可法的调解。

第二年，高杰想进兵河南，谋划收复中原。朝廷诏令得功同刘良佐把守邳、徐两地。高杰死后，得功回到了仪真。高杰一家人和他的将士还留在扬州，得功想袭击他们。朝廷赶忙派遣卢九德去指示他停止报复，得功于是移驻庐州。四月，左良玉举兵东来，以清除皇上身边的坏人为名义造反，船行到九江就病死了，他的军队拥立了他的儿子梦庚。朝廷命令得功赶快到上江抵御他们，驻军荻港。得功在铜陵打败了梦庚，解除了他们的包围。后来朝廷又命令他携家迁到太平镇守，专门办理剿贼的事务，评定功绩加封他为左柱国。

这时清兵已经渡过长江，知道福王逃跑了，就兵分几路袭击太平。得功正收兵驻防芜湖，福王偷偷地来到了他的军营。得功惊讶地流着泪说“：陛下如果死死地把守京城，我们还能够尽力抵抗，干什么听信奸贼的话，匆匆忙忙来到这里？况且我正在对敌作战，怎么能够保护您的车驾？”福王说“：除了你我是无可依靠了。”得功流着泪说“：我愿意为陛下您效死。”得功在荻港时，胳臂受伤差一点快要断了，这时他身穿粗布衣裳，用布带吊着胳臂，佩带着腰刀坐在一只小船上，指挥部下的八个总兵整装待命，前去迎敌作战。而刘良佐这时已经投降了，带着大清军在岸上打招呼要得功投降。得功愤怒地喝斥道“：你竟然会投降啊！”忽然一支箭飞来，射在他的咽喉偏左的地方。得功知道一切都算完了，就扔了刀，拾起刚才拔下来的箭刺喉而死。他的妻子听说后，也自杀了。总兵翁之琪投江而死，中军田雄于是就带着福王投降了。