五年四月，给事中郭兴治请令廷臣议去留，论冒饷者复踵至，遂下廷臣杂议。吏尚书崔景荣持之，乃下诏勉留，而以简将、汰兵、清饷三事责承宗。奏报，承宗方遣诸将分戍锦州、大小凌河、松、杏、右屯诸要害，拓地复二百里，罢大将世钦、世禄，副将李秉诚、孙谏，汰军万七千余人，省度支六十八万。而言官论世龙不已。至九月，遂有柳河之败，死者四百余人，语详《世龙传》。于是台省劾世龙并及承宗，章疏数十上。承宗求去益力，十月始得请。先已屡加左国、少师、太太师、中极殿大学士，遂加特光禄大夫，荫中书舍人，赐蟒服、银币，行人护归。而以兵尚书第代为经略。无何，安亦罢，遂废巡抚不设。

承宗患主款者挠己权，言督师、总督可勿兼设，请罢己，不可，则弗推总督。并请以辽抚移驻宁远。帝命止总督推，而凤翼谓置己死地也，因大恨。与其乡人云翼、有孚等力毁世龙，以撼承宗。无何，有孚为蓟抚岳和声所劾，益疑世龙与崇焕构陷，乃共为浮言，挠关计。给事中解学龙遂极论世龙罪。承宗愤，抗疏陈守御策，言：“拒敌门之中，与拒诸门外，势既辨。我促敌二百里外，敌促我二百里中，势又辨。盖广宁，我远而敌近；宁远，我近而敌远。我不敌，敌将而我。今日即不能恢辽左，而宁远、觉华终不可弃。请敕廷臣杂议主、客之兵可否久戍，本折之饷可否久输，关外之土地人民可否捐弃，屯筑战守可否兴举，再察敌人情形果否坐待可以消灭。臣不敢为百年久计，只计及五年间究竟何如。倘臣言不当，立斥臣以定大计，无纡回不决，使全躯保妻之臣附合众喙，以杀臣一而误天下也。”复为世龙辩，而发有孚等构状。

庄烈帝即位，在晋为兵尚书，恨承宗不置，极论世龙及元仪荧惑枢辅坏关事，又嗾台省诋承宗，以沮其。二年十月，大清兵大安，取遵化，将薄都城，廷臣争请召承宗。诏以原官兼兵尚书守通州，仍朝陛见。承宗至，召对平台。帝劳毕，问方略。承宗奏：“臣闻袁崇焕驻蓟州，满桂驻顺义，侯世禄驻三河，此为得策。又闻尤世威回昌平，世禄驻通州，似未合宜。”帝问：“卿守三河，何意？”对曰：“守三河可以沮西奔，遏南下。”帝称善，曰：“若何为朕保护京师？”承宗言：“当缓急之际，守陴人苦饥寒，非万全策。请整械，厚犒劳，以固人心。”所条画俱称旨。帝曰：“卿不须往通，其为朕总督京城内外守御事务，仍参帷幄。”趣首辅韩爌草敕下所司铸关防。承宗，漏下二十刻矣，即周阅都城，五鼓而毕，复阅重城。明日夜半，忽传旨守通州。时烽火遍近郊，承宗从二十七骑东便门，亡其三，疾驰抵通，门者几不纳。既城，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登陴固守。而大清兵已薄都城，乃急遣游击尤岱以骑卒三千赴援。旋遣副将刘国督军二千与岱合，而发密云兵三千营东直门，保定兵五千营广宁门

初，第力扼承宗，请撤关外以守关内。承宗驳之，第憾。明年，宁远被围，乃疏言关门兵止存五万，言者益以为承宗罪。承宗告曰：“第初莅关，尝给十一万七千人饷，今但给五万人饷足矣。”第果以妄言引罪。后忠贤遣其党梁梦环巡关，傅致承宗罪，无所得而止。承宗在关四年，前后修复大城九、堡四十五，练兵十一万，立车营十二、营五、火营二、前锋后劲营八，造甲胄、械、弓矢、炮石、渠答、卤楯之合数百万，拓地四百里，开屯五千顷，岁十五万。后叙宁远功，荫锦衣世千。

有孚者，故侍郎世德也，为广宁理饷同知。城陷逃归，象乾题为广宁佥事，专抚汉，乾没多。至是以承宗言被斥。凤翼亦以忧归，喻安代。而廷臣言总督不可裁，命吴用先督蓟、辽，代象乾。承宗恶本兵越彦多中制，称疾求罢，举彦自代以困之，廷议不可而止。

时宁远城工竣，关外守毕备。承宗图大举，奏言：“前哨已置连山大凌河，速畀臣饷二十四万，则功可立奏。”帝命所司给之。兵、工二相与谋曰：“饷足，渠即妄为，不如许而不与，文移往复稽缓之。”承宗再疏促，以情告。帝为饬诸曹，而师竟不果。

初，方震孺、游士任、李达、明时举之谴，承宗实劾之，后皆为求宥。复称杨镐、熊廷弼、王化贞之劳，请免死遣戍，朝端哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中章论驳，帝皆置弗省。会承宗叙五防效劳诸臣，且引疾乞罢，乃遣中官刘应坤等赍帑金十万犒将士，而赐承宗坐蟒、膝襕，佐以金币。

蟒服、白金劳之，实觇军也。承宗方关巡宁远，中路闻之，立疏言：“中使观兵，自古有戒。”帝温旨报之。使者至，杯茗而已。

鸣泰之为巡抚也，承宗荐之。后知其无实，军事多不与议。鸣泰怏怏求去，承宗亦引疾。言官共留承宗，诋鸣泰，巡关御史潘云翼复论劾之。帝乃罢鸣泰，而以张凤翼代。凤翼怯，复主守关议。承宗不悦，乃复关巡视。抵宁远，集将吏议所守。众多如凤翼指，独世龙请守中后所，而崇焕、善继及副将茅元仪力请守宁远，承宗然之，议乃定。令大寿兴工，崇焕、满桂守之。先是，虎窃盗掠，率教捕斩四人。象乾斩率教谢虎，承宗不可。而承宗所遣王楹戍中右，护其兵采木，为西朗素所杀。承宗怒，遣世龙剿之。象乾恐坏抚局，令郎素缚逃人为杀楹者以献，而增市赏千金。承宗方疏争，而象乾以忧去。

当是时，忠贤益盗柄。以承宗功，亲附之，令应坤等申意。承宗不与一言，忠贤由是大憾。会忠贤逐杨涟、赵南星、攀龙等，承宗方西巡蓟、昌。念抗疏帝未必亲览，往在讲筵，每奏对辄有，乃请以贺圣寿朝面奏机宜，因是论其罪。魏广微闻之，奔告忠贤：“承宗拥兵数万将清君侧，兵侍郎李华为内主，公立齑粉矣！”忠贤悸甚，绕御床哭。帝亦为心动，令内阁拟旨。次辅顾秉谦奋笔曰：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥。”夜启禁门召兵尚书，令三飞骑止之。又矫旨谕九门守阉，承宗若至齐化门，反接以。承宗抵通州，闻命而返。忠贤遣人侦之，一襆被置舆中，后车鹿善继而已，意少解。而其党李蕃、崔呈秀、徐大化连疏诋之，至比之王敦、李怀光。承宗乃杜门求罢。