李九成、毛承禄等人都是毛文龙手下的士兵。毛文龙死后，他们就跑到登州。登莱巡抚孙元化长期在辽阳做官，一向以为辽阳人可以任用，于是起用毛承禄为副将，孔有德、耿仲明担任游击，李九成为偏裨，而且大量接收辽人为帐前卫兵。这一年，大凌河新城被围困，兵部发布檄文征召孙元化派遣精锐出海，直奔耀州盐场，以示牵制敌人，孔有德谎称风向不对，改由陆路到宁远。十月的最后一天，孔有德跟李九成的儿子、千总李应元带领一千多人出发了，经过一个多月抵达吴桥，县里的人罢市，大伙找不到吃的，一个士兵跟生员发生争吵，孔有德鞭打那士兵，众士兵非常不满。李九成先携带着孙元化的银子买马满足上面的要求，资财用完了没有办法偿还，正好到了吴桥。听说众人都很怨恨，于是跟李应元密谋，劫持孔有德，相互之间发生了暴乱。攻陷陵县、临邑、商河，伤害齐东一带，包围了德平。不久离开，攻陷青成、新城，整顿部队向东进发。

余大成是江宁人。不懂军事，起初担任职方时，曾经上奏揭发大学士刘一火景的私信，被他赶跑了。后来又因为有事情得罪了魏忠贤，余大成被剥夺官籍回了家，有清正、廉洁的名声。而当他巡抚山东时，白莲教妖贼势力正兴旺，又碰上逃兵的兵变，都不能讨伐。等到听说孔有德叛乱，就假装得病一连几天都不出门，万不得已时只得派遣中军沈廷告知参将陶廷钅龙前往抵抗，而他们都战败逃跑了。余大成很慌张，于是决定招抚，而这时孙元化的部队也到来了。

孙元化这人，就是原来号称善长西洋大炮的那位，到此时也主张招抚，发布檄文告知贼人经过的地方不要半路截击他们。贼人长驱直入，没有人敢向他们放一支箭。贼人假装向孙元化投降。孙元化的部队行经黄山馆就又返回了，贼人于是抵达登州。孙元化派部将张焘率领辽阳兵驻扎城外，总兵张可大率领南方兵抵抗敌人。孙元化还想招降贼人，贼人不答应。天启五年(1625)正月在城东发生战斗，辽阳兵急速撤退，南方兵于是被打败了。张焘的士兵很多投降了敌人，敌人把他们送回来了，老百姓纷纷请求拒绝让他们进城。孙元化不听，贼人于是进入城内。傍晚时分，城内发生大灾，中军耿仲明、都司陈光福等人引导敌人从东门进城，登州城于是被攻陷。张可大战死了。孙元化自刎没有死成，跟参议宋光兰、合事王征以及政府官员全部被抓获了。余大成快马进入莱州。

当初，登州被包围时，朝廷降了余大成、孙元化三级官，命令他们惩办贼寇。等到登州失守，革了孙元化的职，而让谢琏代替他。孔有德占领登州后，推举李九成做首领，自己为老二，耿仲明为老三。使用巡抚的印章发布檄文征收州县的粮饷，催促孙元化给余大成写信要求招抚说：“给我登州一个郡，就和解。”余大成把这事报告给朝廷。皇帝愤怒了，下令将余大成革职，而让徐从治代替他。

在这之前，敌人攻占黄县，知县吴世扬战死。到这时，敌人进攻莱州，徐从治、谢琏跟总兵杨御蕃等人分别防守各城墙。杨御蕃是杨肇基的儿子。杨肇基，是与徐从治在邹县、滕县共同剿灭妖贼的人。杨御蕃累积战功一直做到通州副总兵。碰上登州失陷，兵部尚书熊明遇奏请让他代理总兵官，全部统领山东兵，跟保定总兵刘国柱、天津总兵王洪加倍急行军赶往莱州。在新城碰到贼人，王洪先逃跑了。杨御蕃抵抗了二天，不能获胜，突围出来，于是进入莱州，徐从治、谢琏依靠他围剿贼寇。敌人攻不下莱州，分派兵力攻占平度，知州陈所问自缢身死。匪徒加倍攻打莱州，发射孙元化制造的西洋大炮，每天在城墙下面打洞，很多城墙都倒塌了。徐从治等人往地洞里投火灌水，挖地道的死亡无数。派敢死队在部队的掩护下出击，摧毁敌人炮台，斩杀俘获颇丰。而熊明遇最终被余大成的招抚建议所迷惑，命主事张国臣为赞画前往安抚他们，说：“安抚在山东的辽阳人。”因为张国臣也是辽阳人的缘故。张国臣先派被废黜的将领金一鲸进入敌营，不久张国臣也进去了，替贼寇传递信件，派金一鲸回来报告说：“不要出兵破坏安抚的局面。”