改为山西巡抚。

回到京城，恰好朝廷大臣正在争论立储君的事。陈登云认为朝议迟迟不能决定，是贵妃家人暗中捣鬼。万历十六年(1588)六月因发生灾害上疏弹劾贵妃父亲郑承宪，说：“郑承宪包藏祸心，觊觎储君。天天与宦官往来，商量对策，而且广泛交结山人、术士、道士、和尚之流。当初陛下重惩科场冒名顶替之人，郑承宪的妻子每每扬言事情是自己揭发的，用来恐吓勋贵，以巧言惑动朝廷人士。不但惠安遭到他们算计，即使中宫与太后家也谨慎避开他们的锋芒。陛下统治国家已很久了，这是惠政的结果，而郑承宪每次对人说，认为是不立太子的结果。干扰盛典，蓄谋已久，以后有什么事他干不出来呢？如果不振奋朝纲，以大义决断，否则即使日日不上朝不奏乐，穿白衣，停止刑罚，恐怕皇天也不答应，天变是不可抗拒的。”疏上，贵妃、郑承宪都发了脾气，同仁也以为陈登云危险，但皇上把奏疏留下了。

很久以后，他又上疏弹劾吏部尚书陆光祖、四川提学副使冯时可、应天巡抚李涞、顺天巡抚王致祥、礼部侍郎韩世能、尚书罗万化、南京太仆卿徐用检。朝廷的大官都很怕他。当时，正好考选科道，陈登云因而上疏说：“近来御史官，壬午以前害怕淫威，刚正的变温柔了；壬午以后拘于情面，正直的变为谄媚。其间难道没有刚正的人吗，但不胜被攻击倾轧，没有安身的地方。二十年来，以正直提升为京官的只有一、二个人。背着皇上，培植党羽，摇尾乞怜，像所谓‘七豺’、‘八狗’，御史占了一半。台谏是为天下主持是非的，而使人践踏到这种地步，怎能希望他不顾情面，正直地处理事情，为国除掉奸人、消灭败类呢！与其因误用而贬退，不如谨慎地考察人选。”因而条陈数件事献给皇上。

出任河南巡按。那年发生大饥荒，人相互吞食。副使崔应麟看见百姓吃湖中的雁屎，便包来给陈登云看，陈登云便送到朝廷。皇上立即派遣寺丞钟化民分发库银赈恤百姓。陈登云三次巡视地方，执政严厉，按规定应当提升为京官，屡次被宫中扣住不下发，于是他称病归家。不久之后就死了。

罗大纮，字公廓，吉水人。万历十四年(1586)进士，授职行人。十九年八月升礼科给事中。刚上任，就奏上《定制书》数千言。不久，又劝皇上上朝应勤，言语恳切、正直。