尼姑寺，祭祀孝穆太后。吐鲁番进贡狮子不从甘肃走，借道满刺加，通过海路到广东。周经提议毁掉其寺庙，拒绝入贡不与吐鲁番来往。周经改任吏部，升左侍郎。通政经历沈禄是皇后姑父。尚书王恕休假，宦官传旨提升沈禄为通政司参议。周经说不是当面接旨，又无皇帝的诏令，不敢奉诏，又与王恕一起上疏争辩此事。这件事虽未停办，朝中舆论都认为周经说得对。灵寿奸民给宦官李广献地，户部阻止无结果。周经带领九卿上疏争辩，终于罪及献地的人。周经曾上言说“：外戚家无功劳而求升官，没出力而求赏赐，加上举办斋醮游玩宴乐浪费无度，致使国库空虚，应该大力抑制。近来规定，对粮仓屯积粟米多的人，太守县令赐诰敕可不按年序升官，这就使大小官吏盘剥下民以求晋升。请如洪武年间的成例，全部拿出官府钱币平价收购，毋夺百姓财产，考核政绩不专门以积粟为标准。至于清理军队的弊病，洪熙年间以前在旗校，宣德年间以后在乡吏。弊在旗校的，户口册还在，如乡吏则连户口册也混淆搞乱，应该查核故册清理奸弊。灾害损害百姓，请节省耗费，抚恤灾民。惜薪司的薪炭约可够支付几年，对受灾的郡县，应该全都停免征收，同时四方颜料也应停止征收，这是救济灾民的当务之急。”建议大多被孝宗采纳。

弘治八年(1495)，文武大臣因为灾异上奏章陈述时政，周经代为起草奏章，在指责嬉戏娱乐一事上语气尤其深切直率，孝宗密令宦官查访起草奏章的人，尚书耿裕说：“疏首先由吏部发起，耿裕实为起草人。”周经说：“疏文由周经起草，即使有罪，应该罪我周经。”世人对两位勇于承担责任的品格很赞赏。

第二年，周经代替叶淇为户部尚书。这时孝宗宽厚仁慈，而户部尤为奸诈人所集聚，挟势行私的人不可胜数。哪个稍微不合他们的心意，诽谤马上就来了。周经一切按照祖宗法规无所顾忌。宽延拖欠、缓征赋税、裁减繁多杂乱的税收，哪里受灾，他必定奏免赋税，每次委派官员监督税收，对超额多收的将其考核为下等，因此苛剥多收之风有所扭转。

奏御赵蠧献雄县地作为东宫庄田。周经等弹劾赵蠧违制将其下诏狱。而孝宗又听信镇抚司意见派遣官员查实，周经等又争辩道“：太祖、太宗定制，闲田任民开垦。如果因为奸人的话而没收为官田，那么土地取舍，尽由居心叵测者说了算，那么小小老百姓就无法为生。”不久，去调查的官员以及巡抚高铨说闲田只有七十顷，全都与民田交错。于是孝宗同意周经的意见，将田还给百姓，治赵蠧的罪。宦官何鼎因弹劾外戚张鹤龄被下狱，周经上疏救何鼎，违背圣上旨意遭到孝宗严厉的斥责。

雍王。。木云请求收取衡州税课司及衡阳县河泊所的税钱，周经说不能答应。孝宗接受周经的意见，并命令从现在开始对于各地税收，王府不得提出请收的要求。负责织造的宦官要求增加供应两浙盐税二万引。周经等说“：盐税是辅助边地的，不宜随便发给。况且祖宗朝织染诸局供应是有定数的，如果说取用增加，那么江南、两浙已属例外增造。如果说工匠不足，则靠朝廷养活的不下千余人，他们是做什么的呢？因此说供应花费未必缺少，而仅仅是引导陛下劳民伤财罢了。”孝宗不听。周经担心由此成为常规，第二次上疏要求下不为例，孝宗才令每年给五千引。

先前，仓场监督内官按照成化末年例子裁减人员。十一年(1498)秋，孝宗又增加少监莫英等三人。周经上疏极力规劝，孝宗以已派遣为由而不听。内灵台要求派锦衣百名以供清扫，周经等劝谏，孝宗不理。周经说：“祖宗设内台，这个地方事关机密。现在一旦增加一百人，将必定会有随意泄密的人。”孝宗醒悟，立刻停派。

崇王见泽请求河南退滩地二十余里，周经说不宜给。兴王。。木元前后要求赐赤马诸河泊所以及近湖地一千三百余顷，周经连上三疏规劝，孝宗最终没同意他的意见。孝宗把肃宁诸县四百余顷土地赐给寿宁侯张鹤龄，其家人借此侵夺民田的数超过所赐的三倍，并且将百姓殴打致死，孝宗命巡抚高铨调查后汇报。高铨汇报说可以耕种者不多，要求将田仍还给百姓，孝宗不同意。这时王府、贵戚的庄田每亩征税三分银，独张鹤龄上奏要再增加二分银，并且都增加在沙碱地上。周经上书直言，孝宗命侍郎许进同太监朱秀复核。周经说“：土地已经核对两次，现在又派使复核，白白地多些麻烦。以前太祖由于刘基的原因而减青田的赋税，征米五合(合：一升的十分之一)，想使刘基乡里子孙世世颂扬刘基。现在兴济幸生皇后，正宜体恤百姓，减租税，使此地百姓世代对皇后感恩戴德，怎使百姓怨恨不已呢？”不久，许进等返回说此地是宪庙皇亲柏权以及百姓的固定财产，不能没收。孝宗竟给了张鹤龄，同意其加税的要求，而令他补偿柏权土地的折价，免除百姓租额。周经等又进谏说“：东宫、亲王的庄田征税向来有条规，张鹤龄不应该单独享受优待。柏权是先帝妃子的家，也是外戚，名义上是补偿田价，实际是掠夺。天下将说陛下只优待皇后的亲戚，不念及先朝外戚。”孝宗终究不接受周经等意见。