南京守备一人，协同守备一人。南京以守备及参赞机务为要职。守备，以公、侯、伯充之，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵尚书领之。其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。永乐十九年迁都北京，命中府掌府事官守备南京，节制南京诸卫所。洪熙元年，始以内臣同守备。景泰三年，增设协同守备一人。

明初，置拱卫司，秩正七品，领校尉，属都督府。后改拱卫指挥使司，秩正三品。寻又改为都尉司。洪武三年，改为亲军都尉府，左、右、中、前、后五卫军士，而设仪鸾司隶焉。四年，定仪鸾司为正五品，设大使一人，副使二人。十五年，罢仪鸾司，改置锦衣卫，秩从三品，其属有御椅等七员，皆正六品。设经历司，掌文移；镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠。十七年，改锦衣卫指挥使为正三品。二十年，以治锦衣卫者多非法凌，乃焚刑，系囚，送刑审录，诏内外狱咸归三法司，罢锦衣狱。成祖时复置。寻增北镇抚司，专治诏狱。成化间，刻印畀之，狱成得专达，不关白锦衣，锦衣官亦不得预。而以旧所设为南镇抚司，专理军匠。

锦衣卫，掌侍卫、缉捕、刑狱之事，恒以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会、巡幸，则卤簿仪仗，率大汉将军(共一千五百七员)等侍从扈行。宿卫则分番直。朝日、夕月、耕耤、视牲，则服飞鱼服，佩绣刀，侍左右。盗贼宄，街途沟洫，密缉而时省之。凡承制鞫狱录囚勘事，偕三法司。五军官舍比试并枪，同兵莅视。统所凡十有七。中、左、右、前、后五所，领军士。五所分銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢、驯十司，各领将军校尉，以备法驾。上中、上左、上右、上前、上后、中后六亲军所，分领将军、力士、军匠。驯象所，领象养象，以供朝会陈列、驾辇、驮宝之事。

京卫指挥使司，指挥使一人，(正三品)指挥同知二人，(从三品)指挥佥事四人。(正四品)镇抚司，镇抚二人，(从五品)其属，经历司，经历，(从七品)知事，(正八品)吏目，(从九品)仓大使、副使各一人。所辖千所，多寡各不等。

明初，置帐前总制亲军都指挥使司，以冯国用为都指挥使。后改置金吾侍卫亲军都护府，设都护，(从二品)经历，(正六品)知事，(从七品)照磨。(从八品。)又置各卫亲军指挥使司，设指挥使，(正三品)同知指挥使，(从三品)副使，(正四品)经历，(正七品)知事，(正八品)照磨，(正九品)千所正千，(正五品)副千，(从五品)镇抚、百。(正六品)因置武德、龙骧、豹韬、飞龙、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司，此设亲军卫之始。寻罢金吾侍卫亲军都护府。洪武、永乐间，增设亲军诸卫，名为上二十二卫，分掌宿卫。而锦衣卫主巡察、缉捕、理诏狱，以都督、都指挥领之，盖特异于诸卫焉。留守五卫，旧为都镇抚司，总领禁卫，先属中书省，改隶大都督府，设都镇抚，(从四品)副镇抚，(从五品)知事，(从八品)寻改宿卫镇抚司，设宿卫镇抚、宿卫知事。洪武三年，改为留守卫指挥使司，专领军守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江、广洋、横海、龙江、军左、右十卫。八年，复为留守卫，与天策等八卫俱为亲军指挥使司，(惟军左、右二卫为指挥使司。)并隶大都督府。十一年，改为留守中卫，增置留守左、右、前、后四卫，仍为亲军。十三年，始分隶五都督府。

南京卫指挥使司，(设官详京卫)凡四十有九。分隶五都督府者三十有二。曰留守左卫，曰镇南卫，曰军左卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰龙虎左卫，曰英武卫，曰龙江右卫，曰沈左卫，曰沈右卫，隶左府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰军右卫，曰武德卫，曰广武卫，隶右府。曰留守中卫，曰神策卫，曰广洋卫，曰广天卫，曰和卫

。崇祯初，复增一人。

腾骧等四卫，掌帅力士直驾、随驾，统所三十有二。

南京五军都督府，左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督为之。分掌南京卫所，以达于南京兵。凡领大教场及江上备等事，各府奉敕分掌之。城门之钥，中府专掌之。初设城门郎，洪武十八年革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府掌之。)其属，经历、都事各一人。

府军前卫，掌统领幼军，番带刀侍卫。明初，有带刀舍人。洪武时，府军等卫皆有习技幼军。永乐十三年，为皇太孙特选幼军，置府军前卫，设官属，(指挥使五人，指挥同知十人，指挥佥事二十人，卫镇抚十人，经历五人。)统所二十有五。

金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警，统所凡一百有二。

旗手卫，本旗手千所，洪武十八年改置。掌大驾金鼓、旗纛，帅力士随驾宿卫。(校尉、力士，佥民间壮丁为之。校尉专职擎执卤簿仪杖，及驾前宣召官员，差遣办，隶锦衣卫。力士专领金鼓、旗帜，随驾，及守卫四门，隶旗手卫。)凡岁祭旗六纛之神，八月于坛，十二月于承天门外，皆卫官莅事，统所五。

京卫有上直卫，有南、北京卫，品秩并同。各有掌印，有佥书。其以恩荫寄禄，无定员。凡上直卫亲军指挥使司，二十有六。曰锦衣卫，曰旗手卫，曰金吾前卫。曰金吾后卫，曰羽林左卫，曰羽林右卫，曰府军卫，曰府军左卫，曰府军右卫，曰府军前卫，曰府军后卫，曰虎贲左卫。(是为上十二卫，洪武中置。)曰金吾左卫，曰金吾右卫，曰羽林前卫，曰燕山左卫，曰燕山右卫，曰燕山前卫，曰大兴左卫，曰济卫，曰济州卫，曰通州卫。(是为上十卫，永乐中置。)曰腾骧左卫，曰腾骧右卫，曰武骧左卫，曰武骧右卫。(宣德八年置。)番上宿卫名亲军，以护禁，不隶五都督府。其京卫隶都督府者，三十有三。曰留守左卫，曰镇南卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰沈左卫，曰沈右卫，隶左军都督府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰武德卫，隶右军都督府。曰留守中卫，曰神策卫，曰应天卫，曰和卫，及牧千所、蕃牧千所，俱隶中军都督府。曰留守前卫，曰龙骧卫，曰豹韬卫，隶前军都督府。曰留守后卫，曰鹰扬卫，曰兴武卫，曰大宁中卫，曰大宁前卫，曰会州卫，曰富峪卫，曰宽河卫，曰神武左卫，曰忠义右卫，曰忠义前卫，曰忠义后卫，曰义勇右卫，曰义勇前卫，曰义勇后卫，曰武成中卫，曰蔚州左卫，隶后军都督府。又京卫非亲军而不隶都督府者，十有五。曰武功中卫，曰武功左卫，曰武功右卫，(已上三卫以匠故，隶工。)曰永清左卫，曰永清右卫，曰彭城卫，曰长陵卫，曰献陵卫，曰景陵卫，曰裕陵卫，曰茂陵卫，曰泰陵卫，曰康陵卫，曰永陵卫，曰昭陵卫。