令修订国史。

夏四月初一，日食。五月十四日，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯同时兼任东阁大学士，参与机要事务。二十四日，王锡爵辞官。六月初二，雷雨交加，西华门遭灾，诏令修身反省。

秋七月二十日，河套部长卜失兔进犯延绥。当月，延绥总兵官麻贵在下马关击败河套部敌军。

冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢。。总督川、贵军务，讨伐播州宣慰使杨应龙。二十三日，诏谕倭使入朝。当月，炒花进犯辽东，总兵官董一元将其击败。这一年，琉球、乌斯藏入朝进贡。

万历二十三年(1595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月二十三日，赐朱之蕃等人为进士及第以及其他不同出身。

夏五月二十六日，京师地震，朱翊钧命令群臣修身反省。

秋九月初九，青海部长永邵卜进犯甘肃，参将达云将其击败。十六日，下诏恢复建文年号。

冬十一月初三，湖广遭灾，分别予以减免赋税和赈济。十二月初三，大学士赵志皋等人请求批发留在宫禁中的奏章，未得答复。这一年，江北发生水灾，淮河水漫河堤，淹没泗州祖陵。

万历二十四年(1596)春二月十一日，麻贵将河套部击败。三月初八，乾清、坤宁二宫遭火灾，朱翊钧命群臣修身反省。二十五日，下诏自责。当月，火落赤进犯洮河，总兵官刘纟廷将其大败而逃。

夏四月初三，李宗城从倭营跑回王京。五月初二，河套部之敌军进犯甘肃，总兵官杨。。将其击败。初四，再次商议封倭事宜，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬前往。六月，赈济福建饥荒。

秋七月初二，吏部尚书孙丕扬请求批发推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二十日，开始派遣中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣屡次进谏，皆未听取。闰八月初一，日食。初三，大学士赵志皋奏请朱翊钧临朝执政，批发章奏，结束开矿，未予答复。九月初二，杨方亨到达日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鲜。二十二日，安葬孝安庄皇后。此月，河套部又侵犯宁夏。总兵官李如柏将其击败。当年秋天，黄河在黄土固口决堤。

冬十月十三日，中止行刑。二十二日，开始命中官专管通州专卖税收。此后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月十三日，陈于陛死去。

万历二十五年(1597)春正月二十六日，朝鲜使者请求救援。二月初五，再次商议讨伐倭寇。十五日，原都督同知麻贵担任防倭总兵官，统率南北各路兵马。三月十五日，山东右参政杨镐担任佥都御史，经略朝鲜军务。三十日，兵部侍郎邢。。担任尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略防倭事宜。

夏六月十九日，皇极、中极、建极三殿发生火灾。二十四日，终止编修国史。

秋七月初四，诫谕群臣。初八，诏令大赦天下。当月，杨应龙反叛，攻占合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鲜闲山，于是逼近南原，副总兵杨元弃城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京师地震。九月初四，逮捕原兵部尚书石星，将其投进监狱，判为死罪。

冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，并前来请罪，诏令授予其安南都统使。

万历二十六年(1598)春正月，官军攻击蔚山倭寇，未克，杨镐、麻贵逃奔王京。三月十八日，赐赵秉忠等人以进士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文华门疏请皇长子成年完婚，未得允许。

夏四月十三日，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。十八日，京师大旱，朱翊钧令群臣修身反省。六月初四，杨镐被免职。初五，中官李敬在广东开采珍珠。十三日，张位被免职。二十三日，巡抚天津的佥都御史万世德经略朝鲜。

秋七月初三，中官鲁保专卖两淮的余盐。八月二十四日，京师地震。九月初十，免除浙江遭灾地区的田租。

冬十月初三，总兵官刘纟廷、麻贵分兵攻击倭寇，将其击败。董一元攻击新寨倭寇，战败。十一月十七日，倭兵放弃蔚山逃遁，官军分兵追击。十二月，总兵官陈瞞在乙山打败倭寇，于是朝鲜被平定。这一年，有乌斯藏前来朝贡。

万历二十七年(1599)春二月初二，分别派中官统领浙江、福建、广东市舶司。当月，贵州巡抚江东之派兵讨伐杨应龙。战败。三月二十日，原兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨伐杨应龙。

夏四月二十五日，朱翊钧驾临午门，接受倭寇俘虏。当月，临清百姓叛乱，焚烧税使马堂官署，杀其随从三十四人。闰月初八，诏示天下倭寇被平定，免除加派的东征赋税。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子结婚而令从太仓取银二千四百万两。户部匮乏，令从严核实各地积蓄储备。六月二十三日，杨应龙攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。

秋八月十八日，陕西狄道县发生山崩。九月，土蛮进犯锦州。

冬十月初六，赈济京城饥民。初十，由于播州用兵，加派四川、湖广地区的田赋。十二日，贵州宣慰使安疆臣犯罪，诏令他讨伐贼寇以赎罪。十一月初四，免除河南受灾地区的田租。二十八日，赈济畿辅及凤阳等地饥荒。十二月初二，武昌、汉阳百姓叛乱，打伤税使陈奉。十三日，赈济京师流民。这一年，琉球前来朝贡。

万历二十八年(1600)春二月初四，京师地震。十二日，李化龙率师分八路进军讨伐播州。

夏六月初六，攻克海龙囤，杨应龙自缢而死，播州平定。