、广西、湖广、辽东发生水灾。乌斯藏前来朝贡。

万历四十二年(1614)春正月十二日，总兵官刘纟廷率兵讨伐建昌叛蛮，将其平定。二月初九，慈圣皇太后驾崩。二十七日，赈济畿内饥荒。三月二十四日，福王来到都城。

夏四月初四，以皇太后遗命为由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。

秋八月十四日，礼部右侍郎孙慎行上疏自动去职。二十三日，叶向高辞官。这一年有安南、土鲁番前来朝贡。

万历四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黄河决口的筑堤工程。三月初一，有日食。

夏五月初四，蓟州一男子张差手持木棒闯入慈庆宫，打伤守门的侍卫，被抓进监狱。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情况，这就是后来所说的木廷击案。二十五日，对皇城门禁严加戒备。二十九日，在慈庆宫召见廷臣。御史刘光复被抓进监狱。三十日，张差伏诛。六月初三，由于久旱不雨，朱翊钧命群臣修身反省。

秋七月初四，赈济畿内饥荒。二十九日，中止行刑。闰八月初六，重建三殿。十三日，山东大旱，朱翊钧下诏将税银留下进行赈济。二十三日，河套诸部进犯延绥，官军战败，副将孙弘谟被抓获。

冬十月十八日，京师地震。十一月初六，赈济京师饥民。

万历四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，赐封钱士升等人进士及第以及其他不同出身。当年春天，畿内、山东、河南、淮、徐发生大饥荒，朝廷分别给以赈济和减免田赋。

夏四月十九日，河南出现盗贼，朝廷命官吏进行安抚和围剿。六月初三，河套各部落进犯延绥，总兵官杜文焕将其击退。二十九日，黄河在祥符朱家口决堤，淹没陈、杞、睢、柘各州县。

秋七月二十八日，河套部落首领吉能率兵进犯高家堡，参将王国兴战败。当月，陕西大旱，江西、广东发生水灾，河南、淮、扬、常、镇大闹蝗灾，山东盗贼大起。

冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿发生火灾。

万历四十五年(1617)春二月二十三日，由于前一年冬季无雪，入春以后又没有下雨，朱翊钧要群臣修身反省。三月初六，镇抚司缺乏官吏，狱中很多囚犯因关押太久而死亡，大学士方从哲据此上奏，未得到答复。初十，赈济江西饥荒。

夏五月十三日，久旱不雨，朱翊钧又命群臣修身反省。六月初三，畿南大闹饥荒，当地官吏请求赈济，未得到及时答复。当月，阁臣法官奏请热审，未得答复。

秋七月初一，日食。初五，吴道南因丁服父母丧事离职。这一年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东遭灾。暹罗、乌斯藏曾来朝进贡。

万历四十六年(1618)春二月十五日，赈济广东饥荒。

夏四月十五日，大清军队攻克抚顺，千总王命印战死。二十日，总兵官张承胤领兵救援抚顺，也全军覆没。闰月初二，杨镐担任兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月二十六日，京师地震。这年夏天，官吏奏请热审，未得到答复。

秋七月二十日，大清军队攻占清河堡，守将邹储贤、张旆战死。八月十六日，朝廷将军饷海运到辽东。二十四日，乃蛮等七部落请求与朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守辽军队缺乏粮饷，有关官员奏请拨用各省税银，未得到及时答复。二十六日，加派天下田赋。三十日，京师发生地震。

冬十一月初九，因灾异频繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首领猛克什力前来投降。这一年有土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。

万历四十七年(1619)春二月十一日，经略杨镐在辽阳誓师，总兵官李如柏、杜松、刘纟廷、马林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清军队，战死。初二，马林在飞芬山战败，兵备佥事潘宗颜战死。初七，刘纟廷率军深入阿布达里冈，战死。十八日，赐庄际昌等人为进士及第以及其他不同出身。

夏四月二十日，盔甲厂发生火灾。六月十六日，大清军队攻克开原，马林全军覆没。二十二日，大理寺丞熊廷弼担任兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。二十三日，朝廷大臣聚于文华门，奏请皇帝批复奏章以及增派援军和分发粮饷，未得到答复。

秋八月初五，山东蝗灾。十三日，逮捕杨镐。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏于宫殿阶下，奏请朱翊钧上朝处理政事，未得到答复。