于是乘胜攻拔太平，抓获万户纳哈出。总管靳义赴水而死，太祖赞叹：“真是一个义士。”以礼安葬。张榜严禁剽掠。有士兵违令，斩首示众，军中肃然。改路为府。设太平兴国翼元帅府，自领元帅事，召陶安参谋幕府事，李习为知府。当时太平四面都是元兵。右丞阿鲁灰、中丞蛮子海牙等率众堵截姑孰口，陈聎先的水军统帅康茂才率数万人攻城。太祖遣徐达、邓愈、汤和正面迎战，另派将士潜入其后，前后夹击，擒陈聎先并且降其部众，阿鲁灰等引退而去。

秋九月，郭天叙、张天。。进攻集庆，陈聎先背叛。二人皆战死，于是郭子兴部将尽归太祖指挥。陈聎先不久为民兵所杀，从子兆先收其散兵，屯据方山，和海牙形成掎角，窥视太平。

冬十二月初一，释放纳哈出北归。

至正十六年(1356)春二月二十五日，大破海牙于采石。三月三日，进攻集庆，活捉陈兆先，降其众三万六千人，皆疑惑害怕不能自保。太祖挑选骁健者五百人入卫，解甲酣寝达旦，众心才安。三月十日，再败元兵于蒋山。元御史大夫福寿力战而死，蛮子海牙逃跑归附张士诚，康茂才投降。太祖入城，召集官吏父老告谕说“：元朝政治腐败，干戈蜂起，我来是为民除乱，请各位安于职守。贤士我以礼贤相待，旧政不适者一律改掉，官吏不要贪婪残暴殃及百姓。”百姓大喜过望。太祖改集庆路为应天府，征召夏煜、孙炎、杨宪等十余人，葬御史大夫福寿以表彰其忠。

当时，元将定定扼住镇江，别不华、杨仲英屯扎宁国，青衣军张明鉴占据扬州，八思尔不花驻守徽州，石抹宜孙守处州，其弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州，而池州已经被徐寿辉据有，张士诚自淮东攻陷平江后，转而侵掠浙西。太祖既定集庆，考虑到张士诚、徐寿辉势力强大，江左、浙右各郡已为他们所吞并，于是派徐达进攻镇江，获胜，定定战死。

夏六月，邓愈攻克广德。

秋七月初一，诸将拥太祖称吴国公。设江南行中书省，自己总领省事，设僚协助。送文书给张士诚，张士诚不给回话，带兵进攻镇江。徐达率兵将其击败，进而围常州，没有攻下。九月初一，太祖到镇江，拜谒孔子庙。派儒士告知父老，勤于农桑。不久太祖回到应天。

至正十七年(1357)春二月，耿炳文攻克长兴。三月，徐达攻克常州。

夏四月二十三日，太祖亲率兵攻克宁国，别不华投降。五月，上元、宁国、句容献瑞麦。六月，赵继祖攻克江阴。

秋七月，徐达攻克常熟。胡大海攻克徽州，八思尔不花逃走。

冬十月，常遇春攻克池州，缪大亨攻克扬州，张明鉴投降。十二月二十日，释放囚犯。

这年，徐寿辉将领明玉珍占据重庆路。

至正十八年(1358)春二月初七，任命康茂才为营田使。三月十一日，审查囚犯。邓愈攻克建德路。

夏四月，徐寿辉部将陈友谅派遣赵普胜攻陷池州。当月，友谅占据龙兴路。五月，刘福通攻破汴梁，迎立韩林儿，以汴梁为其首都。当初，福通遣将分四处出击，攻破山东，寇秦、晋，掠幽、蓟，中原大乱，太祖由此有机会安定长江沿岸的一些地方。所过之地从不乱杀无辜，收召才俊，由此人心日益归附。

冬十二月，胡大海攻婺州，长久不克，太祖自任统帅率兵前往。石抹宜孙遣将率车师由松溪前来援助，太祖说：“道路狭窄，车战是自取失败。”命胡德济迎战于梅花门，大破元兵，婺州投降，厚孙被活捉。前一日，婺州城中人们望见城西有五色云犹如车盖，深感奇怪，后来才知是太祖驻兵之地。太祖入城，散发粮食赈救贫民，改婺州为宁越府。征召范祖干、叶仪、许元等十三人，讲经书历史。二十四日，遣使招谕方国珍。