运往租地之税，照海关进出口税则无增减，并允俄在大连湾设关，委公司代徵，别遣文官驻扎为税关委员；六，许公司自备行海商船，照各国通商例，如有亏折，与中国无涉，应照原合同十二条价买及归还期限办理；七，造路方向所过地方，应俟总监工勘定，由公司或北京代办人与铁路总办公司商定。复定铁路经过奉天，应绕避陵寝，俄允绕距三十里，遂画押。

二十五年，盛京将军文兴等遣知府福培、同知涂景涛与俄员倭高格伊林思齐等，勘分旅大租界。俄员拟先从租地北界西岸亚当湾起勘。福培等以中国舆图无亚当湾地名，应照总署电，亚当即普兰店之文为凭，当从普兰店西海湾之马虎岛起。俄员以续约明言西从亚当湾北起，无普兰店字，坚不允改。遂从北界西岸起，次第立碑，至大海滨，凡三十有一碑，北刻汉文，南镌俄国字母。复立小碑八，以数目为号。界线由西至东，长九十八里馀九十四弓。界既定，与俄员会议分界专条，又将所绘界图，用华、俄文註明，画押盖印，互换后，分呈俄使及总署批定完结。初由李鸿章、张廕桓与俄使巴布罗福订此约于北京，至是，命王文韶、许景澄加押。

时中国欲自造山海关至营口枝路，英欲投资。俄使牒总署，谓借用外国资本，与续约相背。俄人又以东省铁路将兴工，拟在北京设东省铁路俄文学堂，招中国学生学习俄国语言文字，以备铁路调遣之用。许之。是年，俄以辽东租借地为“关东省”

二十六年，拳匪乱，各国联军入北京，俄乘势以兵占东三省，藉口防马贼、保铁路。初，奉天土匪先攻俄铁道警卫兵，乱兵烧天主教堂，破毁铁岭铁道，掠洋库；旋攻辽阳铁道，俄铁道员咸退去，同时黑龙江亦砲击俄船。俄闻警，遣军分道进攻，由瑷珲、三姓、宁古塔、珲春进据奉天，乃迫将军增祺订奉天交地约，拟在东三省驻兵，政赋官兵均归俄管辖。时朝廷以庆亲王、李鸿章为全权与各国议款，并命驻俄钦使杨儒为全权大臣，与俄商办接收东三省事。杨儒与争论久，始允作废。而俄人别出约稿相要，张之洞等连电力争，遂暂停议。

二十七年七月，各国和议成，李鸿章乃手拟四事：一，归地；二，撤兵；三，俄国在东三省，除指定铁路公司地段，不再增兵；四，交还铁路，偿以费用。与俄使开议于北京。讲未成而鸿章卒，王文韶继之。二十八年三月，订约四条。

四月，俄人强占科布多所属阿拉克别克河，参赞大臣瑞洵以闻，命外务部商办，不得要领。七月，铁路公司与华俄道胜银行订立正太铁路借款及行车合同，又与俄续订接线展限合同。九月，交还关外铁路及撤退锦州辽河西南部之俄军，是为第一期撤兵。至翌年三月第二期，金州、牛庄、辽阳、奉天、铁岭、开原、长春、吉林、宁古塔、珲春、阿拉楚喀、哈尔滨驻扎之俄兵仍不如期撤退，俄代理北京公使布拉穆损向外务部新要求七款，拒之，俄使撤回要求案。会俄使雷萨尔复任，复提新议五款，宣言东省撤兵，断不能无条件，纵因此事与日本开战，亦所不顾。

三十年，日、俄开战，中国守中立。是年，俄造东三省铁路成，又改定中俄接线续约，议照伦敦万国公会所订条例各减价。三十一年，日本战胜，旅顺、大连租借权移归日本，俄专力于东清铁道。于是有哈尔滨行政权之交涉。哈尔滨为东清铁道中心地，初祗俄人住居。自三十一年开放为通商口岸，各国次第置领事，按中国各商埠办法，中国有行政权。乃俄人谓哈尔滨行政权当归诸东清铁道会社，中国拒之。既而俄领事霍尔哇拖忽布东清铁道市制，凡居住哈尔滨市内中外人民，悉课租税。命东三省总督徐世昌与俄人交涉，不洽。宣统元年，俄领事赴北京与外务部议，外务部尚书梁敦彦与霍尔哇拖议设自治会于东清铁道界内，以保中国主权，亦不违反东清铁道会社诸条约，遂议结。而松花江航权之议又起。