花翎。二年，回弁马荣叛，戕总督潘铎，毓英率所部粤勇一千，与弟毓宝等守籓署。之铭微服诣毓英，司道皆集，分兵守东、南门，密召马如龙入援。如龙至，诛乱党，马荣跳走南宁，合马联升踞曲靖八属。诏嘉毓英守城功，擢道员。

率师西剿，复富民、安宁、罗次、高明、禄丰、武定、禄劝、广通、陆凉、南安诸城，及黑、元、永三盐井，进捣楚雄。会东路有警，之铭檄回省，分兵克霑益、平彝。赴楚雄督攻，克其城。进复大姚、云南、赵州、宾川、邓川、狼穹、鹤庆，分道进规大理上下关。三年，克定远，围攻镇南，大破援贼于普棚。马联升复陷霑益，犯马龙，回军破之于天生关。进攻曲靖，复马龙、霑益。进克寻甸，擒马荣、马兴才，克曲靖，擒马联升，并诛之。尚书赵光疏呈滇绅公启，言毓英所向有功，特诏嘉勉，下总督劳崇光据实保奏。四年，肃清迤东，加布政使衔，赐号勉勇巴图鲁。

西路自毓英军移去，所克诸城多复陷，仅存楚雄未失。毓英驻军曲靖，护省城运道。五年，命署布政使，劳崇光至是始至滇受事，奏以提督马如龙专办西路，令毓英督剿猪拱箐苗。猪拱箐隶贵州威宁州，与海马姑相犄角，山溪阻深，苗酋陶新春、陶三春分据之。纠聚苗、教诸匪及粤匪石达开馀党，凡十数万人，迭扰滇之镇雄、彝良、大关、昭通，黔之大定、黔西、威宁、毕节，且及川疆，三省会剿久无功。毓英上书骆秉章，谓权不一则军不用命，原率滇军独任，期百二十日覆其巢，授迤西道，署布政使如故。

六年，擢布政使。二月，师抵猪拱箐，令张保和、林守怀领二千人，由大溜口出二龙关后，掩袭吴家屯，自督三千人攻关。贼倾巢出战，关后砲发，贼回救，毓英挥军夹击，三隘皆下，遂夺吴家屯，擒斩数千。贼自海马姑来援，截击之，斩其酋，馀贼反奔。令蔡标、刘重庆分军围剿海马姑，克红岩、尖山，贼援乃断，遂逼猪拱箐老巢。贼以巨石自山颠坠下，驱牛马突营，将士多伤亡，毓英督军搏战，斩悍酋，贼始卻。于营前掘深坎，贼所发石尽陷坎内，诱降倮人，得贼虚实，选敢死士二千，填壕以进，连破木城二，直捣其巢，纵火焚之，斩馘二万，擒陶新春及其死党，磔之，拔山男妇四万馀人。乘胜合攻海马姑，伏兵山前后，进毁贼垒三十馀，以喷筒环烧，擒陶三春及悍酋二百馀人，皆斩之，贼悉平。计自进兵至是，仅逾期四日，加头品顶戴。

马如龙剿迤西屡失利，劳崇光病殁，杜文秀大举东犯，连陷二十馀城，省垣告急。是年冬，毓英自猪拱箐凯旋曲靖，先遣弟毓宝助省防。七年春，扬言师出陆凉，而取道宜凉、七甸，连破大小石坝、小板桥、古庭庵、金马寺贼垒，进屯大树营。马如龙来会，人心始定。昆阳匪首杨震鹏夜渡昆明池袭省城，毓宝击败之，震鹏负创遁。进攻杨林，毓英鼻受枪伤，回军省城，连破石虎关贼垒，擒贼渠李洪勋，擢授巡抚。附省贼垒犹繁，与之相持。总督刘岳昭初至滇，由马龙进剿寻甸，失利，贼势复炽。