四年四月，科尔沁亲王僧格林沁战殁曹州，以曾国籓为钦差大臣，督其军。鸿章署两江总督，命率所驰防豫西，兼备剿京东贼、甘肃回匪。鸿章言：“兵势不能远分，且筹饷造械，臣离江南，皆无可委讬。为今日计，必先图捻而后图回。赴豫之师，必须多练队，广置车骡，非可猝办。”诏寝其行。时曾国籓督军剿捻久无功，命回两江，而以鸿章署钦差代之，败东捻任、赖文光于湖北。

八年二月，兼署湖北巡抚。十二月，诏援黔，未行，改援陕。九年七月，剿

。贼平，封一等肃毅伯，赏双翎。

六年正月，授湖广总督。贼窜河南，渡运河，济南戒严。初，曾国籓议凭河筑墙，遏贼奔窜。鸿章守其策，而注重运西。饬豫军提督宋庆、张曜及周盛波、刘秉璋分守山东东平以上，自靳至济宁；杨鼎勋分守赵村、石佛至南湖；李昭庆分守摊上、黄林庄至韩庄、八牌；皖军黄秉钧等分守宿迁、运河上下游：互为策应，使贼不得运。六月，抵济宁，贼由濰县趋窜登、莱。鸿章复议偪海隅聚歼之，乃创胶莱河防策，令铭传、鼎新筑长墙二百八十馀里，会合豫军、东军分汛设守。时贼集莱、即墨间，屡扑堤墙不得。七月，贼由海神庙潜渡濰河，山东守将王心安不及御，胶莱防溃。朝旨切责，将罢防，鸿章抗疏言：“运河东南北三面贼氛蹂躏，其受害者不过数府州县，若驱过运西，则江、皖、东、豫、楚数省之地，毒无穷。”乃持前议，严扼运防。令铭传、松林、鼎勋三军往来蹑击。十月，追至赣榆，降酋潘贵升毙任于阵，捻势渐衰。赖文光挈众窜山东，战屡败，遁海滨，官军围击之，斩获三万。赖文光走死扬州。东捻平，赏加一骑都尉世职。

七年正月，西捻张总愚由山右渡河，北窜定州，京师大震。诏夺职，鸿章督军直，疏言：“剿办寇，以清野为上策。东捻窜豫东、淮北，所至民筑圩寨，沟垒以御之。贼往往不得一饱，故其畏圩寨甚于畏兵。河北平原千里，无险可守。截此则窜彼，迎左则趋右，纵横驰突，无不。且自渡黄晋，沿途掳获骡愈众，步贼多改为骑，趋避捷，肆扰尤易。自古办贼，必以彼此弱饥饱为定衡。贼未必于官军，但彼骑多而我骑少。今绝贼粮、断贼骑，惟有严谕绅民筑圩寨。一闻警信，即收粮草牲畜老弱壮丁于内。贼至无所掠，兵至转可买。贼虽而其计渐穷，或可剋期扑灭也。”二月，鸿章督军德州，败贼安平、饶。三月，贼窜晋州，渡滹沱河，南豫，复折窜直隶，扑山东东昌；四月，趋茌平、德平，德州，西奔吴桥、东光，偪天津。下议，命总统北路军务，限一月殄灭。

鸿章以捻骑久成寇，非就地圈围，终不足制贼之命。三通商大臣崇厚及左宗棠皆以为言，而直隶地平旷，无可圈围；就东海南河形势，必先扼西北运河，尤以东北至津、沽，西南至东昌、张秋为锁钥。乃掘沧州迤南捷地坝，运减河。河东筑长墙，断贼窜津之路。东昌运防，则淮军自城南守至张秋，东、皖诸军自城北守至临清，并集民团协防。闰四月，以剿贼逾限，予严议。时贼为官军所偪，奔突不常。以北路军势重，锐意南行，回翔陵县、临邑间，旁扰茌平、德平，犯临清运防。鸿章虑久晴河涸，民团不可恃，且昼夜追奔疲士卒，议乘黄河伏汛，缩地扎圈。以运河为外围，以颊河为里围。其时官军大败贼于德州扬丁庄，又追败之商河。张总愚率悍党遁济，沿河北德州犯运防，上窜盐山、沧州。官军扼截之，不得，转趋博平、清平。適黄、运暨徒骇涨，东昌、临清、张秋、徬河不可越。河西北岸长墙绵亘，贼窜地迫狭，势益困。鸿章增调刘铭传军，期会前敌。分屯茌平之桃桥、南镇，至博平、东昌，圈贼徒骇、黄、运之内，而令队周回兜逐，贼无一生者，张总愚投死。西捻平，诏复原官，加太太保衔，以湖广总督协办大学士。八月觐，赐紫禁城内骑。